如何保護、傳承土樓及其文化？如何在保護文化遺產與發展旅遊之間保持平衡？這將是福建土樓地區人民特別是當地政府面臨的重大考驗。為推進「福建土樓」申遺以及成功後的遺產地保護管理工作，福建省先後公佈了《福建土樓文化遺產保護管理辦法》、《福建土樓世界文化遺產保護管理條例》、《福建土樓保護規劃》，成為全國少有在省級層面針對世界遺產地建立起比較完備的法律法規體系。

2011年9月29日，通過《福建省「福建土樓」世界文化遺產保護條例》，作為世界文化遺產，福建土樓的修繕費用將由政府承擔。條例對福建土樓的規劃管理、保護措施、經費保障和法律責任等作出明確規定，自2011年12月1日起施行。條例所稱「福建土樓」，指的是永定縣初溪土樓群、洪坑土樓群、高北土樓群、衍香樓、振福樓、南靖縣田螺坑土樓群、河坑土樓群、懷遠樓、和貴樓、華安縣大地土樓群。

「福建土樓」2008年正式成為世界文化遺產，而它又是私人所有，考慮到修繕問題，在材料、技術和工藝等方面都有特殊要求，修繕費用高昂。條例規定：「福建土樓的日常保養和維護由所有權人或者使用權人負責」，發現有損毀危險需承擔修繕的報告義務。「縣級人民政府及其文物行政主管部門應當及時組織修繕，修繕費用由縣級以上地方人民政府承擔。」

條例對「福建土樓」的商業經營活動作了規範，規定：「福建土樓所在地縣級人民政府應當科學規劃、合理引導、嚴格規範、依法管理核心區內福建土樓所有權人和使用權人的商業經營活動。在福建土樓核心區和緩衝區開闢參觀遊覽場所，應當依法報所在地縣級人民政府審批，並報省人民政府文物行政主管部門備案。」

在收益分配方面，條例規定：「福建土樓所在地人民政府應當將福建土樓開闢參觀遊覽及設置服務專案獲得的收益，用於福建土樓的保護和對所有權人的補償。」

2013年1月29日，福建省人民政府公佈《世界文化遺產福建土樓保護規劃》，要求福建省文化文物行政部門會同遺產所在地政府具體組織實施。在規劃中，評估十處遺產地遺產保存狀況。針對十處遺產地四十六座土樓保護等級、原則及主要保護措施作了規定。規劃中還對十處遺產地核心區及緩衝區內建築高度控制、環境整治規劃詳細說明。

遺產地新建築與環境設施設計、遺產地建設用地與道路交通、遺產地基礎設施與防災工程、遺產監測規劃、非物質文化遺產保護、旅遊及展示利用、文化遺產安全管理等各個規劃都有詳細體現。