清朝与英国在1842年签订《南京条约》，割让香港岛及开放五口，使澳门的贸易地位受到严重冲击。为了挽回劣势，葡萄牙人先向清朝官员耆英请求获得与香港相同的地位，以及放宽贸易限制，但谈判成果甚微，于是转为采取强硬手段在澳门推行殖民政策。

1846年，葡萄牙政府派遣亚马喇（João Maria Ferreira do Amaral）担任澳门总督。在他的铁腕管治下，不但澳门城被纳入澳葡政府的管治，也开始向城外的土地扩张，全面控制澳门半岛。不过亚马喇强硬的殖民政策引起反弹，他也在1849年被村民沈阿米等人刺杀。

虽然葡萄牙人对澳门实行殖民统治，但仍然欠缺法律依据，这促使下一步尝试迫使清朝承认割让澳门。英法联军攻入北京后，在法国公使的协助下，澳门总督基玛良士（Isidoro Francisco Guimarães）在1862年到北京与清廷谈判，并且草签了《中葡和好贸易条约》，但清廷其后发现条约有损中国对澳门的主权，因而拒绝换约。

直到1886年，清朝税务司因鸦片缉私征税而与澳葡政府谈判，之后清朝在1887年与葡萄牙签订《中葡和好通商条约》，列明中国同意葡萄牙“永居、管理澳门”，但未经中国同意葡萄牙不得将澳门让给其他国家。不过，澳门问题仍然未全面处理，由于葡萄牙人在十九世纪末向澳门半岛、氹仔和路环扩张，使澳门界址成为清朝与葡萄牙新一轮的谈判争议。