李贽是一位卓越的思想家，也是一位杰出的文学家。他特立独行的思想和言行，在晚明至现今都有争论，褒贬不一。他的哲学思想受王阳明、王艮、何心隐一派影响，公开以“异端”自居，否认儒家的正统地位，否定孔孟学说是“道冠古今”的“万世至论”，猛烈抨击程朱理学和一切伪道学。他指斥那些维护传统礼教、满口仁义道德的假道学、卫道士、伪君子，说他们“阳为道学，阴为富贵，被服儒雅，行若狗彘。”（《续焚书‧三教归儒说》），实际上是借道学这块敲门砖“以欺世获利”，是“口谈道德而心存高官，志在巨富。”（《焚书‧又与焦弱侯》）

李贽认为“六经”、《论语》、《孟子》等儒家经典只是当时弟子的随笔记录，并非“万世之至论”、“何必专门学孔子而后为正脉也”（《焚书‧答耿司寇》）；认为“圣人不曾高，众人不曾低”；肯定个人价值和私人欲望，提出“夫私者，人之心也，人必有私，而后其心乃见，若无私则无心矣”，认为“穿衣吃饭，即是人伦物理，除却穿衣吃饭，无伦物矣。世间种种，皆衣与饭类耳。”（《焚书‧答邓石阳》）。

李贽深刻揭露传统社会的黑暗现实，尖锐讽喻当权官吏是“冠裳而吃人”的虎狼，揭示“昔日虎伏草，今日虎坐衙。大则吞人畜，小不遗鱼虾”（《焚书‧封建君》）的社会面貌。他的学说尖锐地抨击、否定传统思想的根基，代表了社会变革的时代要求，带有强烈的思想启蒙意识，也是中国明代个人主义萌芽的具体表现，代表了新兴市民阶层的思想变革要求和观点，其影响具有划时代的意义。

李贽反驳重农抑商的传统观念，为商贾辩解，认为工商业者“日入商贾之肆，时充贪墨之囊”、“挟数万之资，经风涛之险”，商贾起了发展生产的作用，对官对私都有好处，又“亦何可鄙之有”。他还为妇女鸣不平，反对重男轻女，批判“男子之见尽长，女子之见尽短”（《焚书‧答以女人学道为短见书》）的论调。他称颂武则天为“好后”，同情寡妇再嫁，推崇卓文君的自由追求，打破传统“父母之命，媒妁之言”的婚姻方式。

据沈瓉《近事丛残》一书描述，当时李贽的“惊世骇俗之论”、“从之者几千、万人”、“少年高旷豪举之士，多乐慕之，后学如狂”，不但“儒教溃防，即释宗绳检，亦多所清弃。”朱国帧《涌幢小品》也说李贽学说“最能惑人，为人所推，举国趋之若狂”，出现“全不读‘四书’、‘本经’的景况，而李氏《藏书》、《焚书》，人夹一册，以为奇货”，却有“倾动大江南北”之盛况。

李贽的反传统、反道统思想，对十六世纪中国明代极度沉闷死寂的思想界和文学界，起过振聋发聩的作用，对明代以后的思想界和文学界，也产生重大影响。他不仅敢以大无畏的精神，向传统的思想观念对决，而且在遭到统治者诬害时，敢于毫不妥协、毫不动摇地以身殉自己的理想。他的思想在中国的思想史上，占有一个重要位置。