崇禎十七年（1644年）三月十八日，李自成揮軍攻入北京，崇禎帝在煤山（今景山）上吊自殺，明朝滅亡。李自成的大順軍在北京只待了42天，在四月三十日就被清軍逐出北京，不久李自成本人死於非命。李自成為何敗得這麼快呢？

軍隊腐化

大順政權在北京的42天裏，最主要的工作是竭力壓榨明朝的遺臣和富商巨賈。從三月下旬開始，未被大順政權選用的官員都被拘禁，發往各營追贓助餉，「言卿相所有，非盜上則剝下，皆贓也。」國丈周奎家抄出現銀52萬，珍幣也值數十萬。太監王之心家抄出現銀15萬，金寶器玩也值數十萬。幾乎所有降臣皆傾家蕩產，不少人因遭拷打而喪命。

追贓助餉實施後不久，李自成發現部下將事情做得太過分，而且此舉在政治上影響極為惡劣，遂下令停止。在押的官僚無論完贓與否，一律釋放。但大順朝將士已經綱紀廢弛，當他們釋放了前明官員後，又將目光投向北京城中富裕的商人。這種掠奪式的籌款方式，還殃及一般平民。大順軍在街市的行為令人髮指，他們闖入民宅，搶掠私產，肆意姦淫擄掠。

由於這些大順軍紀律太壞，連李自成都看不下去，曾試圖制止部下胡作非為，但收效甚微。他們說：「皇帝讓汝做，金銀婦女亦不與吾輩耶？」可見這些大順軍的思想覺悟何其低下。他們出身貧寒，處於社會最底層，文化程度低下，揭竿造反只因生計困難，官逼民反，才不得不鋌而走險。一旦佔據京城，他們就忘乎所以，迅速腐化。大順朝新貴，自上而下與匪類無異，又豈能順利接收前朝的政權？李自成身為最高統帥，卻無約束部下的威嚴。當李自成準備舉行登基儀式時，權將軍劉宗敏竟對眾官說：「我與他同作響馬，何故拜他？」難怪李自成的軍師宋獻策都感到，李自成是一個不能治天下的「馬上天子」。

吳三桂降清

此時，山海關以外仍為滿清統治的地區。大順軍攻打北京時，明朝令山海關守將吳三桂率軍保衞首都，但吳三桂的軍隊還未趕到，北京就淪陷了。吳三桂在途中得知，北京城已經陷入大順軍之手，隨即返回山海關。

吳三桂腹背受敵，前面是強大的清兵，背後則有賊軍逼近。他無力與雙方為敵，只能向一方投降。李自成在攻陷北京後，立即派遣使者前往山海關，勸說吳三桂歸順己方。吳三桂經過一番考慮後，和使者一道出發前往北京。但在途中他突然改變主意，殺掉使者後返回山海關，向滿清方面投降。

吳三桂為甚麼途中突然變卦呢？當他行軍至永平西沙河驛時，接到從北京打探情報的細作報告，李自成在北京對勳戚大臣拷掠追贓，他的父親吳襄也未能倖免，要交出五千兩銀子。與此同時，吳襄派親信趕來，把京中的真實情況，一一稟報吳三桂，他聽說後不勝憤慨。後來派往京城的探子陸續返回，知道家財已被籍沒，父親被拘禁，他還自我寬慰，認為待他一回北京，家財必然歸還、父親必然獲釋。但當他得悉劉宗敏霸佔了愛妾陳圓圓後，終於下定決心，與大順朝決裂。吳三桂聽說心上人被霸佔後，大發雷霆，矍然而起，拔劍擲案，大喊：「逆賊如此無禮，我吳三桂堂堂丈夫，豈肯降此狗子，受萬世唾駡，忠孝不能兩全！」對吳三桂來說，向虜走父親和愛妾的流寇投降，恐怕自己性命難保，倒不如與滿清聯手對付李自成，更符合自己的利益。

李自成得悉吳三桂殺害自己的使者後大驚，立即派劉宗敏率領六萬大軍討伐吳三桂。但是，大順軍在北京已嚴重腐化，戰鬥力大不如前，與吳三桂精銳激戰之際，又遇清騎忽至，大順軍猝不及防，陣腳漸亂，傷亡慘重，結果兵敗退回北京城。山海關一役，對李自成是致命的一擊。

李自成覆亡

大順軍敗歸京師後僅餘三萬餘人。李自成憤恨之下怒殺吳三桂一家34口，並匆匆舉行登基大典，又於次日一早命人放火燒了宮殿。面對吳三桂的強烈攻勢，李自成向西安方面逃去。落單的李自成部眾遭遇殘酷的報復，或被砍殺，或被投入火坑，慘死者不下千餘人，足見京師人民怨毒之深。

從戰略上講，京師重地的穩定與否，對全局關係至為重要，然而李自成並無防守與安定京師的規劃，不斷將搜刮來的物資西運，甚至有意建都西安，而其部眾多來自陝西，也無久居京師之志。李自成自謂：「陝，吾之故鄉也，富貴必歸故鄉，即十燕（燕京—北京、保定一帶）未足易一西安。」其格局既然局限於一隅，又豈能大展宏圖？故一旦交戰受挫，就棄城逃逸。

李自成的大順朝分崩離析，還有一個重要原因，就是內訌，其禍根是從錯殺李巖時埋下的。李巖雖不是李自成心腹，但有遠見卓識，對李自成的事業立下大功。當年，李自成大軍進入河南後，李巖投奔他，並獻上著名的「四勸」：一勸除暴安良，招賢納士，收拾民心；二勸宣傳教育大眾，開展輿論戰；三勸整頓軍紀，秋毫無犯，懲治貪官污吏，安撫百姓；四勸身體力行，仗義疏財，以家財拯濟災民。這「四勸」令李自成大受民眾擁護。大順軍攻陷北京後，李巖保護懿安皇后，令其免受大順軍侮辱，又善待士大夫，不拷打掠奪他們。李巖平時深謀遠慮，不貪財勢，特行卓立，遂為貪腐的新貴牛金星等嫉恨。牛金星遂向李自成進讒言，使得李自成猜忌李巖，最終下令將他殺掉。

李巖之死，決定了李自成大軍最後的命運。因為河南民眾是奔着李巖來參加起義的。現在李巖死了，宋獻策出走，劉宗敏留居河南，都搖旗離隊，大軍一哄而散。殺害李巖這樣傑出的人物，無疑是自毀長城，自掘墳墓。

逃離北京的李自成在兩個月後回到西安，對潼關加強防守，準備繼續作戰，清軍繞過北方，從鄂爾多斯南下陝西，李自成又無奈出逃。李自成軍逃至南方，不熟悉地理氣候不斷戰敗，最終逃進湖北通山縣九宮山。李自成在此被農民組成的自衞團所殺，終年40歲。