明初的翰林院基本继承了元代的体制，在政治上有极其重要的地位，而永乐之后，内阁出现，取代了翰林院的地位。透过内阁与翰林院之间的关系，我们可以更好地窥见明代的政治状态。

内阁的出现

明朝初年，明太祖朱元璋仍十分重视翰林院的地位，如处理政务时遇到疑难问题，就会让翰林儒臣“折衷古今”，然后再处理。以皇帝的名义颁发的诏书等，也是由翰林官员代笔起草。此外，翰林院还有修史之职责，如洪武二年（1369年）著名文人高启应召入朝，被授予翰林院编修，负责纂修《元史》。洪武十三年 （1380年），因丞相胡惟庸案，促使朱元璋废除中书省，不设丞相，翰林院政治地位更加突出。

建文帝时期，翰林学士方孝孺、黄子澄被重用，深得皇帝信任，在明成祖发难起兵之时，积极为建文帝出谋献策，当时的诏檄都出自他们之手。后来明成祖虽取得帝位，但却无法收服这些效忠建文帝的翰林儒臣之心。他准备登基时，身边都没有可以起草即位诏书的人，只能从狱中请出方孝孺，但方孝孺至死不肯，被诛杀十族。为了巩固皇权统治，明成祖重新选拔了一批能为自己所用的文臣，如解缙、黄淮、胡广、杨荣等，组成一个新的能助其政事的机构——内阁。翰林院参谋献纳之责从此被内阁所取代，解缙、胡广、杨荣等七人也成为明成祖的耳目心腹。

翰林院的政治地位虽有所下降，但自永乐开始，内阁阁臣十有八九多出自翰林院，正所谓 “非翰林不入内阁”，由此也引发了翰林院制度的变化，最突出的莫过于翰林官人选的资格。明太祖时，翰林官人选尚无严格的资格限制，洪武中期以后，有较多的进士、庶吉士进入翰林，但同时也有不少非进士出身的人跻身翰林。直到天顺三年（1459年），大学士李贤提议，非进士出身不能进入翰林院，即使是进士，除一甲三名外也不能直接进入翰林，翰林官人选资格由此变得严格起来，为的是保证翰林学士的职业素质。翰林院也成为晋身内阁高级官员的途径，是储才、养才之地。如名臣李东阳，天顺八年（1464年）中进士二甲第一，选为翰林院庶吉士，官至内阁首辅。

翰林院与内阁

明代的内阁制度虽源于翰林院制度，但两者多有明显不同之处。从政治事务的参与程度来看，翰林院一直承担的是皇帝的秘书职责，负责“谋议所属”、“献纳论思”。但内阁出现之始，其政治权力已非翰林院可比。明成祖时期的内阁，职责已明确为“参预机务”，其奏疏常直达御前。

明宣宗时期，开始有“票拟”之制，凡是朝廷的重要章奏，在送给皇帝批示之前，由内阁学士先拟定批答文字，“用小票墨书，贴各疏面以进”，送请皇帝批准，皇帝再用红笔批示。虽然最后的决定权还是在皇帝手中，但是皇帝很依赖于内阁的意见，内阁大臣通过“票拟”这一形式直接参与朝廷的政治事务，“票拟”制也进一步扩大内阁的实际权力。譬如对于当朝官员的任用上，如果一个官员得不到内阁首辅的赏识，就很难在仕途上有所进步。明代著名诗人何景明天资聪颖，十九岁时便中了进士，一时风头无两，与当朝首辅刘健又是同乡，大家都以为像何景明这样的人肯定能选入翰林。然而刘健并不看好何景明，说他“福薄”，会写诗又有什么用？结果何景明无缘选入翰林院。

正统七年（1442年），翰林院衙署在长安门外落成，翰林院正式成为外朝官署，与内阁成为两个独立机构。嘉靖以后，翰林院的政治地位进一步下降，翰林院既不能起草重要诏命，也无权议论当朝政事。