不管何種慈善組織，在賑濟貧民等方面都起過一定作用。但在發展過程中也出現了諸如管理不善、財政困難、官員貪污舞弊等問題。例如明代官辦的慈善機構養濟院，經費始終是困擾其進一步發展的瓶頸。由於明初對養濟院未做名額限制，地方財力又十分有限，僧多粥少的局面在所難免，一旦遇上荒年歉歲，社會上大批災民有待救助，養濟院的經費就難以接濟了。更糟糕的是，有些養濟院因缺少款項，得不到及時修葺，最終落得坍塌毀壞的結局。其次，胥吏的貪污舞弊是另一突出的現象。陋弊種種，不僅造成慈善資源的極大浪費，而且使得真正需要救濟的人被摒諸門外。針對問題與弊端，明政府也採取過一些相應的補救措施。如派遣巡按、御史等赴各州縣加強督查，廣泛提倡民間社會設善堂善會，救濟貧者殘疾之人。但是，隨着明後期各種社會問題日趨嚴重，作為善政內容的養濟院雖然仍得以存在，但其影響已遠不如前，其式微之徵兆也愈來愈明顯。

中國現代慈善組織雖然獲得了極大發展，但在發展中也遇到了一些困難和問題：首先是觀念滯後，慈善事業發展所需要的社會氛圍尚未形成。儘管官方大力提倡，但一些人仍對慈善事業存有誤解；甚至一些慈善組織及其從事慈善工作的人員，也只是將慈善事業看成是單純的道德事業，未能將其作為社會分工產物並不斷發展的社會事業來對待，從而與發達國家的慈善事業理念存在較大差距。

其次是慈善機構的數量太少，慈善捐贈水準較低。中國目前的慈善公益機構僅有一百多家，而且絕大多數是政府所辦，全國每年募集到慈善資源不到全國GDP（國民生產總值）的0.1%（美國慈善公益團體掌控的資源高達美國GDP的8%－9%）。中國的慈善事業很大程度上仍舊依賴海外捐贈，如在中華慈善總會的捐贈物資中有近80%來自海外，只有20%多一點來自內地。因此中國慈善機構動員社會資源的能力較弱，多數尚欠缺足夠的社會公信力。

其三是發展慈善事業相關的政策、法律、法規尚不健全和完善。迄今國內尚沒有為專門規範慈善（公益）組織的實體內容的法律與法規條款，即使是已經頒佈的有關法律、法規政策，亦因缺乏具體及可供操作的配套政策而難以落實。國內目前只有中華慈善總會與中國紅十字會等七家慈善機構是捐贈全額免稅的慈善組織。也就是說，只有極少數慈善機構獲得政府的特別許可，有權開出能得到政府財政部門認可的捐贈證明。這種壟斷格局，成為慈善事業依附於政府，難以作更大的發展的主要障礙。

其四是慈善組織自身亦存在着不能適應發展需要的弱點。如部分慈善機構的組織建設還不規範，慈善募捐的方式缺乏足夠的吸引力，慈善工作人員的專業素質仍有待提高，慈善組織的運行還缺乏透明度及接受社會監督，慈善公益系統的自律還有待強化。概括而言，就是慈善組織仍面臨着規範、專業、自律等方面的改進。