不管何种慈善组织，在赈济贫民等方面都起过一定作用。但在发展过程中也出现了诸如管理不善、财政困难、官员贪污舞弊等问题。例如明代官办的慈善机构养济院，经费始终是困扰其进一步发展的瓶颈。由于明初对养济院未做名额限制，地方财力又十分有限，僧多粥少的局面在所难免，一旦遇上荒年歉岁，社会上大批灾民有待救助，养济院的经费就难以接济了。更糟糕的是，有些养济院因缺少款项，得不到及时修葺，最终落得坍塌毁坏的结局。其次，胥吏的贪污舞弊是另一突出的现象。陋弊种种，不仅造成慈善资源的极大浪费，而且使得真正需要救济的人被摒诸门外。针对问题与弊端，明政府也采取过一些相应的补救措施。如派遣巡按、御史等赴各州县加强督查，广泛提倡民间社会设善堂善会，救济贫者残疾之人。但是，随着明后期各种社会问题日趋严重，作为善政内容的养济院虽然仍得以存在，但其影响已远不如前，其式微之征兆也愈来愈明显。

中国现代慈善组织虽然获得了极大发展，但在发展中也遇到了一些困难和问题：首先是观念滞后，慈善事业发展所需要的社会氛围尚未形成。尽管官方大力提倡，但一些人仍对慈善事业存有误解；甚至一些慈善组织及其从事慈善工作的人员，也只是将慈善事业看成是单纯的道德事业，未能将其作为社会分工产物并不断发展的社会事业来对待，从而与发达国家的慈善事业理念存在较大差距。

其次是慈善机构的数量太少，慈善捐赠水准较低。中国目前的慈善公益机构仅有一百多家，而且绝大多数是政府所办，全国每年募集到慈善资源不到全国GDP（国民生产总值）的0.1%（美国慈善公益团体掌控的资源高达美国GDP的8%－9%）。中国的慈善事业很大程度上仍旧依赖海外捐赠，如在中华慈善总会的捐赠物资中有近80%来自海外，只有20%多一点来自内地。因此中国慈善机构动员社会资源的能力较弱，多数尚欠缺足够的社会公信力。

其三是发展慈善事业相关的政策、法律、法规尚不健全和完善。迄今国内尚没有为专门规范慈善（公益）组织的实体内容的法律与法规条款，即使是已经颁布的有关法律、法规政策，亦因缺乏具体及可供操作的配套政策而难以落实。国内目前只有中华慈善总会与中国红十字会等七家慈善机构是捐赠全额免税的慈善组织。也就是说，只有极少数慈善机构获得政府的特别许可，有权开出能得到政府财政部门认可的捐赠证明。这种垄断格局，成为慈善事业依附于政府，难以作更大的发展的主要障碍。

其四是慈善组织自身亦存在着不能适应发展需要的弱点。如部分慈善机构的组织建设还不规范，慈善募捐的方式缺乏足够的吸引力，慈善工作人员的专业素质仍有待提高，慈善组织的运行还缺乏透明度及接受社会监督，慈善公益系统的自律还有待强化。概括而言，就是慈善组织仍面临着规范、专业、自律等方面的改进。