李贄是一位卓越的思想家，也是一位傑出的文學家。他特立獨行的思想和言行，在晚明至現今都有爭論，褒貶不一。他的哲學思想受王陽明、王艮、何心隱一派影響，公開以「異端」自居，否認儒家的正統地位，否定孔孟學說是「道冠古今」的「萬世至論」，猛烈抨擊程朱理學和一切偽道學。他指斥那些維護傳統禮教、滿口仁義道德的假道學、衞道士、偽君子，說他們「陽為道學，陰為富貴，被服儒雅，行若狗彘。」（《續焚書‧三教歸儒說》），實際上是借道學這塊敲門磚「以欺世獲利」，是「口談道德而心存高官，志在鉅富。」（《焚書‧又與焦弱侯》）

李贄認為「六經」、《論語》、《孟子》等儒家經典只是當時弟子的隨筆記錄，並非「萬世之至論」、「何必專門學孔子而後為正脈也」（《焚書‧答耿司寇》）；認為「聖人不曾高，眾人不曾低」；肯定個人價值和私人慾望，提出「夫私者，人之心也，人必有私，而後其心乃見，若無私則無心矣」，認為「穿衣吃飯，即是人倫物理，除卻穿衣吃飯，無倫物矣。世間種種，皆衣與飯類耳。」（《焚書‧答鄧石陽》）。

李贄深刻揭露傳統社會的黑暗現實，尖銳諷喻當權官吏是「冠裳而吃人」的虎狼，揭示「昔日虎伏草，今日虎坐衙。大則吞人畜，小不遺魚蝦」（《焚書‧封建君》）的社會面貌。他的學說尖銳地抨擊、否定傳統思想的根基，代表了社會變革的時代要求，帶有強烈的思想啓蒙意識，也是中國明代個人主義萌芽的具體表現，代表了新興市民階層的思想變革要求和觀點，其影響具有劃時代的意義。

李贄反駁重農抑商的傳統觀念，為商賈辯解，認為工商業者「日入商賈之肆，時充貪墨之囊」、「挾數萬之資，經風濤之險」，商賈起了發展生產的作用，對官對私都有好處，又「亦何可鄙之有」。他還為婦女鳴不平，反對重男輕女，批判「男子之見盡長，女子之見盡短」（《焚書‧答以女人學道為短見書》）的論調。他稱頌武則天為「好后」，同情寡婦再嫁，推崇卓文君的自由追求，打破傳統「父母之命，媒妁之言」的婚姻方式。

據沈瓉《近事叢殘》一書描述，當時李贄的「驚世駭俗之論」、「從之者幾千、萬人」、「少年高曠豪舉之士，多樂慕之，後學如狂」，不但「儒教潰防，即釋宗繩檢，亦多所清棄。」朱國幀《湧幢小品》也說李贄學說「最能惑人，為人所推，舉國趨之若狂」，出現「全不讀『四書』、『本經』的景況，而李氏《藏書》、《焚書》，人夾一冊，以為奇貨」，卻有「傾動大江南北」之盛況。

李贄的反傳統、反道統思想，對十六世紀中國明代極度沉悶死寂的思想界和文學界，起過振聾發聵的作用，對明代以後的思想界和文學界，也產生重大影響。他不僅敢以大無畏的精神，向傳統的思想觀念對決，而且在遭到統治者誣害時，敢於毫不妥協、毫不動搖地以身殉自己的理想。他的思想在中國的思想史上，佔有一個重要位置。