洪武三十一年（1398年），朱元璋病逝。按他此前确定的嫡长子继承制，皇位传给了年轻的皇太孙朱允炆，即建文帝。建文帝在位仅仅四年时间，就被他的叔叔燕王朱棣推翻。后来，朱棣迁都北京，明朝的统治也因此发生了巨大变化。必须承认，“靖难之役”的发生，与朱元璋有很大关系。那么，朱元璋在分封诸王、皇位传承和建文帝即位等方面，终究是怎样考虑的呢？

明朝建立后，为确保朱氏江山稳定，朱元璋下令实行分封制，把皇子（孙）分封到全国各地为藩王。朱元璋有26个儿子，其中长子朱标立为太子，一子夭折，其余24子和一个孙子（靖江王）均被封为王。按规定，每位藩王拥有数万人护卫军，他们有权监视在外的卫所驻军统帅。朱元璋分封诸王的目的有二，一是塞王实边，9位年长的藩王分封在北部边塞，“西北边远，非亲子弟不足以镇抚而捍外患”，让他们在广袤的北边防御蒙古大军南下；二是屏藩皇室，一旦朝中出现篡夺皇位的奸臣贼子，诸王“用资夹辅”，举兵“清君侧”。年纪稍长的秦王、晋王、燕王、周王和宁王等都曾率护卫军，节制公侯大将，常年在北边操练、戍守和征战。

对朱元璋的分封制，有大臣提出强烈反对，最著名的是山西训导叶伯巨，他在洪武九年（1376年）呈上洋洋洒洒的“万言书”，认为分封制“裂土分封，使诸王各有分地”，像秦、晋、燕、齐、梁、楚、吴、蜀等王的分国，“无不连邑数十，城郭宫室亚于天子之都，优之以甲兵卫士之盛”，地盘太大，实力太大，他很担心数年之后，藩王之间互相争斗，“恐数世之后，尾大不掉”。朱元璋接到叶伯巨的上书，勃然大怒说“小子间吾骨肉，速逮来，吾手射之。”最终，叶伯巨死在刑部的监狱里。“靖难之役”的发生，不正是叶伯巨所担心的吗？

像朱元璋这么聪明的皇帝，就没有对自己的子孙们有什么防范？尤其是在太子朱标死后，年轻的朱允炆立为皇太孙，朱元璋就不担心他的儿子们来夺皇位吗？朱元璋应该是考虑到这一因素。明清史专家顾诚先生在《靖难之役和耿炳文、沐晟家族——婚姻关系在封建政治中作用之一例》一文中认为：朱元璋既不愿意改变嫡长子制继承法，就不能不考虑到诸王手握重兵的情况下，怎样才能保护国家的安定，即他指定的接班人朱允炆帝位的稳固。朱元璋对他身后可能发生来自两方面危及中央朝廷的威胁都作了周密的权衡，杀功臣是为了维护朱家天下，这是他防范的重点。其次，他还要为未来的皇帝挑选一员保驾大将，耿炳文就是朱元璋所内定。洪武二十七年（1394年）十二月，朱元璋亲自决定懿文太子的长女江都郡主嫁给长兴侯耿炳文的儿子耿璿，这一政治婚姻实际上意味着，朱元璋为保护即将继位的皇太孙在军事上作出的安排。朱元璋选定耿炳文为未来皇帝保驾决不是轻率之举，而是综合考量的结果，只可惜耿炳文在靖难之役中未能实现朱元璋的遗愿，这与靖难之役期间复杂的政局也有密切的关系。

建文帝继位之后，也意识到藩王手里的重兵对自己是巨大威胁，便听从大臣齐泰、黄子澄、方孝孺等人的削藩建议。建文元年（1399年）六月，在削黜势力相对较弱的五个藩王后，他开始着手对付实力雄厚的燕王朱棣。燕王遂以反对朝中奸臣（齐泰、黄子澄）破坏祖制为借口，打出“清君侧”的旗号，在北平起兵“靖难”。靖难之役历经四年，燕军攻入南京，建文帝不知所终。

朱棣以藩王起兵称帝，他亦深知藩王对皇权的威胁，为巩固自己的统治，他继续强化君主专制的中央集权。即位不久，先以维护祖制的名义，恢复被建文削废的藩王旧爵，以稳定局面。接着，将分封在长城沿线、拥兵较多的“塞王”内迁，取消他们驭将统兵的权力。同时制定严厉的“藩禁”令，一旦藩王违禁，即削其护卫，废其爵位。这样，诸王的护卫人数大减，也不再拥有节制地方守军的权力，藩王成为坐食禄米的皇族地主。

明成祖朱棣即位后，清除不支持自己的建文旧臣，并通过大封“靖难”功臣，培育自己的亲近势力。此外，他还把政治中心从南京迁到北京，永乐十八年（1420年）九月，成祖下诏改北平为京师，十一月决定迁都于此，并于永乐十九年正式迁都北京，保留南京建都的基本建制。迁都北京对明帝国的政治格局、军事防御和经济生活都产生了深远的影响。

朱棣之后，仍然有个别藩王发起对在任皇帝的挑战，像宣宗时期的汉王朱高煦之叛，武宗时期的宁王、安化王之叛等，尽管都没有成功，但影响也是极其恶劣。此外，明朝中后期，朱氏藩王大量生息繁衍，“名为金枝，实为弃叶”，成为危害社会的不安定因素，这都与朱元璋的分封制有很大的关系。