秦統一中國後，就地方上應實行按宗法血緣關係的層層分封制，還是實行中央集權的郡縣制一事上，廷尉李斯和丞相王綰發生了一場爭論。秦始皇最後採納李斯的意見，在全國實行單一的郡縣制。與此同時，戰國時形成的一些官員管理制度，如官員任用上廢除世官制、官員無常任、報酬俸祿制、官員業績考核制等，秦統一全國後都加以繼承。戰國君主權力加強的趨勢，到秦漢發展出「皇帝制度」。隨着君主專制和中央集權在制度上的確定，加上國家事務的日益繁冗，勢必在行政組織上要求整齊精密。秦漢時期，通過不斷調整，一套完整的職官體系最終確定。先秦的行政管理因為大多處於宗法制基礎上的領主制階段，還不屬於嚴格意義上的君主官僚制的範疇，到了秦漢則最終確立了這樣的政治制度，並且從此一直延綿了二千餘年。

從秦朝開始，國君的稱號為「皇帝」，意思是蓋過傳說中的三皇五帝，他擁有對國家一切事務的最高支配權和最後決定權。秦漢時期，與皇帝有關的制度已經大體完備，除了獨攬大權以外，還有以下四個方面的內容：（一）皇帝的專用詞。如皇帝自稱「朕」，命令文告稱「制」、「詔」，去哪兒稱「幸某處」，用的東西、寫和畫的東西，前面要加個「御」字等等。（二）皇位繼承制度。全國所有官員都不再世襲，唯有皇帝例外，法定繼承人稱太子，一般都在老皇帝去世前就已經確定。（三）後宮制度。皇帝的正妻稱皇后，其他妃子稱婕妤、美人等，等級各不相同，後來貴妃地位最高，僅次於皇后。太子繼位後，如果年紀小，往往由母后攝政，容易造成外戚專權，漢武帝為除此弊病，曾採用過殺母立子的野蠻做法。（四）宦官制度。皇帝多妻，宮內僕役以宦官為主，明清時又稱「太監」。宦官與君主接近，往往受到君主重用。東漢、唐、明等朝代宦官干政、胡作非為的現象特別嚴重，東漢因此發生了著名的黨錮之禍。

自秦朝「皇帝制度」確立後，皇帝成了統一國家的象徵，皇位的繼承只能在一家一姓中進行，大多數皇帝在生前就確立了太子人選。但在中國歷代中，皇位的繼承問題也造成不少禍害，主要有三方面：（一）宗室相殘。世官制和分封制取消後，皇子們為爭奪太子之位不惜骨肉相殘。（二）統治者專權。歷代統治者不斷分割官員的權力，擔心他們集權會威脅皇權的壟斷和皇位的繼承，所以君主專制的程度也愈來愈嚴重，並往往造成禍害。（三）外戚干政。皇帝后妃的家族成員，即外戚，歷代君主對他們都設法加以限制。如果新皇帝年幼即位，無法處理國政，其母后會臨朝稱政，容易造成外戚專權，相當危險。

中國自秦代開始，歷代皇帝大多實行「君主集權」制，皇帝擁有對國家一切事務的最高支配權和最後決定權。但當皇帝精力不濟或無意管理事務時，他們又不願意把權力下放給官員，卻將權力交給自己身邊的宮奴即宦官（又稱太監）；這是因為宦官沒有後代，不會覬覦皇位。但他們得勢後作威作福，肆無忌憚，導致大亂的例子屢見不鮮，這就是中國歷史上經常出現的宦官之禍。東漢、唐代和明代，宦官勢力強盛時，人人唯宦官馬首是瞻，即使是皇位繼承之事也由他們任意操縱，這引起有識之士跟濫權宦官作對抗，如明末的東林黨人。

秦漢兩朝，中央官吏中最重要的是「三公九卿」。秦和西漢中前期，習慣上把丞相、太尉、御史大夫稱為「三公」，不過，他們的地位和權力並不平等。太尉主軍，不常設，御史大夫則是丞相的輔佐，地位最高的是丞相。漢成帝（公元前32—前7年）以後，丞相（又稱司徒）、太尉（又稱司馬）與御史大夫（又稱司空）「三公」鼎立，地位平等，都是宰相官。「司徒」主管民事，「司馬」管軍事，「司空」管水土工程事。漢武帝開始，皇帝不斷用自己身邊的秘書官、侍從官來分割外廷丞相等人的權力，不過在整個兩漢，仍維持由「三公」負責全國重大政務的制度。「三公」之下，有一系列分理各項具體事務的官，泛稱「九卿」。其中，「太常」掌管祭祀與禮儀；「光祿勳」和「衞尉」守衞皇宮；「太僕」主馬政，管理皇帝的車馬；「廷尉」是司法官；「大鴻臚」負責內外接待禮儀；「宗正」管理皇室家族和外戚事務；「大司農」和「少府」則分別掌管國家和皇室的財政稅收。

秦代在地方上實行單一的郡縣制。地方上分郡、縣兩級，郡的長官稱守，又稱太守，一郡內的民政、財政、司法、教育、選舉，以及兵事等，都由他管理執行。協助郡守管理全郡事務的是郡丞，另有都尉在武事方面輔佐郡守。縣的長官稱令或長，一般大縣或難治理的縣，長官稱令。縣令或縣長全面主管縣中各項事務，他們的佐官有縣丞和縣尉。縣丞全面協助，縣尉主要管武事，以及在緝捕盜賊方面協助縣令或縣長。漢代在地方上分封了一些諸侯王國，但仍以郡縣制為主。為了監察地方郡國，漢武帝將全國劃分為13部，後來又稱13州，每州置刺史一人。刺史本來只有監察權，但後來，他們經常干預地方事務，逐漸成為凌駕於郡守之上的一級長官，州也慢慢變成了郡之上的一級行政機構。