明清科舉在考試方法上，比前代更加嚴密、完備，但在考試內容和形式上，卻不能隨着時代進步，仍是以「四書」、「五經」和八股文取士。八股文從出題範圍、答題標準到試卷文體都有定式，致使科舉日趨陳腐與僵化。清朝末年，朝廷也試圖對科舉作一些改革，但終因清政府的腐朽沒落，改革以失敗收場。僵化不堪的科舉制度終在光緒三十一年（1905年）被清廷宣佈廢除。據統計，明代共取進士24,624人，清代共取進士26,888人。

鄉試

明清時期，士人要參加科舉考試，必先進學，並要通過學校的考試合格，才能參加科舉考試。明清科舉亦採三級考試制：鄉試、會試、殿試。鄉試一般每三年舉行一次，在京師和省城的貢院舉行。正、副主考官由皇帝欽命。鄉試分三場，分別於八月初九、十二、十五日舉行，一般在九月發榜。每場考試前一日寅時（凌晨3時至5時之間），開始點名讓考生入場，經搜身檢查後，按座位號進入號舍等候考試。次日子時（半夜11時至1時之間），發題考試；第三日，傍晚以前交卷，離開考場。考試後，試卷經封彌、謄錄、評閱後，由主考官最後決定取錄名單，各省均有一定的錄取名額。鄉試合格者稱為「舉人」，第一名稱「解元」。明清鄉試還規定名額之外，再錄取若干人，稱為「副榜」。副榜舉人不得參加會試，但可送國子監讀書。

會試

明清會試由禮部主持，主考官略同鄉試，而官階更高，人數更多。舉人經過禮部複試合格，方可以赴京師參加會試。會試亦考三場，考試方法與內容也略同鄉試。明清會試錄取人數無定額，一般為二三百人左右。會試合格者稱為「貢士」，第一名稱為「會元」。

殿試

貢士也需經過複試合格，方可以參加殿試。明清殿試由皇帝主持，另設讀卷官若干人。只考一場，試時務策一道，當天交卷。對策試卷只封彌但不謄錄，一般也不黜落，只是重新排列名次高低而已。清末的殿試甚至只重考卷書法而輕策文的內容。這試會欽定前十名名次，然後於太和殿唱名發榜。殿試合格者稱為「進士」，分三甲，第一甲三人，賜進士及第，依名次稱為「狀元、榜眼、探花」；第二甲若干人，賜進士出身；第三甲若干人，賜同進士出身。宋元時期，殿試合格的及第進士，不論名次高低，一般都能按規定直接授官，但明清時期則實行進士觀政與庶吉士制度，除進士第一甲三人（狀元、榜眼、探花）能直接授予翰林院官職外，其餘第二甲、第三甲進士，均須先選觀政進士或庶吉士，經過一段時間的歷練之後，或授予給事、御史、六部主事、內閣中書，或授予推官、知州、知縣等職。

進士觀政制度

明太祖洪武十八年（1385年），即實行進士觀政制度。進士及第，第一甲狀元直接授翰林院修撰，榜眼、探花授編修。其餘第二甲、第三甲進士，除當中文學優等及善書者可入翰林院見習外，其餘會分派到六部、都察院、大理寺、通政司等衙門觀政，以學習律令、政務，雖不簽署文案，但朝廷會給予俸祿。待觀政三個月期滿，經過考核，再授予實際的官職。這是明代創立的一種官員職前培訓制度，在實施過程中起過一定的積極作用。但由於種種原因，最終幾乎流於形式，實際作用有限。

南北榜之爭

明代初年，會試錄取不分地域，一切以考試成績為準。明太祖洪武三十年（1397年）春，會試主考官劉三吾、白信蹈錄取宋琮等52人，皆為南方人，北方落第舉人大為不滿，紛紛上告劉三吾是南方人，有意偏袒南方人，壓制北方人。朱元璋遂命張信等人複查，複查結果認為所告不實。

北方落第舉人又紛紛上告張信、劉三吾二人互相勾結，有意欺騙皇上。朱元璋大怒，下令將白信蹈、張信及此榜狀元陳某等人處斬，劉三吾革職充軍，並命官重新閱卷，最後錄取任伯安等61人，皆為北方人；六月，再行殿試，以韓克忠為狀元。這一事件被稱為「南北榜之爭」。

至明仁宗洪熙元年（1425年），規定今後南北取士的名額，南士佔十分之六，北士佔十分之四。宣宗宣德二年（1427年）又規定分南、北、中三個區域取士，以百人論，南卷取55人，北卷取35人，中卷取10人。這種按地域分配錄取名額的做法，雖然沒有完全貫徹「擇優錄取」的原則，但適當考慮到地域的差別，在當時是有一定的積極意義。