一部《大英百科全書》，它的辭條是用英文26個字母的順序來編排的，那麼在中國古代，如何把規模宏大的《永樂大典》組織成一個整體，讓人很快能檢索到要找的內容呢？《永樂大典》的編纂者們採用「用韻以統字，用字以繫事」的方法，解決了編纂的問題。「用韻以統字」，就是採用當時《洪武正韻》的韻目和韻字的順序來編排各個條目。

明太祖朱元璋統一中國後，認為過去的舊韻起於江左，多失正音，就命翰林侍講學士樂韶鳳與諸廷臣用中原雅音來校正，編製了韻書《洪武正韻》，並刊行全國。《洪武正韻》採用「分韻歸字」的方法，把過去的106韻合併成76韻，其中平、上、去聲各22韻，入聲10韻。掌握《洪武正韻》，便能把握《永樂大典》檢索的「大綱」。「用字以繫事」，就是用韻字來歸並辭條。凡辭條中有這個韻字，無論天文、地理、人事、名物以及詩文、詞曲等各項記載，都歸並到這個韻字下面來。譬如，「君子齋」這個辭條就被歸並到韻字「齋」下面。要查「君子齋」，只要按照《洪武正韻》找到皆韻的齋字，就很容易查到了。

《永樂大典》條目的編排也非常講究，因為一個漢字的讀音，一般都是聲部在前，韻部在後。《永樂大典》又是用韻來編排，所以條目一般都採用齊尾編排的方法，例如《永樂大典》在「門」字下面，就把各種「門」都彙集在這裏，還附有各種各樣的插圖，以方便檢索。但這書中也有齊頭或任意編排的方式，比如「慕」字因為用於姓氏，就採用齊頭的方式；而「冀」字用於地名，是很多典故中的關鍵字，就採用任意編排的方式。這種靈活性，充分考慮到人類思維的特點，找出辭目關鍵所在，是現代圖書館標引工作的先驅。

《永樂大典》的編纂者要根據文獻中的語詞來確定條目，不過他們並不撰寫甚麼文字，而是把各種典籍中凡出現過這個條目的一段記載，甚至整部書籍全都抄錄下來，還要點明採自甚麼文章、書籍，是何人撰寫等，讓人明晰出處，可以查考。這種做法，有點類似孔子所說的「述而不作」。《永樂大典》記載內容通行的規則是用一行大字墨書辭目，用雙行小字硃筆記載作者和書名，墨筆記載書中的篇名和內容。

《永樂大典》的三億七千萬字，都是書手們用明代官用的楷書——館閣體一筆一畫抄寫出來，每一頁朱色的邊欄界行也是用手繪製，而不是印刷出來。這三億多字在編纂時應該至少抄過一遍，兩千多人連編帶抄用了5年時間，定稿後清抄，用了不到兩年時間完成，平均每天要抄50萬字之多。清抄的書手中有許多是各地有名的書法家。由於現存的《永樂大典》是嘉靖年間重錄的，永樂年間原本的書法不得而知。嘉靖年間負責重錄工作的徐階曾讚嘆說：「舊本繕寫得太好了，現在很難再找到這樣的書手了。」從嘉靖重錄本看，《永樂大典》的書法較為瘦長，類似歐陽詢的書體，看起來流暢挺撥。

現在從《永樂大典》的殘本上，可以看到其中的插圖全部採用白描手法，描繪山川、名物、人物、城郭等形態逼真，十分精緻，是古代書籍插圖中的精品。翻到《永樂大典》的最後一頁，能夠看到空白頁上的幾行細密小字，這是歷代官書中普遍採用的一種格式，記載抄寫者、圈點者和校驗者的職名，總校官、分校官、繕寫者和圈點者的姓名及職責非常明確。這種做法，早在唐人寫經上也能見到。永樂年間清抄《永樂大典》時有嚴格的責任制度，早進晚出，不允許僱人代寫。傳到今天的《永樂大典》，一點塗改、挖補、添加的痕跡都沒有，說明當時責任制度的嚴格。