武夷山是中国东南一座巨大的绿色宝库。武夷山国家自然保护区内保留290平方千米中亚热带原生性森林植被，未被人为开发，占整个保护区面积的51%以上，在全国以至全世界十分罕见。武夷山自然保护区的植被以常绿阔叶林为主，包含了中国中亚热带地区所有11个植被类型，具有中亚热带地区植被类型的系统性、多样性和典型性，这在中国和全球同纬度地带中都是绝无仅有的。武夷山以黄岗山为最高峰的植被，具有明显的六个层次的分布带。山顶位置，在错落磊石群下，生长着以野生茅等禾草为主的中山草甸带；以紫茎等为代表的中山苔藓矮曲林带；以黄山松、南方铁杉、柳杉为群落的温性针叶林带；针阔叶林的混交带；以苦槠为代表的常绿阔叶林带；翠绿的、面积浩大的竹的海洋。

中山草甸是武夷山垂直带谱中，雄踞海拔最高的第一道植被景观。中山草甸遍布黄岗山周围，东西长约2公里，南北长10公里，总面积约20平方公里。由于黄岗山海拔高、气温低、风力大，只有耐寒、耐风的草本植物，才能在这恶劣的环境得到生存繁衍，其中以野青茅、沼原草、芒草、野古草为主，间杂着菊科、莎草科等二十多种中生植物。每年从春到夏，草甸从嫩绿、翠绿到墨绿，像一片绿色的草原。每到秋冬，草甸则摇身变成一幅铺天盖地的金色地毡。

萱草又称萱花，黄花菜，颜色金黄。萱草群落是黄岗山中山草甸的一道壮丽景观，海拔高度在2,050米左石，相传黄岗山就因萱草遍布而得名。每当仲夏季节，萱花盛开，色彩橙黄，星星点点在绿色的原野上绽放，构成一片山花烂漫的海洋，大有“战地黄花分外香”的韵味。黄岗山的萱草群区，不仅景观开阔，明艳动人，具有很高的观赏价值，而且黄花菜是一道美味佳肴，还有药用等经济价值。

中山原始矮曲林是武夷山中亚热带植被的一种类型，它介于中山草甸和针叶林带之间。在武夷山自然保护区的原始矮曲林带中，最珍贵的是生长着大片小叶黄杨矮林。小叶黄杨属常绿灌木或小乔木，高1到3米，小枝有短柔毛，茎枝呈四棱，春季开花。小叶黄杨生长很慢，是一片原始森林的状态，有的已有千百年的历史，林间时有黑熊、野猪出没。矮曲林的整体特点是林木低矮，树干弯曲，分枝较多，树冠相对平整，林中温湿阴暗，树和地表衍生着大量的苔藓植物。

武夷山自然保护区，针阔混交林在垂直带谱占有很大的面积，其间混合生长着黄山松、南方鐡杉群落、柳杉群落、银杏、鹅掌楸、香榧、红豆杉、水杉、江南油杉等针叶林和阔叶林，其中有许多都是珍稀和孑遗树种。铁杉是第四纪冰川的孑遗树种，国家重点保护植物。在中国由于被冰侵袭的地区很多，铁杉近乎绝迹，有的也只是星星点点地散落在一些林中。武夷山自然保护区，由于未受第四纪冰川的侵袭，被古生物学家称为古生物的避难所，它保留着一大片的铁杉群落，被称为南方铁杉群落，弥足珍贵。在保护区的挂墩，有一株南方铁杉，高达30米，腰围355米，被当地称为“南方铁杉王”。柳杉群落，树型高大，伟岸壮观，是武夷山国家自然保护区中，针阔混交林的建群种优秀种。成排的柳杉，红成山楖杉群落，像一群群威武的哨兵，在武夷山高山密林中站岗放哨，护卫着这方地界人与生物圈保护区，同时他们也是这自然保护区中一道壮美的森林风景线。

常绿阔叶林带是武夷山国家自然保护代表性的植被类型，分布于海拔300至1,400米之间，是在酸性的亚热带山地红壤和黄红壤发育起来的森林植被。常绿阔叶林终年常绿，一般呈暗绿色而略闪烁反光，林相整齐，由于树冠浑圆，林冠呈微波状起伏。内部结构复杂，仅次于热带雨林，可分为乔木层、灌木层和草本层。在海拔1,000米以下，伴有马尾松、杉木与常绿阔叶林混交的针阔混交林，也存有毛竹、杉木与常绿阔叶林混生的混交林，并生长毛竹纯林。

无边的竹海，翻腾的绿波是武夷山森林垂直带谱中，一道面积很大的植被景观。竹林属武夷山重要的阔叶林植被。武夷山是福建省竹类的主要产地之一，共有11属47种，其中5变种，2变型。区内共有热性竹林、暖性竹林和温性竹林三个植被亚型、10群系。毛竹林是武夷山国家自然保护区最主要的竹林类型，具有一定的经济价值，合理的开发利用，成为区内村民探索合理利用，自然保持持续发展的重要途径。武夷山珍贵的竹种有武夷方竹、罗汉竹等。