洪武三十一年（1398年），朱元璋病逝。按他此前確定的嫡長子繼承制，皇位傳給了年輕的皇太孫朱允炆，即建文帝。建文帝在位僅僅四年時間，就被他的叔叔燕王朱棣推翻。後來，朱棣遷都北京，明朝的統治也因此發生了巨大變化。必須承認，「靖難之役」的發生，與朱元璋有很大關係。那麼，朱元璋在分封諸王、皇位傳承和建文帝即位等方面，終究是怎樣考慮的呢？

明朝建立後，為確保朱氏江山穩定，朱元璋下令實行分封制，把皇子（孫）分封到全國各地為藩王。朱元璋有26個兒子，其中長子朱標立為太子，一子夭折，其餘24子和一個孫子（靖江王）均被封為王。按規定，每位藩王擁有數萬人護衞軍，他們有權監視在外的衞所駐軍統帥。朱元璋分封諸王的目的有二，一是塞王實邊，9位年長的藩王分封在北部邊塞，「西北邊遠，非親子弟不足以鎮撫而捍外患」，讓他們在廣袤的北邊防禦蒙古大軍南下；二是屏藩皇室，一旦朝中出現篡奪皇位的奸臣賊子，諸王「用資夾輔」，舉兵「清君側」。年紀稍長的秦王、晉王、燕王、周王和寧王等都曾率護衞軍，節制公侯大將，常年在北邊操練、戍守和征戰。

對朱元璋的分封制，有大臣提出強烈反對，最著名的是山西訓導葉伯巨，他在洪武九年（1376年）呈上洋洋灑灑的「萬言書」，認為分封制「裂土分封，使諸王各有分地」，像秦、晉、燕、齊、梁、楚、吳、蜀等王的分國，「無不連邑數十，城郭宮室亞於天子之都，優之以甲兵衞士之盛」，地盤太大，實力太大，他很擔心數年之後，藩王之間互相爭鬥，「恐數世之後，尾大不掉」。朱元璋接到葉伯巨的上書，勃然大怒說「小子間吾骨肉，速逮來，吾手射之。」最終，葉伯巨死在刑部的監獄裏。「靖難之役」的發生，不正是葉伯巨所擔心的嗎？

像朱元璋這麼聰明的皇帝，就沒有對自己的子孫們有甚麼防範？尤其是在太子朱標死後，年輕的朱允炆立為皇太孫，朱元璋就不擔心他的兒子們來奪皇位嗎？朱元璋應該是考慮到這一因素。明清史專家顧誠先生在《靖難之役和耿炳文、沐晟家族——婚姻關係在封建政治中作用之一例》一文中認為：朱元璋既不願意改變嫡長子制繼承法，就不能不考慮到諸王手握重兵的情況下，怎樣才能保護國家的安定，即他指定的接班人朱允炆帝位的穩固。朱元璋對他身後可能發生來自兩方面危及中央朝廷的威脅都作了周密的權衡，殺功臣是為了維護朱家天下，這是他防範的重點。其次，他還要為未來的皇帝挑選一員保駕大將，耿炳文就是朱元璋所內定。洪武二十七年（1394年）十二月，朱元璋親自決定懿文太子的長女江都郡主嫁給長興侯耿炳文的兒子耿璿，這一政治婚姻實際上意味着，朱元璋為保護即將繼位的皇太孫在軍事上作出的安排。朱元璋選定耿炳文為未來皇帝保駕決不是輕率之舉，而是綜合考量的結果，只可惜耿炳文在靖難之役中未能實現朱元璋的遺願，這與靖難之役期間複雜的政局也有密切的關係。

建文帝繼位之後，也意識到藩王手裏的重兵對自己是巨大威脅，便聽從大臣齊泰、黃子澄、方孝孺等人的削藩建議。建文元年（1399年）六月，在削黜勢力相對較弱的五個藩王後，他開始着手對付實力雄厚的燕王朱棣。燕王遂以反對朝中奸臣（齊泰、黃子澄）破壞祖制為藉口，打出「清君側」的旗號，在北平起兵「靖難」。靖難之役歷經四年，燕軍攻入南京，建文帝不知所終。

朱棣以藩王起兵稱帝，他亦深知藩王對皇權的威脅，為鞏固自己的統治，他繼續強化君主專制的中央集權。即位不久，先以維護祖制的名義，恢復被建文削廢的藩王舊爵，以穩定局面。接着，將分封在長城沿線、擁兵較多的「塞王」內遷，取消他們馭將統兵的權力。同時制定嚴厲的「藩禁」令，一旦藩王違禁，即削其護衞，廢其爵位。這樣，諸王的護衞人數大減，也不再擁有節制地方守軍的權力，藩王成為坐食祿米的皇族地主。

明成祖朱棣即位後，清除不支持自己的建文舊臣，並通過大封「靖難」功臣，培育自己的親近勢力。此外，他還把政治中心從南京遷到北京，永樂十八年（1420年）九月，成祖下詔改北平為京師，十一月決定遷都於此，並於永樂十九年正式遷都北京，保留南京建都的基本建制。遷都北京對明帝國的政治格局、軍事防禦和經濟生活都產生了深遠的影響。

朱棣之後，仍然有個別藩王發起對在任皇帝的挑戰，像宣宗時期的漢王朱高煦之叛，武宗時期的寧王、安化王之叛等，儘管都沒有成功，但影響也是極其惡劣。此外，明朝中後期，朱氏藩王大量生息繁衍，「名為金枝，實為棄葉」，成為危害社會的不安定因素，這都與朱元璋的分封制有很大的關係。