清朝與英國在1842年簽訂《南京條約》，割讓香港島及開放五口，使澳門的貿易地位受到嚴重衝擊。為了挽回劣勢，葡萄牙人先向清朝官員耆英請求獲得與香港相同的地位，以及放寬貿易限制，但談判成果甚微，於是轉為採取強硬手段在澳門推行殖民政策。

1846年，葡萄牙政府派遣亞馬喇（João Maria Ferreira do Amaral）擔任澳門總督。在他的鐵腕管治下，不但澳門城被納入澳葡政府的管治，也開始向城外的土地擴張，全面控制澳門半島。不過亞馬喇強硬的殖民政策引起反彈，他也在1849年被村民沈阿米等人刺殺。

雖然葡萄牙人對澳門實行殖民統治，但仍然欠缺法律依據，這促使下一步嘗試迫使清朝承認割讓澳門。英法聯軍攻入北京後，在法國公使的協助下，澳門總督基瑪良士（Isidoro Francisco Guimarães）在1862年到北京與清廷談判，並且草簽了《中葡和好貿易條約》，但清廷其後發現條約有損中國對澳門的主權，因而拒絕換約。

直到1886年，清朝稅務司因鴉片緝私徵稅而與澳葡政府談判，之後清朝在1887年與葡萄牙簽訂《中葡和好通商條約》，列明中國同意葡萄牙「永居、管理澳門」，但未經中國同意葡萄牙不得將澳門讓給其他國家。不過，澳門問題仍然未全面處理，由於葡萄牙人在十九世紀末向澳門半島、氹仔和路環擴張，使澳門界址成為清朝與葡萄牙新一輪的談判爭議。