一部《大英百科全书》，它的辞条是用英文26个字母的顺序来编排的，那么在中国古代，如何把规模宏大的《永乐大典》组织成一个整体，让人很快能检索到要找的内容呢？《永乐大典》的编纂者们采用“用韵以统字，用字以系事”的方法，解决了编纂的问题。“用韵以统字”，就是采用当时《洪武正韵》的韵目和韵字的顺序来编排各个条目。

明太祖朱元璋统一中国后，认为过去的旧韵起于江左，多失正音，就命翰林侍讲学士乐韶凤与诸廷臣用中原雅音来校正，编制了韵书《洪武正韵》，并刊行全国。《洪武正韵》采用“分韵归字”的方法，把过去的106韵合并成76韵，其中平、上、去声各22韵，入声10韵。掌握《洪武正韵》，便能把握《永乐大典》检索的“大纲”。“用字以系事”，就是用韵字来归并辞条。凡辞条中有这个韵字，无论天文、地理、人事、名物以及诗文、词曲等各项记载，都归并到这个韵字下面来。譬如，“君子斋”这个辞条就被归并到韵字“斋”下面。要查“君子斋”，只要按照《洪武正韵》找到皆韵的斋字，就很容易查到了。

《永乐大典》条目的编排也非常讲究，因为一个汉字的读音，一般都是声部在前，韵部在后。《永乐大典》又是用韵来编排，所以条目一般都采用齐尾编排的方法，例如《永乐大典》在“门”字下面，就把各种“门”都汇集在这里，还附有各种各样的插图，以方便检索。但这书中也有齐头或任意编排的方式，比如“慕”字因为用于姓氏，就采用齐头的方式；而“冀”字用于地名，是很多典故中的关键字，就采用任意编排的方式。这种灵活性，充分考虑到人类思维的特点，找出辞目关键所在，是现代图书馆标引工作的先驱。

《永乐大典》的编纂者要根据文献中的语词来确定条目，不过他们并不撰写什么文字，而是把各种典籍中凡出现过这个条目的一段记载，甚至整部书籍全都抄录下来，还要点明采自什么文章、书籍，是何人撰写等，让人明晰出处，可以查考。这种做法，有点类似孔子所说的“述而不作”。《永乐大典》记载内容通行的规则是用一行大字墨书辞目，用双行小字朱笔记载作者和书名，墨笔记载书中的篇名和内容。

《永乐大典》的三亿七千万字，都是书手们用明代官用的楷书——馆阁体一笔一画抄写出来，每一页朱色的边栏界行也是用手绘制，而不是印刷出来。这三亿多字在编纂时应该至少抄过一遍，两千多人连编带抄用了5年时间，定稿后清抄，用了不到两年时间完成，平均每天要抄50万字之多。清抄的书手中有许多是各地有名的书法家。由于现存的《永乐大典》是嘉靖年间重录的，永乐年间原本的书法不得而知。嘉靖年间负责重录工作的徐阶曾赞叹说：“旧本缮写得太好了，现在很难再找到这样的书手了。”从嘉靖重录本看，《永乐大典》的书法较为瘦长，类似欧阳询的书体，看起来流畅挺拨。

现在从《永乐大典》的残本上，可以看到其中的插图全部采用白描手法，描绘山川、名物、人物、城郭等形态逼真，十分精致，是古代书籍插图中的精品。翻到《永乐大典》的最后一页，能够看到空白页上的几行细密小字，这是历代官书中普遍采用的一种格式，记载抄写者、圈点者和校验者的职名，总校官、分校官、缮写者和圈点者的姓名及职责非常明确。这种做法，早在唐人写经上也能见到。永乐年间清抄《永乐大典》时有严格的责任制度，早进晚出，不允许雇人代写。传到今天的《永乐大典》，一点涂改、挖补、添加的痕迹都没有，说明当时责任制度的严格。