1843年，澳门总督边度（Adrião Acáio da Silveira Pinto）与议事会、澳门法官共同草拟文件，向钦差大臣耆英提出九项请求，被称为“议事会九请”。九项条文可分为三个方面：首先，葡萄牙人提出豁免澳门地租及扩展领土，使他们在澳门取得与香港同样的待遇；其二，他们提出葡萄牙与清朝正式建立对等的外交关系；其三是放宽对澳门商业管理的限制。

边度卸任总督后，以葡萄牙全权大臣的身份到广州谈判，而耆英只同意放宽部份在澳门贸易的措施，但对葡萄牙人最关注的领土并不让步。边度面对成果不如理想，一度欲仿傚美国顾盛（Caleb Cushing）使团的做法，威吓到北京直接谈判，但耆英反而拒绝再与边度继续谈判。边度谈判失败后，澳门总督彼亚度（José Gregório Pegado）也尝试向耆英提出请求，但仍然无功而还，最终改为用强硬手段在澳门推行殖民统治。

亚马喇上任后三个月便向内港船民要求登记，并且征收停泊税，此举促成船民反抗，而亚马喇也派兵镇压这场“快艇暴动”，造成多人伤亡。虽然澳门华人罢市抗议，但亚马喇威胁炮轰内港区，加上香港派出军舰支援葡萄牙人，最终华人放弃抵抗。在“快艇暴动”之后，澳葡政府扩大征税对象至城内华人。亚马喇在1847年以筑路为由要求华人搬迁墓地，翌年又下令对城外的土地登记且征税，标志着澳门半岛纳入澳葡政府的管治。

1849年，亚马喇停止缴交澳门地租，而清朝官员再访澳门将当作外国使节，以示澳门为葡萄牙的殖民地。最后，亚马喇也把关部行台关闭，标志着清朝再也无法管治澳门。

亚马喇在澳门推动殖民统治，其中一个因素是得到英国人的支持，但在1849年6月发生的岑马士事件，令葡萄牙和英国的关系陷入冰点。1849年6月7日，英国年轻学者岑马士在澳门观摩天主教巡游时，因拒绝脱帽引发众愤而被亚马喇总督逮捕。岑马士求救，英国军舰“漫游号”舰长贾蒲路要求放人不果，于是乘亚马喇出席活动之际劫狱，救出岑马士。事后，葡萄牙人要求英国交还犯人，而英国人则称在澳门享有治外法权，葡萄牙人无权逮捕。岑马士事件不但掀起外交风波，也使亚马喇失去英国人的支持。

1849年8月22日下午，亚马喇总督与一名副官外出到城外时，被沈阿米、郭金堂、郭亚安、李保、周亚先、周亚有和陈亚发伏击杀害，并砍下他的头颅和左臂逃往内地。亚马喇遇刺引发严重的外交风波。

谁人策划暗杀亚马喇成为谜团。沈阿米的供词称因亚马喇毁掉他的祖坟，其后从葡人得知亚马喇将出城而决定一起暗杀他。澳葡政府则指是两广总督徐广缙策划，因为他早已因亚马喇的殖民行动而閙得剑拔弩张。不过，徐广缙质疑是澳门的葡萄牙人买凶杀人，特别是沈阿米是从葡人打听亚马喇的行踪。实际上，亚马喇的殖民行动使居澳葡人担心他触怒清朝，议事会更向葡萄牙王室请求撤换亚马喇，但反而被他要求解散议事会。不论如何，亚马喇的殖民统治引起清朝官员、华人和居澳葡人的不满。