武夷山是中國東南一座巨大的綠色寶庫。武夷山國家自然保護區內保留290平方千米中亞熱帶原生性森林植被，未被人為開發，佔整個保護區面積的51%以上，在全國以至全世界十分罕見。武夷山自然保護區的植被以常綠闊葉林為主，包含了中國中亞熱帶地區所有11個植被類型，具有中亞熱帶地區植被類型的系統性、多樣性和典型性，這在中國和全球同緯度地帶中都是絕無僅有的。武夷山以黃崗山為最高峰的植被，具有明顯的六個層次的分布帶。山頂位置，在錯落磊石群下，生長着以野生茅等禾草為主的中山草甸帶；以紫莖等為代表的中山苔蘚矮曲林帶；以黃山松、南方鐵杉、柳杉為群落的溫性針葉林帶；針闊葉林的混交帶；以苦櫧為代表的常綠闊葉林帶；翠綠的、面積浩大的竹的海洋。

中山草甸是武夷山垂直帶譜中，雄踞海拔最高的第一道植被景觀。中山草甸遍布黃崗山周圍，東西長約2公里，南北長10公里，總面積約20平方公里。由於黃崗山海拔高、氣溫低、風力大，只有耐寒、耐風的草本植物，才能在這惡劣的環境得到生存繁衍，其中以野青茅、沼原草、芒草、野古草為主，間雜着菊科、莎草科等二十多種中生植物。每年從春到夏，草甸從嫩綠、翠綠到墨綠，像一片綠色的草原。每到秋冬，草甸則搖身變成一幅鋪天蓋地的金色地氈。

萱草又稱萱花，黃花菜，顏色金黃。萱草群落是黃崗山中山草甸的一道壯麗景觀，海拔高度在2,050米左石，相傳黃崗山就因萱草遍布而得名。每當仲夏季節，萱花盛開，色彩橙黃，星星點點在綠色的原野上綻放，構成一片山花爛漫的海洋，大有「戰地黃花分外香」的韻味。黃崗山的萱草群區，不僅景觀開闊，明豔動人，具有很高的觀賞價值，而且黃花菜是一道美味佳餚，還有藥用等經濟價值。

中山原始矮曲林是武夷山中亞熱帶植被的一種類型，它介於中山草甸和針葉林帶之間。在武夷山自然保護區的原始矮曲林帶中，最珍貴的是生長着大片小葉黃楊矮林。小葉黃楊屬常綠灌木或小喬木，高1到3米，小枝有短柔毛，莖枝呈四棱，春季開花。小葉黃楊生長很慢，是一片原始森林的狀態，有的已有千百年的歷史，林間時有黑熊、野豬出沒。矮曲林的整體特點是林木低矮，樹幹彎曲，分枝較多，樹冠相對平整，林中溫濕陰暗，樹和地表衍生着大量的苔蘚植物。

武夷山自然保護區，針闊混交林在垂直帶譜佔有很大的面積，其間混合生長着黃山松、南方鐡杉群落、柳杉群落、銀杏、鵝掌楸、香榧、紅豆杉、水杉、江南油杉等針葉林和闊葉林，其中有許多都是珍稀和孑遺樹種。鐵杉是第四紀冰川的孑遺樹種，國家重點保護植物。在中國由於被冰侵襲的地區很多，鐵杉近乎絕跡，有的也只是星星點點地散落在一些林中。武夷山自然保護區，由於未受第四紀冰川的侵襲，被古生物學家稱為古生物的避難所，它保留着一大片的鐵杉群落，被稱為南方鐵杉群落，彌足珍貴。在保護區的掛墩，有一株南方鐵杉，高達30米，腰圍355米，被當地稱為「南方鐵杉王」。柳杉群落，樹型高大，偉岸壯觀，是武夷山國家自然保護區中，針闊混交林的建群種優秀種。成排的柳杉，紅成山楖杉群落，像一群群威武的哨兵，在武夷山高山密林中站崗放哨，護衞着這方地界人與生物圈保護區，同時他們也是這自然保護區中一道壯美的森林風景線。

常綠闊葉林帶是武夷山國家自然保護代表性的植被類型，分布於海拔300至1,400米之間，是在酸性的亞熱帶山地紅壤和黃紅壤發育起來的森林植被。常綠闊葉林終年常綠，一般呈暗綠色而略閃爍反光，林相整齊，由於樹冠渾圓，林冠呈微波狀起伏。內部結構複雜，僅次於熱帶雨林，可分為喬木層、灌木層和草本層。在海拔1,000米以下，伴有馬尾松、杉木與常綠闊葉林混交的針闊混交林，也存有毛竹、杉木與常綠闊葉林混生的混交林，並生長毛竹純林。

無邊的竹海，翻騰的綠波是武夷山森林垂直帶譜中，一道面積很大的植被景觀。竹林屬武夷山重要的闊葉林植被。武夷山是福建省竹類的主要產地之一，共有11屬47種，其中5變種，2變型。區內共有熱性竹林、暖性竹林和溫性竹林三個植被亞型、10群系。毛竹林是武夷山國家自然保護區最主要的竹林類型，具有一定的經濟價值，合理的開發利用，成為區內村民探索合理利用，自然保持持續發展的重要途徑。武夷山珍貴的竹種有武夷方竹、羅漢竹等。