1843年，澳門總督邊度（Adrião Acáio da Silveira Pinto）與議事會、澳門法官共同草擬文件，向欽差大臣耆英提出九項請求，被稱為「議事會九請」。九項條文可分為三個方面：首先，葡萄牙人提出豁免澳門地租及擴展領土，使他們在澳門取得與香港同樣的待遇；其二，他們提出葡萄牙與清朝正式建立對等的外交關係；其三是放寬對澳門商業管理的限制。

邊度卸任總督後，以葡萄牙全權大臣的身份到廣州談判，而耆英只同意放寬部份在澳門貿易的措施，但對葡萄牙人最關注的領土並不讓步。邊度面對成果不如理想，一度欲仿傚美國顧盛（Caleb Cushing）使團的做法，威嚇到北京直接談判，但耆英反而拒絕再與邊度繼續談判。邊度談判失敗後，澳門總督彼亞度（José Gregório Pegado）也嘗試向耆英提出請求，但仍然無功而還，最終改為用強硬手段在澳門推行殖民統治。

亞馬喇上任後三個月便向內港船民要求登記，並且徵收停泊稅，此舉促成船民反抗，而亞馬喇也派兵鎮壓這場「快艇暴動」，造成多人傷亡。雖然澳門華人罷市抗議，但亞馬喇威脅炮轟內港區，加上香港派出軍艦支援葡萄牙人，最終華人放棄抵抗。在「快艇暴動」之後，澳葡政府擴大徵稅對象至城內華人。亞馬喇在1847年以築路為由要求華人搬遷墓地，翌年又下令對城外的土地登記且徵稅，標誌着澳門半島納入澳葡政府的管治。

1849年，亞馬喇停止繳交澳門地租，而清朝官員再訪澳門將當作外國使節，以示澳門為葡萄牙的殖民地。最後，亞馬喇也把關部行臺關閉，標誌着清朝再也無法管治澳門。

亞馬喇在澳門推動殖民統治，其中一個因素是得到英國人的支持，但在1849年6月發生的岑馬士事件，令葡萄牙和英國的關係陷入冰點。1849年6月7日，英國年輕學者岑馬士在澳門觀摩天主教巡遊時，因拒絕脫帽引發眾憤而被亞馬喇總督逮捕。岑馬士求救，英國軍艦「漫遊號」艦長賈蒲路要求放人不果，於是乘亞馬喇出席活動之際劫獄，救出岑馬士。事後，葡萄牙人要求英國交還犯人，而英國人則稱在澳門享有治外法權，葡萄牙人無權逮捕。岑馬士事件不但掀起外交風波，也使亞馬喇失去英國人的支持。

1849年8月22日下午，亞馬喇總督與一名副官外出到城外時，被沈阿米、郭金堂、郭亞安、李保、周亞先、周亞有和陳亞發伏擊殺害，並砍下他的頭顱和左臂逃往內地。亞馬喇遇刺引發嚴重的外交風波。

誰人策劃暗殺亞馬喇成為謎團。沈阿米的供詞稱因亞馬喇毀掉他的祖墳，其後從葡人得知亞馬喇將出城而決定一起暗殺他。澳葡政府則指是兩廣總督徐廣縉策劃，因為他早已因亞馬喇的殖民行動而閙得劍拔弩張。不過，徐廣縉質疑是澳門的葡萄牙人買凶殺人，特別是沈阿米是從葡人打聽亞馬喇的行蹤。實際上，亞馬喇的殖民行動使居澳葡人擔心他觸怒清朝，議事會更向葡萄牙王室請求撤換亞馬喇，但反而被他要求解散議事會。不論如何，亞馬喇的殖民統治引起清朝官員、華人和居澳葡人的不滿。