秦统一中国后，就地方上应实行按宗法血缘关系的层层分封制，还是实行中央集权的郡县制一事上，廷尉李斯和丞相王绾发生了一场争论。秦始皇最后采纳李斯的意见，在全国实行单一的郡县制。与此同时，战国时形成的一些官员管理制度，如官员任用上废除世官制、官员无常任、报酬俸禄制、官员业绩考核制等，秦统一全国后都加以继承。战国君主权力加强的趋势，到秦汉发展出“皇帝制度”。随着君主专制和中央集权在制度上的确定，加上国家事务的日益繁冗，势必在行政组织上要求整齐精密。秦汉时期，通过不断调整，一套完整的职官体系最终确定。先秦的行政管理因为大多处于宗法制基础上的领主制阶段，还不属于严格意义上的君主官僚制的范畴，到了秦汉则最终确立了这样的政治制度，并且从此一直延绵了二千余年。

从秦朝开始，国君的称号为“皇帝”，意思是盖过传说中的三皇五帝，他拥有对国家一切事务的最高支配权和最后决定权。秦汉时期，与皇帝有关的制度已经大体完备，除了独揽大权以外，还有以下四个方面的内容：（一）皇帝的专用词。如皇帝自称“朕”，命令文告称“制”、“诏”，去哪儿称“幸某处”，用的东西、写和画的东西，前面要加个“御”字等等。（二）皇位继承制度。全国所有官员都不再世袭，唯有皇帝例外，法定继承人称太子，一般都在老皇帝去世前就已经确定。（三）后宫制度。皇帝的正妻称皇后，其他妃子称婕妤、美人等，等级各不相同，后来贵妃地位最高，仅次于皇后。太子继位后，如果年纪小，往往由母后摄政，容易造成外戚专权，汉武帝为除此弊病，曾采用过杀母立子的野蛮做法。（四）宦官制度。皇帝多妻，宫内仆役以宦官为主，明清时又称“太监”。宦官与君主接近，往往受到君主重用。东汉、唐、明等朝代宦官干政、胡作非为的现象特别严重，东汉因此发生了著名的党锢之祸。

自秦朝“皇帝制度”确立后，皇帝成了统一国家的象征，皇位的继承只能在一家一姓中进行，大多数皇帝在生前就确立了太子人选。但在中国历代中，皇位的继承问题也造成不少祸害，主要有三方面：（一）宗室相残。世官制和分封制取消后，皇子们为争夺太子之位不惜骨肉相残。（二）统治者专权。历代统治者不断分割官员的权力，担心他们集权会威胁皇权的垄断和皇位的继承，所以君主专制的程度也愈来愈严重，并往往造成祸害。（三）外戚干政。皇帝后妃的家族成员，即外戚，历代君主对他们都设法加以限制。如果新皇帝年幼即位，无法处理国政，其母后会临朝称政，容易造成外戚专权，相当危险。

中国自秦代开始，历代皇帝大多实行“君主集权”制，皇帝拥有对国家一切事务的最高支配权和最后决定权。但当皇帝精力不济或无意管理事务时，他们又不愿意把权力下放给官员，却将权力交给自己身边的宫奴即宦官（又称太监）；这是因为宦官没有后代，不会觊觎皇位。但他们得势后作威作福，肆无忌惮，导致大乱的例子屡见不鲜，这就是中国历史上经常出现的宦官之祸。东汉、唐代和明代，宦官势力强盛时，人人唯宦官马首是瞻，即使是皇位继承之事也由他们任意操纵，这引起有识之士跟滥权宦官作对抗，如明末的东林党人。

秦汉两朝，中央官吏中最重要的是“三公九卿”。秦和西汉中前期，习惯上把丞相、太尉、御史大夫称为“三公”，不过，他们的地位和权力并不平等。太尉主军，不常设，御史大夫则是丞相的辅佐，地位最高的是丞相。汉成帝（公元前32—前7年）以后，丞相（又称司徒）、太尉（又称司马）与御史大夫（又称司空）“三公”鼎立，地位平等，都是宰相官。“司徒”主管民事，“司马”管军事，“司空”管水土工程事。汉武帝开始，皇帝不断用自己身边的秘书官、侍从官来分割外廷丞相等人的权力，不过在整个两汉，仍维持由“三公”负责全国重大政务的制度。“三公”之下，有一系列分理各项具体事务的官，泛称“九卿”。其中，“太常”掌管祭祀与礼仪；“光禄勋”和“卫尉”守卫皇宫；“太仆”主马政，管理皇帝的车马；“廷尉”是司法官；“大鸿胪”负责内外接待礼仪；“宗正”管理皇室家族和外戚事务；“大司农”和“少府”则分别掌管国家和皇室的财政税收。

秦代在地方上实行单一的郡县制。地方上分郡、县两级，郡的长官称守，又称太守，一郡内的民政、财政、司法、教育、选举，以及兵事等，都由他管理执行。协助郡守管理全郡事务的是郡丞，另有都尉在武事方面辅佐郡守。县的长官称令或长，一般大县或难治理的县，长官称令。县令或县长全面主管县中各项事务，他们的佐官有县丞和县尉。县丞全面协助，县尉主要管武事，以及在缉捕盗贼方面协助县令或县长。汉代在地方上分封了一些诸侯王国，但仍以郡县制为主。为了监察地方郡国，汉武帝将全国划分为13部，后来又称13州，每州置刺史一人。刺史本来只有监察权，但后来，他们经常干预地方事务，逐渐成为凌驾于郡守之上的一级长官，州也慢慢变成了郡之上的一级行政机构。