1661年4月，郑成功挥师东渡，从荷兰侵略者手中收复台湾。收复台湾后，郑成功一方面设置府县，编户籍，兴办学校，开科取士；一方面命各军分区屯垦，兴建水利设施。同时，大力招募因迁界而流离失所的内陆沿海居民迁往台湾，从事农垦业、手工业及商贸航运业。不仅为内陆沿海居民解决生活问题，而且为开发台湾作出贡献。在郑氏掌政权的23年中，台湾人口激增，开垦面积迅速扩大，社会经济和文化建设飞速发展。

1683年（康熙二十二年），施琅率领大军收复台湾后，中国当时政治统一的局面，亦为台湾带来新的发展机遇。内地人民，尤其是福建人民大量迁移台湾，一场由南到北，由西向东的垦殖运动在台湾展开。这次规模空前的移民高潮持续了一百多年，至乾隆和嘉庆年间达到高峰，进一步使闽台的社会关系更加密切。如清乾隆四十九年（1784年），开放台湾鹿港与泉州蚶江对渡，之后又开放淡水河口的八里坌与蚶江及福州的五虎门对口通航。蚶江港开放以后，很快成为泉州对台交通中心，方便了泉州人向台湾迁移。

据1926年日本殖民者对台湾所做的“台湾在籍汉民族乡贯别调查”显示，当时在台湾的汉族居民有3,751,600人，祖籍在福建的有312万人，占83.1%。其中，属于泉州府籍的占44.8%，永春州籍的占0.6％，两者相加为45.4％，总数为一百七十多万人；而属于漳州府籍的占35.2%。显然，泉州人为数最多。