清初翰林院常有废置，顺治十二年（1655年）翰林院合并于内三院，到顺治十五年（1658年）翰林院独立出来，顺治十八年（1661年）翰林院又重新合并于内三院，直到康熙九年（1670年）以后，翰林院机构才固定下来，一直延续到清末。自明代内阁出现后，翰林院的地位已不断下降，到了清代，南书房、军机处相继建立，翰林院的政治地位更进一步衰落，翰林学士不再参与机密大事，主要职务是修史编书、掌文词翰墨、充当皇子师傅、科举考官等等。随着清朝灭亡（1911年），存续了千年的翰林院也最终退出了历史舞台。

清代翰林的选拔

清代在翰林人选的资格上继承明代的规定，入院者基本都是进士出身。读书人要历经重重关卡，从乡试、会试中脱颖而出，一甲三名才能直接授翰林官，第一名为修撰，二三名授编修，二三甲则成为翰林院庶吉士等。庶吉士于庶常馆学习，教习三年期满，再奏请御试，此曰“散馆”，再根据“散馆”考试成绩的优劣，来决定成为翰林官或外放为州县官。翰林授官在当时是一件无比荣耀的事情，因为是由皇帝“钦点”，皇帝会在考试名单上圈点成绩优异者，因此翰林授官也被称为“点翰林”。

清代对于翰林官的选拔资格是非常严格的，有的时候，即使是一甲三名也有可能散馆后外放，不能留在翰林院，如果不是进士出身却能跻身翰林，即使才华横溢，也会遭受冷遇和排挤，这一点也与明朝相同。即使成为翰林官，也要面对严格的考核，有定期考核，还有临时考试，每隔数年还会有“大考”。定期考核又称为“京查”，因为翰林官属京官，三年考核一次。“大考”对翰林十分重要，其成绩直接影响翰林的去留升降。所以清代的翰林虽然职务看似清闲，但为了考核，也不敢荒废读书。

皇权与清代翰林院

清代南书房、军机处相继建立，进一步压制了翰林院的政治地位。康熙皇帝为巩固自己的君王地位和权力，于康熙十六年（1677年）在议政王大臣会议之外设立了南书房，以此削弱贵族权力。进入南书房者被称为“南书房行走”，帮助皇帝处理军政机要事务。如同翰林院与内阁的关系，所谓“非翰林不入内阁”，翰林院与南书房的关系亦是如此，“南书房非翰林不能行走”。

康熙对南书房的翰林十分信任，除政治事务外，也常召南书房的翰林探讨学问，通过他们了解宫外民情。康熙十八年（1679年）八月，京师发生地震，几日后康熙询问翰林张英，近日京城内外老百姓的屋舍是否已经处理好？张英回答屋舍已经整理完，但听说通州有一受灾之地，许多人被压死，有亲属的已经各自掩埋好，但是有一些无亲无识者，还无人掩埋，日久腐坏，秽气远闻，虽然现在是秋天，但天气炎热，他担心“秽气薰蒸人民，露处者不免沾染疾病”，希望皇上传谕地方官速加掩埋。康熙听后立刻指示，“所奏极是，已传部速行。”此类例子不胜枚举，可见南书房翰林在为皇帝提供资讯的过程中，也会对皇帝的决策施加影响。

但随着康熙去世，以及出现军机处，南书房的地位日益边缘化，成为“深柳读书堂”。雍正七年（1729年），始设“军需房”，后改称军机处。军机处原是内阁分局，雍正年间从内阁分出军机处，直接取代了南书房的地位，内阁权力也随之移至军机处。军机处设官为两种，一是军机大臣，二是军机章京。军机处的功能也分为两种，一是承办谕旨，二是为皇帝提供咨询，也因如此，军机处的门禁相当森严。

虽然清代翰林院无实际权力，但仍然被视为储才之所，重臣宰辅大都从翰林院出身。随着清朝灭亡，翰林制度也随之消失。