蒙古族建立元朝，这个游牧民族入主中原后，受到一定程度的汉化。中国文化在思想上以儒学为主干，从成吉思汗至仁宗之间的多位大汗，都是透过翻译来学习汉学。元太宗窝阔台、元世祖忽必烈、元仁宗爱育黎拔力八达，以及契丹皇族后裔耶律楚材等对元代儒学发展都有一定推动。

窝阔台与南宋对峙时，采取了一些汉法的治理方式，包括中央朝廷制度、维护文教等，是专门为治理华北汉地而设的制度。元代儒学的主流是程、朱之学， 1235年，窝阔台攻南宋，奉命搜求各类人才的杨惟中、姚枢将宋儒赵复等人送往燕京，在燕京建立太极书院。赵复在这里传播程、朱学之外，又讲述自伏羲、神农、黄帝、尧、舜、禹、汤、文、武、周公、孔、颜、曾子、子思、孟子、周敦颐、朱子的道学传承谱系。

中央的儒学教育，还包括窝阔台设立国子学，教蒙古、汉人高官子弟，以蒙、汉语言来教授《孝经》、《四书》等典籍。到忽必烈时确立国子学为中央官学的地位，以培养中国传统知书达礼的士人为目标。元代军方少数的卫、镇也设有儒学教育。地区方面，元代亦继承宋代书院讲学兴盛之风，书院林立，讲学内容也以儒学为主，又仿中央国子学以程朱理学为宗旨。元朝地方上的路、府、州、县各级都有官办的儒学。忽必烈时期颁布要每社（五十家为一社）民办学校，在农暇时令子弟入学，先教读《孝经》、《小学》，再读《大学》、《论语》、《孟子》，经、史等，全国总共设立二万多所。忽必烈透过翻译对中国文化的儒学有一定认知，建立中央及地方祭孔崇儒制度，促进了儒学的发展。

元代的科举制度，也是促进儒学发展因素之一。元代开国初期不重视科举取士，至仁宗皇庆二年（1313年），才正式颁布科举之制，以朱子学为标准，由《四书》中出题，以朱子的《四书集注》作答。由于《四书》是科举用书，所以当时关于《四书》的著作颇多。为了照顾北族人士，当时的科举设有左右两榜，蒙古和色目人是右榜，汉人和南人是左榜，来分配取录名额。其实元仁宗的汉学有相当水准，他读《资治通鉴》而且下令翻译成蒙文用来教读，又对诗、书法有欣赏鉴识的能力。以后的英宗、泰定帝、文宗、顺帝都类似，他们还题字、诗句以赏赐大臣。文宗喜好书籍、书画艺术，时常和儒臣谈书论艺；顺帝更要求皇子读《孝经》、《四书》、练习书法。

耶律楚材是契丹辽太祖耶律阿保机长子耶律倍的后代，他的家族向来以汉化闻名。他在窝阔台时期，争取以汉法参与政治，本着“以儒治国”的观念，用实际行动来发挥儒学，也就是希望蒙古大汗能浸染中国文化为治理的基础。他重要的作为有制定赋税征收制度，将掠夺的户口还归为国家编户，恢复孔庙制度及衍圣公的传统，设立二处经史编修单位，召请名儒进宫讲学，考选儒士四千多人，这些都是儒学应用及发展的途径。