蒙古族建立元朝，這個游牧民族入主中原後，受到一定程度的漢化。中國文化在思想上以儒學為主幹，從成吉思汗至仁宗之間的多位大汗，都是透過翻譯來學習漢學。元太宗窩闊台、元世祖忽必烈、元仁宗愛育黎拔力八達，以及契丹皇族後裔耶律楚材等對元代儒學發展都有一定推動。

窩闊台與南宋對峙時，採取了一些漢法的治理方式，包括中央朝廷制度、維護文教等，是專門為治理華北漢地而設的制度。元代儒學的主流是程、朱之學， 1235年，窩闊台攻南宋，奉命搜求各類人才的楊惟中、姚樞將宋儒趙復等人送往燕京，在燕京建立太極書院。趙復在這裏傳播程、朱學之外，又講述自伏羲、神農、黃帝、堯、舜、禹、湯、文、武、周公、孔、顏、曾子、子思、孟子、周敦頤、朱子的道學傳承譜系。

中央的儒學教育，還包括窩闊台設立國子學，教蒙古、漢人高官子弟，以蒙、漢語言來教授《孝經》、《四書》等典籍。到忽必烈時確立國子學為中央官學的地位，以培養中國傳統知書達禮的士人為目標。元代軍方少數的衞、鎮也設有儒學教育。地區方面，元代亦繼承宋代書院講學興盛之風，書院林立，講學內容也以儒學為主，又仿中央國子學以程朱理學為宗旨。元朝地方上的路、府、州、縣各級都有官辦的儒學。忽必烈時期頒布要每社（五十家為一社）民辦學校，在農暇時令子弟入學，先教讀《孝經》、《小學》，再讀《大學》、《論語》、《孟子》，經、史等，全國總共設立二萬多所。忽必烈透過翻譯對中國文化的儒學有一定認知，建立中央及地方祭孔崇儒制度，促進了儒學的發展。

元代的科舉制度，也是促進儒學發展因素之一。元代開國初期不重視科舉取士，至仁宗皇慶二年（1313年），才正式頒布科舉之制，以朱子學為標準，由《四書》中出題，以朱子的《四書集注》作答。由於《四書》是科舉用書，所以當時關於《四書》的著作頗多。為了照顧北族人士，當時的科舉設有左右兩榜，蒙古和色目人是右榜，漢人和南人是左榜，來分配取錄名額。其實元仁宗的漢學有相當水準，他讀《資治通鑑》而且下令翻譯成蒙文用來教讀，又對詩、書法有欣賞鑑識的能力。以後的英宗、泰定帝、文宗、順帝都類似，他們還題字、詩句以賞賜大臣。文宗喜好書籍、書畫藝術，時常和儒臣談書論藝；順帝更要求皇子讀《孝經》、《四書》、練習書法。

耶律楚材是契丹遼太祖耶律阿保機長子耶律倍的後代，他的家族向來以漢化聞名。他在窩闊台時期，爭取以漢法參與政治，本着「以儒治國」的觀念，用實際行動來發揮儒學，也就是希望蒙古大汗能浸染中國文化為治理的基礎。他重要的作為有制定賦稅徵收制度，將掠奪的戶口還歸為國家編戶，恢復孔廟制度及衍聖公的傳統，設立二處經史編修單位，召請名儒進宮講學，考選儒士四千多人，這些都是儒學應用及發展的途徑。