全性命之真的全真教

金代中期，王重陽（喆）創立全真道，領導七位弟子（全真七子）在山東傳教，不久這個新興的道教就傳播華北地區，成為金、元時期華北道教的主流教派。幾代的掌教都受到金朝帝王禮遇，到金末時由長春真人丘處機掌教，曾受到正在西征的成吉思汗邀請，到中亞駐地講道。由於大汗敬重這位漢地薩滿，給予教門免差役優遇，使全真教奠定了在元朝興盛的前景。許多道教門派和流離的士人多託依全真，得到庇護，也因為全真主張儒、釋、道三教合一論，頗能得到知識分子的青睞，以及社會各階層的廣泛信仰和支持。

全真不重服食外丹、肉體成仙說，注重的是要識得本來面目，使復回於真常。修道就是修心，修煉金丹（內丹），又須性、命雙修為「真功」，社會倫理實踐為「真行」，於是佛、道教的修煉和儒教倫理濟世有着密切的結合。

時代召喚的新道教

元朝新興道教除全真外，還有太一、大道二個道派。太一教為蕭抱珍創於金代初期，以「至理純一」義意，傳「太一三元」法籙，符籙色彩濃厚，認為太一是宇宙生化的本體，承緒先秦道家思想而來，又具有最高神的位格。太一教主稱之為「度師」，教義以篤人倫、扶世教為主，透過符籙法術以救世度厄，具有樸素的自然主義和親民作風。到元末時太一教已衰竭，沒有留下甚麼著述。

太一教創立不久，劉德仁創立了大道教，他們都處於華北社會動亂的背景中，寄望撫慰心靈，恢復倫理秩序的信仰需要之時。大道教對傳統道教承緒不多，有三教混雜色彩，注重內心修煉和默禱；自耕而食，以誠敬結合神明；也作治病祈雨等法事。但這教派沒有傳承多久，也看不到著述留存。

龍虎天師和大都玄教

元朝南方道教以江西龍虎山的正一教（天師道）為主，這是由東漢晚年張陵的正一、真道而來，有着長遠的歷史和傳統。元朝大汗們同樣對享有盛名的正一掌教加以禮遇，又封掌教天師為真人，管領江南道教事務。正一的天師在元朝除朝廷召請，偶有些治病、作醮祈雨等法事外，多在龍虎山修持。道士們和士大夫交往詩文和其他宗教界相同，是中國社會傳統的來往，其他沒有甚麼事跡可見，顯得特別謙沖自守，主要原因可能是在首都有代理人之故。

忽必烈汗在1276年滅南宋，同年的下半年，召見正一天師張宗演到大都，隨行弟子有張留孫。次年，宗演天師回龍虎山，留孫被留在京師，授任為江南諸路道教都提點，建天師正一祠於京城，似乎要他代理正一教原有的地位和權力。後來又授以他擔任中央管理全國道教的「集賢院」，他頗得忽必烈汗賞識，曾表現過祈禱停暴風雨、解夢治病的本領。他是蒙古人喜愛的薩滿，而且他和大汗對話很得體，於是封號為玄教宗師。他領的「集賢院」不止是總管道教，還包括全國學校事務、徵集賢能、祭祀等，有不少漢儒得以引進，參與推動儒學以及道教的發展，後繼的三位玄教宗師也依例如此。他們和朝廷、士大夫們互動良好，其中有着相當地位與聲望，正一天師衍生出來的玄教宗師，確實是意料之外的發展。

忠孝為本的淨明道

淨明道教又稱為忠孝淨明道、孝道，自東晉以來漸趨盛行，崇奉孝道明王到靈寶救苦天尊，既依道教靈寶派經典和思路，又奉日、月明王。有學者認為早期是由西域傳來的信仰，又融合儒、佛、道教義而生成，具有三教混合的色彩。在道教各派中最提倡儒學的忠孝思想，頗有其特色。淨明教高舉忠孝立本、忠孝建功，思想上接近宋儒陸九淵的心學要義，主張立仁心根本，正心誠意而真實踐履，忠孝是扶植綱常，這是立本；建功是救世、度人的實踐，修煉的方法也在於此。倫理道德的立本及社會善行功德的建功，都是屬於自力型的宗教。在元代編有《淨明忠孝全書》，說明教派在這時已有成熟完備的倫理思想，除去儒家忠孝大義外，又解說大忠是一物不欺，大孝是一體皆愛，修煉還歸於本元的大道，就是淨明之道。雖然淨明仍有符籙、齋醮，但已採取簡化、淡化的作法，也有道教的理論和修煉講究等。若除去這些宗教色彩，其他的教義和傳道幾乎就是儒教無疑。這突顯出淨明教可以看作是宋元時代的新興道教，但在元朝廷並未加以重視。

道佛相爭

《老子化胡經》是晉朝人所寫的一本書籍，說古代老子到西方教化胡人，化身為佛祖釋迦牟尼。這是歷來佛教指責道教所創的荒唐謬說，而全真教卻在元初時繪圖散布於朝廷，引起佛教師父的憤慨。當時又有些依附全真教的不肖徒眾仗勢欺凌佛教，引至兩教多起糾紛。蒙哥汗和忽必烈汗曾分別召集全真和佛教的代表到朝廷論辯，二次辯論會都是全真教以失利收場，於是有將侵奪的寺產還歸佛教，還將《老子化胡經》及其他被認為是偽經的四十種版本燒毀。全真教過去全盛的聲勢遭到打擊，這也和蒙古權貴接觸藏傳佛教，以及開始信仰崇奉有着關係。