1661年4月，鄭成功揮師東渡，從荷蘭侵略者手中收復台灣。收復台灣後，鄭成功一方面設置府縣，編戶籍，興辦學校，開科取士；一方面命各軍分區屯墾，興建水利設施。同時，大力招募因遷界而流離失所的內陸沿海居民遷往台灣，從事農墾業、手工業及商貿航運業。不僅為內陸沿海居民解決生活問題，而且為開發台灣作出貢獻。在鄭氏掌政權的23年中，台灣人口激增，開墾面積迅速擴大，社會經濟和文化建設飛速發展。

1683年（康熙二十二年），施琅率領大軍收復台灣後，中國當時政治統一的局面，亦為台灣帶來新的發展機遇。內地人民，尤其是福建人民大量遷移台灣，一場由南到北，由西向東的墾殖運動在台灣展開。這次規模空前的移民高潮持續了一百多年，至乾隆和嘉慶年間達到高峰，進一步使閩台的社會關係更加密切。如清乾隆四十九年（1784年），開放台灣鹿港與泉州蚶江對渡，之後又開放淡水河口的八里坌與蚶江及福州的五虎門對口通航。蚶江港開放以後，很快成為泉州對台交通中心，方便了泉州人向台灣遷移。

據1926年日本殖民者對台灣所做的「台灣在籍漢民族鄉貫別調查」顯示，當時在台灣的漢族居民有3,751,600人，祖籍在福建的有312萬人，佔83.1%。其中，屬於泉州府籍的佔44.8%，永春州籍的佔0.6％，兩者相加為45.4％，總數為一百七十多萬人；而屬於漳州府籍的佔35.2%。顯然，泉州人為數最多。