太平軍興起之初，勢如破竹，迅速席捲大半個中國。然而，定都後滿足於劃江為界的南北對峙，又發生嚴重內鬨，致使實力頓減，令其從勝利進攻轉入被動防禦之勢。太平天國後期主要依賴年輕將領英王陳玉成、忠王李秀成等支撐危局。1862年（同治元年），陳玉成被俘殺，天京唯靠李秀成等孤軍力戰。當時清廷以曾國藩為欽差大臣兼兩江總督，指揮湘軍、淮軍（會合常勝軍）及左宗棠部（會合常捷軍），分三路圍攻天京。

1864年（同治三年）6月，洪秀全病故。7月，湘軍由城牆缺口攻入天京，李秀成擁洪秀全長子洪天貴福繼位並出逃，天京陷落。後來李秀成於城外突圍時被俘，向曾國藩寫下親供後被殺，洪天貴福則在江西遭俘殺。歷時十四年、牽動十多省的太平天國運動就此滅亡，不過其餘眾仍繼續鬥爭。而太平天國的反清故事和思想更一直流傳，啟迪了日後孫中山等人的反清革命。

二十世紀七十年代連環畫《陳玉成》封面。陳玉成忠勇善戰，曾參與二破江北江南大營、三河鎮大捷、保衛安慶等多場重要戰役，1862年因叛徒出賣而遭俘殺，犧牲時年僅二十六歲。干王洪仁玕得悉其死訊，悲歎道：「英王一去，軍勢軍威頓時墮落，全部瓦解！」

李秀成（中坐者）在蘇州忠王府主持軍事會議。太平天國後期，主要靠李秀成及陳玉成支撐。陳玉成犧牲後，李秀成形勢孤立。

攻陷安慶等要地後，曾國藩於1862年開始水陸夾攻天京，圖為保衛天京的太平軍炮擊敵軍水師。

湘軍攻陷天京外城圖。1863年底，湘軍已攻陷天京周邊的所有城鎮，死圍天京。李秀成勸洪秀全「讓城別走」，棄守天京另作他圖，遭洪秀全拒絕，這無異於坐以待斃。

1864年7月19日，經過兩年多血戰，湘軍終於攻陷天京，標誌着太平天國滅亡，事後清廷發佈多幅《克復金陵圖》。湘軍攻入天京後，大肆搶掠燒殺，慘絕人寰。

天京失陷後，城內太平天國軍民大多寧死不降，奮戰到底，令敵軍傷亡慘重，盡顯忠勇壯烈。圖為二十世紀七十年代連環畫《天京忠魂》封面。

湘軍攻入天京前，洪秀全已於1864年6月1日病逝。圖為湘軍在7月30日挖掘洪秀全墳墓。湘軍掘出洪秀全屍體後，送交曾國藩檢視。8月1日，曾國藩命人將其屍剁碎火燒，再把骨灰拌進火藥，裝入炮彈，然後接連發射出去，誓要令洪秀全灰飛煙滅。

李秀成用過的寶劍及其死前自述。天京失陷後，李秀成保護幼天王洪天貴福出走，惜二人先後被俘。1864年8月7日，李秀成被殺。洪天貴福則在同年10月被俘，11月被殺。

描繪太平天國戰爭的兩幅畫：外國畫家仿繪清廷發佈的《剿滅粵匪圖》；外國畫家所繪的太平天國戰亂流民圖。太平天國由起兵到滅亡，歷時十四載，戰火遍及十多省，死者千萬計，流離失所者難以估算。

太平天國失敗後，餘眾多加入捻軍等反清武裝，繼續戰鬥，而其反清思想更一直流傳，啟迪了日後的革命運動。圖為江蘇南京（原太平天國天京）孫中山紀念館的雕塑《根》，描述少年孫中山（右邊站立者）在聆聽親歷太平天國戰爭的老人講述太平軍反清的故事。孫中山曾稱洪秀全為「反清英雄第一人」，又曾自稱「洪秀全第二」，立志投身反清革命。

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