太平天国起事时，各地多有响应，如刘丽川率小刀会攻占上海县城（1853-1855），陈开、李文茂等1854年在广东起兵并于次年在广西建大成国（1855-1864），长江以北亦有捻军抗清。

天京陷落后，太平军余部仍坚持抵抗，或与各地民变势力联合。其中侍王李世贤、康王汪海洋等部，转战于江西、福建、广东，战斗至1866年。翼王石达开余部李文彩一直打着太平天国旗号在云南、贵州作战，到1872年才败亡。

太平天国遵王赖文光率部与捻军会合。捻军由张乐行（一作张洛行）创立，1863年张乐行被清朝大将僧格林沁俘杀后，归张宗禹、任化邦领导。1865年捻军大败清军，阵斩僧格林沁，军威大振。不久捻军分为东西二部，1868年先后被清军消灭。

另外，各地亦相继爆发民族起事，包括：1855年贵州苗族张秀眉领导反清、1856年杜文秀领导云南回民举事、1862年陕西及甘肃回民反清、1864年新疆穆斯林反清。经过多年血战，清军才于1870年代逐一消灭各地民族反抗势力。1878年初清军彻底平定新疆后，始于1851年初太平天国起兵、前后历时二十七年的内部动乱，才告一段落。

太平天国起事时，各地多有响应。左图为上海豫园点春堂，是1853年上海小刀会起事的城北指挥部；右图为1857年大成国平靖王李文茂所发的安民谕。太平天国败亡后，多处地方的反清抗争持续，令清廷穷于应付。

太平天国运动期间，捻军亦为清廷一大威胁。左图为太平天国英王陈玉成致书捻军首领沃王张乐行商议军事；右图为曾国藩手劄，内容提及官兵与捻军作战的情况。曾国藩攻下天京后，于1865年受命镇压捻军。

清政府绘制的《剿办捻首张乐行战图》。1863年，捻军首领张乐行被清朝大将僧格林沁俘杀，但无损捻军的抗清决心和斗志。

清朝名将僧格林沁及北京僧格林沁王府今貌。1865年，捻军阵斩僧格林沁并全歼其精锐，军威大振。

捻军使用的枪和刀。1866年10月起，捻军分为两部，赖文光等率东捻、张宗禹等率西捻。1868年，清军先后消灭东、西捻，赖文光被俘杀，张宗禹失踪（一说投河而死）。

苗族长期受清朝压迫。1855年张秀眉领导贵州苗族起兵反清，声势浩大。太平天国失败后，清廷增兵镇压。张秀眉于1872年被俘杀，余部战斗至1874年。苗人怀念张秀眉，有《英雄张秀眉》等诗歌流传。图为张秀眉雕像及贵州省黔东南苗族侗族自治州台江县的张秀眉广场。

云南回民同样受清朝压迫。1856年，杜文秀领导云南回民举事反清。图为杜文秀的龙旗及大元帅印。

1856年 10月17日，杜文秀在大理成立大元帅府（见图），建立大理政权。1867年回军进攻昆明，清廷急增兵云南。1872年，清军围攻大理，杜文秀为免屠城，服毒后出城到清营议和，被清军杀害。清军入城后，纵兵血洗。次年，清军消灭云南回军余部。

甘肃嘉峪关左宗棠像。1862年，陕西及甘肃多股回民武装起兵反清，西北大震。1866年，左宗棠任陕甘总督，率军镇压。1873年，左宗棠消灭陕甘各地回军，并准备进军新疆。

清廷发布的《克复新疆乌鲁木齐等城回逆战图》。1864年起，新疆各地相继爆发暴动，后阿古柏占据全疆，更得英、俄支持。左宗棠镇压陕甘回变后，于1875年移师新疆，以刘锦棠为主将，连战皆捷。1877年5月阿古柏猝死，余部迅速溃败，次年残部逃入俄境，新疆全境收复。为加强控制，清廷于1884年置新疆省，刘锦棠为新疆首任巡抚。

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