在三星堆遺址發現的大大小小的玉石器坑和近年發現的器物坑有十餘處，但最引人矚目的是三星堆兩個大型祭祀坑。究竟這兩個坑是哪個王（朝）挖的？他們要祭祀的神是誰？當時發生了甚麼大事要舉行如此重大的祭祀活動？從兩坑中所出的珍貴「禮器及神像（或先祖之像）」來看，顯然這不是蜀人在和平時期所作所為，必然是遇到了極其嚴重的形勢下被迫做出的行為。那麼是發生了甚麼樣的事情而產生了這樣「毀廟滅宗」傾其所有的事情呢？專家學者們經過研究，主要有六種看法：事件一、洪災；事件二、蜀王「暴斃」（王陵之祭）；事件三、盟誓之祭；事件四、滅族之坑；事件五、不祥寶器掩埋坑說；事件六、祭祀坑說。

事件一、洪災

就地理位置而言，蜀文化所處的中心區域的成都平原是個沖積、洪積形平原，西北高，東南低，地面平坦，降幅度约3-5%。岷江上游每當春夏山洪暴發之際，洪水從灌口洶湧沖出，鋪天蓋地的向成都平原奔來，處在成都平原的三星堆古城擋不住洪水沖積，使城內城外處於汪洋之中。為避免今後再次遭受洪水之災，於是蜀王在不得已的情況下採取了「毀廟敬神」的「活動」。從三星堆遺址的發掘資料來看，也確實在三星堆遺址的商代時期的地層中發現有一層厚約12厘米左右的洪水淤泥層，此淤泥層也得到了水利方面專家的確認。

事件二、蜀王「暴斃」

這是一些學者根據近年太湖地區良渚大墓的發現而論，認為江蘇寺墩大墓82M3是中國最早、最富研究價值的大型火葬墓之一。雖然時代上與三星堆存在着一定的差異，但驚人的相似點反映了它們之間的可比性。將其視為是蜀王非正常死亡而實施的大型「火葬墓」，兩個坑內所反映出火燒器物和骨渣就是人們為蜀王舉行過隆重的「火葬」儀式。

事件三、盟誓之祭

三星堆器物坑出土大量的犧牲獸骨渣和大量的玉石器，這些都是古代盟誓歃血的結果和盟誓的通例。在三星堆兩坑中出土的青銅偶像原本不屬於一個部族，他們有相當部分代表的是蜀族以外的部族。如果純是蜀族自己的宗教祀典，卻請了若干個不同部族的代表參加，那是不可思議的，而這種現象只能在盟誓時才會出現，那是一種多部族的聯盟活動。

事件四、滅族之坑

有專家認為三星堆的兩個坑應是古代四川最初的大規模王朝更替的直接結果。那些宗廟重器是魚鳧王朝的滅亡而被砸碎、燒毀的結果。造成這一切的主要原因，就是因為杜宇王朝這一新的政治力量的興起。魚鳧族最後的王及其宗族被殺並連同其王杖等財寶被燒毀埋葬在一號坑。

事件五、不祥寶器掩埋坑說

持這理據的理由是以往考古發現的祭祀場所，祭祀坑往往十分密集。三星堆器物坑現在僅發現兩座，從已發掘的情況看，這就不大符合祭祀的要求。這兩個器物坑等級很高，器物功用又多與原始宗教有關，他們應當是蜀國政治和宗教的最高統治者神廟中的東西。三星堆一、二號器物坑的時間不同，存在着一定的時間差異。這個差距如果代表的是一個或兩個蜀王的統治年限，或是具有某種特別的含義的年代距離，這就正好可以解釋三星堆一號坑早於二號坑的年代現象。只有在三星堆器物坑的器物是已故蜀王或舊時代蜀王神廟中的東西，新王用之不祥的情況下，這些器物被掩埋於地下才可能得到合理的解釋。

事件六、祭祀坑說

此說的根據主要是通過發掘現場兩個坑的形式、方向、出土器物的堆放、疊壓、埋葬、焚燒等多方面的情況進行綜合分析而定名。一、二號坑的形制都是長方形豎穴土坑，一號坑有左中右三條坑道。兩個坑的方向基本一致都是向着西北方向。由此可見兩個坑並不是隨意挖出來的，而是按規矩挖出來的。其次是，兩個坑裡的填土都是經過人工有序的一層一層的夯打填實，而不是隨意的掩埋。器物在放入坑中時都是有序地進行，而不是亂扔亂放。從出土的文物來看，基本上都屬王公貴族所擁有的禮器，或宗廟裡的神像，顯然它的用途是作為一種重要活動的禮儀使用。再加上這些器物幾乎都是被火焚燒過，顯然這與古代文獻記載中的燎祭有關。