太平天國起事時，各地多有響應，如劉麗川率小刀會攻佔上海縣城（1853-1855），陳開、李文茂等1854年在廣東起兵並於次年在廣西建大成國（1855-1864），長江以北亦有捻軍抗清。

天京陷落後，太平軍餘部仍堅持抵抗，或與各地民變勢力聯合。其中侍王李世賢、康王汪海洋等部，轉戰於江西、福建、廣東，戰鬥至1866年。翼王石達開餘部李文彩一直打着太平天國旗號在雲南、貴州作戰，到1872年才敗亡。

太平天國遵王賴文光率部與捻軍會合。捻軍由張樂行（一作張洛行）創立，1863年張樂行被清朝大將僧格林沁俘殺後，歸張宗禹、任化邦領導。1865年捻軍大敗清軍，陣斬僧格林沁，軍威大振。不久捻軍分為東西二部，1868年先後被清軍消滅。

另外，各地亦相繼爆發民族起事，包括：1855年貴州苗族張秀眉領導反清、1856年杜文秀領導雲南回民舉事、1862年陝西及甘肅回民反清、1864年新疆穆斯林反清。經過多年血戰，清軍才於1870年代逐一消滅各地民族反抗勢力。1878年初清軍徹底平定新疆後，始於1851年初太平天國起兵、前後歷時二十七年的內部動亂，才告一段落。

太平天國起事時，各地多有響應。左圖為上海豫園點春堂，是1853年上海小刀會起事的城北指揮部；右圖為1857年大成國平靖王李文茂所發的安民諭。太平天國敗亡後，多處地方的反清抗爭持續，令清廷窮於應付。

太平天國運動期間，捻軍亦為清廷一大威脅。左圖為太平天國英王陳玉成致書捻軍首領沃王張樂行商議軍事；右圖為曾國藩手劄，內容提及官兵與捻軍作戰的情況。曾國藩攻下天京後，於1865年受命鎮壓捻軍。

清政府繪製的《剿辦捻首張樂行戰圖》。1863年，捻軍首領張樂行被清朝大將僧格林沁俘殺，但無損捻軍的抗清決心和鬥志。

清朝名將僧格林沁及北京僧格林沁王府今貌。1865年，捻軍陣斬僧格林沁並全殲其精銳，軍威大振。

捻軍使用的槍和刀。1866年10月起，捻軍分為兩部，賴文光等率東捻、張宗禹等率西捻。1868年，清軍先後消滅東、西捻，賴文光被俘殺，張宗禹失蹤（一說投河而死）。

苗族長期受清朝壓迫。1855年張秀眉領導貴州苗族起兵反清，聲勢浩大。太平天國失敗後，清廷增兵鎮壓。張秀眉於1872年被俘殺，餘部戰鬥至1874年。苗人懷念張秀眉，有《英雄張秀眉》等詩歌流傳。圖為張秀眉雕像及貴州省黔東南苗族侗族自治州台江縣的張秀眉廣場。

雲南回民同樣受清朝壓迫。1856年，杜文秀領導雲南回民舉事反清。圖為杜文秀的龍旗及大元帥印。

1856年 10月17日，杜文秀在大理成立大元帥府（見圖），建立大理政權。1867年回軍進攻昆明，清廷急增兵雲南。1872年，清軍圍攻大理，杜文秀為免屠城，服毒後出城到清營議和，被清軍殺害。清軍入城後，縱兵血洗。次年，清軍消滅雲南回軍餘部。

甘肅嘉峪關左宗棠像。1862年，陝西及甘肅多股回民武裝起兵反清，西北大震。1866年，左宗棠任陝甘總督，率軍鎮壓。1873年，左宗棠消滅陝甘各地回軍，並準備進軍新疆。

清廷發佈的《克復新疆烏魯木齊等城回逆戰圖》。1864年起，新疆各地相繼爆發暴動，後阿古柏佔據全疆，更得英、俄支持。左宗棠鎮壓陝甘回變後，於1875年移師新疆，以劉錦棠為主將，連戰皆捷。1877年5月阿古柏猝死，餘部迅速潰敗，次年殘部逃入俄境，新疆全境收復。為加強控制，清廷於1884年置新疆省，劉錦棠為新疆首任巡撫。

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