黃山峰林如海，溝壑縱橫，雨量豐富，夏秋季氣候涼爽，適宜動植物生長。由於山頂、山腰和山腳分處寒帶、溫帶和亞熱帶，隨海拔高度的垂直分布，各個氣候帶的動植物均可生長，而且種類繁多，使黃山成了一座生物寶庫，名花嘉木，珍禽異獸，應有盡有。黃山共有一千五百多種植物，其中樹木佔了三分之一，而動物則有五百多種（其中鳥類有一百七十多種，脊椎動物佔三百多種）。因此，黃山在中國的動植物的研究中佔有重要一席，故黃山又有 「華東動植物寶庫」之稱。

珍禽

黃山鳥類中，以八音鳥和白鷴最為珍貴。八音鳥，又稱「山樂鳥」、「音樂鳥」。牠體形秀美嬌小，背蒼，腹黃，毛色秀麗。每日凌晨四五點鐘開始鳴叫，叫聲很長，一聲能發八個音。音色清脆悅耳，旋律婉轉優美。白鷴，又名「白山雉」、「白鳳凰」。牠一身羽毛雪白，上體與兩翅有少許「V」形黑色斑紋，尾羽很長，面部和腳呈紅色，嘴綠色，體態端正，行止閒靜。黃山人工飼養白鷴的歷史已很久遠。唐代李白遊黃山時，曾寫《贈黃山胡公求白鷴》一詩，換取當地高士胡暉飼養的一對白鷴。因白鷴久經馴養，呼之便能依掌就食，十分可愛。

異獸

黃山獸類中，短尾猴是最奇異的一種。牠因尾短（ 約2寸）而得名，身材高大，四肢粗壯，身披灰褐色長毛，能直立行走。短尾猴群居於1,000米左右的高山叢林中，冬季向下遷移。膽子大，見着遊人直眨眼睛，不時做着各種調皮、滑稽的動作，只要人們不觸犯牠，便可相安無事。黃山短尾猴有能釀酒的趣聞。牠們春夏採雜花野果儲藏於石窪之中，在一定溫度下便自然發酵成酒，是一種「無心插柳柳成蔭」的現象。短尾猴吃了石洞中已發酵的獮猴桃，經常醉倒，甚為有趣。

古木

黃山分布着豐富多彩的森林植物群落，而且還保存着很多的古樹名木。如銀杏，俗稱「白果樹」，是第四紀冰川時代遺留下來的古老珍稀樹種。黃山古銀杏，樹齡多是數百年，甚至千年。它樹姿優美，葉形如扇，微風吹拂，枝搖扇舞，深秋季節滿樹金果，是著名的觀賞樹種。鵝掌楸也是古時遺下的樹種。樹幹巍峨挺拔，樹冠宛如傘蓋，葉形奇特，春末夏初枝端長滿黃色花朵，分外嬌美，是世界上珍貴的觀賞樹種，它不僅樹種古老，而且樹齡往往達數百年。

奇花

黃山的高峰深壑之中，生長着珍稀的奇花異草。如「天女花」，為落葉小喬木，春季在綠蔭叢中時出點銀花，在輕風撫搖下頻頻擺動，花瓣散落於微風蕩漾之中，恰似天女散花，「天女花」之名由此而來。又如黃山杜鵑，為常綠灌木，葉卵狀披針形，花冠呈鐘狀，白色至淡紫色，密布枝頂，遮着枝葉，富麗飽滿，令人心醉。在西海杜鵑塢和北海散花塢，數十數百棵杜鵑花連成一片，遠眺似雲、似霞、似錦。此外，黃山異草，以龍鬚草、雲霧草、還魂草為著。黃山民謠稱：「黃山草中有三寶，龍鬚、雲霧、還魂草。」它們均具藥用價值。