在三星堆遗址发现的大大小小的玉石器坑和近年发现的器物坑有十余处，但最引人瞩目的是三星堆两个大型祭祀坑。究竟这两个坑是哪个王（朝）挖的？他们要祭祀的神是谁？当时发生了甚么大事要举行如此重大的祭祀活动？从两坑中所出的珍贵“礼器及神像（或先祖之像）”来看，显然这不是蜀人在和平时期所作所为，必然是遇到了极其严重的形势下被迫做出的行为。那么是发生了甚么样的事情而产生了这样“毁庙灭宗”倾其所有的事情呢？专家学者们经过研究，主要有六种看法：事件一、洪灾；事件二、蜀王“暴毙”（王陵之祭）；事件三、盟誓之祭；事件四、灭族之坑；事件五、不祥宝器掩埋坑说；事件六、祭祀坑说。

事件一、洪灾

就地理位置而言，蜀文化所处的中心区域的成都平原是个冲积、洪积形平原，西北高，东南低，地面平坦，坡降幅度约3-5%。岷江上游每当春夏山洪暴发之际，洪水从灌口汹涌冲出，铺天盖地的向成都平原奔来，处在成都平原的三星堆古城挡不住洪水冲积，使城内城外处于汪洋之中。为避免今后再次遭受洪水之灾，于是蜀王在不得已的情况下采取了“毁庙敬神”的“活动”。从三星堆遗址的发掘资料来看，也确实在三星堆遗址的商代时期的地层中发现有一层厚约12厘米左右的洪水淤泥层，此淤泥层也得到了水利方面专家的确认。

事件二、蜀王“暴毙”

这是一些学者根据近年太湖地区良渚大墓的发现而论，认为江苏寺墩大墓82M3是中国最早、最富研究价值的大型火葬墓之一。虽然时代上与三星堆存在着一定的差异，但惊人的相似点反映了它们之间的可比性。将其视为是蜀王非正常死亡而实施的大型“火葬墓”，两个坑内所反映出火烧器物和骨渣就是人们为蜀王举行过隆重的“火葬”仪式。

事件三、盟誓之祭

三星堆器物坑出土大量的牺牲兽骨渣和大量的玉石器，这些都是古代盟誓歃血的结果和盟誓的通例。在三星堆两坑中出土的青铜偶像原本不属于一个部族，他们有相当部分代表的是蜀族以外的部族。如果纯是蜀族自己的宗教祀典，却请了若干个不同部族的代表参加，那是不可思议的，而这种现象只能在盟誓时才会出现，那是一种多部族的联盟活动。

事件四、灭族之坑

有专家认为三星堆的两个坑应是古代四川最初的大规模王朝更替的直接结果。那些宗庙重器是鱼凫王朝的灭亡而被砸碎、烧毁的结果。造成这一切的主要原因，就是因为杜宇王朝这一新的政治力量的兴起。鱼凫族最后的王及其宗族被杀并连同其王杖等财宝被烧毁埋葬在一号坑。

事件五、不祥宝器掩埋坑说

持这理据的理由是以往考古发现的祭祀场所，祭祀坑往往十分密集。三星堆器物坑现在仅发现两座，从已发掘的情况看，这就不大符合祭祀的要求。这两个器物坑等级很高，器物功用又多与原始宗教有关，他们应当是蜀国政治和宗教的最高统治者神庙中的东西。三星堆一、二号器物坑的时间不同，存在着一定的时间差异。这个差距如果代表的是一个或两个蜀王的统治年限，或是具有某种特别的含义的年代距离，这就正好可以解释三星堆一号坑早于二号坑的年代现象。只有在三星堆器物坑的器物是已故蜀王或旧时代蜀王神庙中的东西，新王用之不祥的情况下，这些器物被掩埋于地下才可能得到合理的解释。

事件六、祭祀坑说

此说的根据主要是通过发掘现场两个坑的形式、方向、出土器物的堆放、迭压、埋葬、焚烧等多方面的情况进行综合分析而定名。一、二号坑的形制都是长方形竖穴土坑，一号坑有左中右三条坑道。两个坑的方向基本一致都是向着西北方向。由此可见两个坑并不是随意挖出来的，而是按规矩挖出来的。其次是，两个坑里的填土都是经过人工有序的一层一层的夯打填实，而不是随意的掩埋。器物在放入坑中时都是有序地进行，而不是乱扔乱放。从出土的文物来看，基本上都属王公贵族所拥有的礼器，或宗庙里的神像，显然它的用途是作为一种重要活动的礼仪使用。再加上这些器物几乎都是被火焚烧过，显然这与古代文献记载中的燎祭有关。