長期以來，黃帝祭祀形成了公祭和民祭兩種制度形式。公祭就是官方祭祀，民祭就是民間祭祀，相傳農曆九月九日重陽節是軒轅黃帝乘龍升天的日子，民祭活動大都在每年的重陽節舉行。現在拜祖認宗的海外華人愈來愈多，每年都有許多旅居海外的華人前來黃帝陵，或在清明節參加公祭活動，或在重陽節舉行祭祖儀式。

公祭

公祭是以官方名義組織的有嚴格等級、一定規模和特定儀式的大型黃帝祭祀活動。在歷史文獻記載中，中國歷史上公祭黃帝活動有兩種形式，一種是廟祭，一種是陵祭。廟祭是中國傳統祭祖形式，是指在家廟或宗祠中，祭祀祖先神主牌位。從黃帝仙逝大臣左徹建廟祭祀開始，廟祭黃帝的公祭活動迄今已有五千多年歷史了。以後的歷朝歷代，都在京都和都城以外的很多地方造像、建壇、修廟祭祀黃帝，祭祀先祖軒轅黃帝的傳統深入人心。陵祭也是中國傳統祭祖形式，是指在祖先陵墓前祭祀。陵祭黃帝的公祭活動始於公元前110年漢武帝率十八萬將士在黃帝陵的祭拜活動。二千多年來，黃帝陵一直是歷代王朝舉行國家大祭的場所。

現在，每年4月在陝西省黃陵縣舉行的清明公祭軒轅黃帝典禮、每年農曆三月初三在河南省新鄭市舉行黃帝故里拜祖大典等公祭活動，每次都有國家領導人、港澳台同胞、海外僑胞、大陸各省區及當地代表等上萬人參加。此外，台灣等地也有遙祭黃帝的活動，每年4月清明前後台灣都會舉行遙祭黃帝陵典禮。公祭黃帝活動已成為中華民族的傳統盛事。

公祭儀式

在幾千年的傳承中，公祭黃帝陵沒有形成固定的規範形式，在典禮名稱、儀式、時節等方面的隨意性比較大。為了體現對人文初祖軒轅黃帝的崇敬之情，展現中華民族優秀文化，增強中華民族凝聚力，2004年開始，公祭黃帝陵典禮被正式升格為國家級祭祀，同時形成了一套完整的規範化黃帝陵公祭儀式。黃帝陵公祭活動名稱定為「清明公祭軒轅黃帝典禮」，根據每一年度，前面要加上公元紀年和農曆紀年。2016年舉辦的就稱為「2016丙申年清明公祭軒轅黃帝典禮」。

公祭典禮的開始時間是上午9時50分，其寓意為「九五之尊」，以此來體現這個典禮是最高級別的祭祀。公祭典禮的程式一共為7項：第一項，全體肅立10秒鐘；第二項，擊鼓鳴鐘，擊鼓三十四響，代表全國34個省、市、自治區、特別行政區崇敬先祖的共同心聲。鳴鐘九響，代表祭祀是最高等級，因為「九」是中華禮數中最高位級的數；第三項，敬獻花籃；第四項，恭讀祭文；第五項，行三鞠躬禮；第六項，樂舞告祭；第七項，瞻仰聖殿，拜謁祖陵。

祭文方面，明朝制定了黃帝陵祭典由皇帝親撰祭文，古稱「御制祝文」，並有刻石立碑制度。拜祭儀式過後，就把祭文刻在石碑上，以求流芳百世。歷代祭文石碑現存於黃帝陵軒轅廟的碑廊之中。明清的祭文中體現着對人文初祖黃帝的尊崇與敬奉，還特別闡明他們是在黃帝創立的「道統」上一脈相承治理天下，以此表明自己的正統身份，來凝聚各族人民，鞏固其統治地位。中華人民共和國成立以來，公祭祭文中採用詩化語言，畫龍點睛歌頌軒轅黃帝的豐功偉績，描述中華大地的壯麗雄偉，歷數中國發展的巨大成就，突出祖國統一的偉大理想，並將當今的政治、經濟、社會發展的熱點也寫進祭文。

公祭黃帝陵使用的黃帝祭器是天子等級的青銅禮器，造型大氣莊重、紋飾精緻雋美，每件祭器都鑄有「黃陵祭器」四個字，並有編號。按照傳統，天子祭祀時使用九鼎八簋。軒轅殿內，黃帝像的正前方放上了象徵國土社稷的從小到大九個青銅鼎。同時還有犧牲器、酒醴器、粢盛器、籩豆器、香燭器、編鐘等青銅祭器。軒轅殿外的月台上，放置有一個高約2.5米的大鼎，上面鐫刻着「盛德垂範」四個大字。

在祭祀活動中，使用天子等級的旗幟，主要有太常旗、黃麾、儀仗旗，另外還有門旗、龍旗、日月旗、金木水火土五星旗、風雲雷雨旗、四瀆旗、五嶽旗、二十八宿旗和熊、貔、貅、虎、雕、鷹、鳶等猛獸猛禽旗。使用天子等級的兵仗隊，主要有鋮、戚、齋、刀、戈、載、矛、殳等兵器。供奉的祭品，主要有牛、羊、豬、瓜果、美酒、玉帛、木刻祭文以及花籃等。