元世祖中统二年（1261年），翰林国史院正式成立。以翰林学士承旨为主要负责人，以下依次为翰林学士、翰林侍读学士、翰林侍讲学士和翰林直学士。属官包括翰林待制、翰林修撰、应奉翰林文字、翰林国史院编修官等等。元代翰林学士承旨的品秩是中国历代翰林中最高，为从一品，这是蒙古统治者笼络汉族知识分子的重要手段。

至元十二年（1275年），翰林侍讲学士王磐、窦默等请求分置翰林院，专掌蒙古文字，由翰林学士承旨撒的迷底里掌管，这个从翰林国史院独立出去的机构就是蒙古翰林院。蒙古翰林院的主要职能是翻译润色翰林国史院起草的诏书，以便皇帝和蒙古贵族阅读。翰林国史院和蒙古翰林院并置，是元代翰林制度的一大特色。翰林国史院的职能，在《新元史‧窦默传》有简明扼要的总结：“纂修国史，典制诰，备顾问”。

纂修国史

翰林国史院，顾名思义，主要职能是修史。翰林学士承旨王鹗建议设立翰林国史院时，强调修史的重要性，请以右丞相史天泽监修国史，左丞相耶律铸监修辽史，王文统监修金史，忽必烈批准他的请求。至元元年（1264年），王鹗奏请纂修成吉思汗实录，后来，翰林国史院陆续纂修了十三位元朝皇帝的实录。

元朝所修的前代史书，翰林院也发挥了主要作用。元朝翰林学士承旨张起岩、翰林学士欧阳玄都担任《辽史》、《金史》、《宋史》三部史书的总裁，侍讲学士揭傒斯也是《辽史》、《金史》的总裁。张起岩学识渊博，治学态度严谨，修史过程中，有些史官故意炫才，自以为是，编写内容失当，他都据理改定。欧阳玄制定了三部史书的凡例，同时撰写了三部史书的论、赞、表。揭傒斯更是为了修史工作废寝忘食，最后在修《金史》的岗位上逝世。

典制诰

中统元年（1260年），忽必烈任命王鹗为元代第一位翰林学士承旨，他的主要职责是给忽必烈起草制诰文书。忽必烈即位后，发布的《即位诏》、《中统建元诏》都是王鹗起草的。翰林国史院正式设立后，起草制诰文书就成为其主要职能之一。“内则王侯之拜封、百官之制诰，外则遣使四夷、怀柔远人，凡王命，言必以文。”蒙古翰林院独立之后，翰林国史院起草的制诰文书，还要经过蒙古翰林院翻译润色，同时还要接受中书省、御史台的审查。因此，元代的翰林学士在制诰文书的撰写方面，所受到的限制比较多。

备顾问

元朝统治者以游牧民族入主中原，想国家长治久安，必须学习和借鉴汉民族的先进文化。元世祖忽必烈是蒙古统治者中，较早认识到必须学习汉文化的代表人物，他设立翰林国史院，希望它能发挥顾问咨询的作用。宋朝降臣谢昌元曾奏请设立“门下省”，忽必烈责备翰林学士王磐说：“如是有益之事，汝不入告，而使南方后至之臣言之，汝用学问何为？”其实，王磐在翰林国史院任职期间，在参政议政方面，可谓尽心尽责。他请求整肃朝廷礼仪、安抚江南人心、保留按察司、反对在用兵宋朝之际征伐日本等等。同时，王磐还随时应对皇帝的咨询，元朝出兵宋朝，皇帝运筹帷幄之际，有不能决断之事，就派使者咨询王磐，王磐的回答往往都让皇帝很满意。

翰林国史院官员还参加朝政集议，他们所参与集议的事务范围很广，既讨论时事，也讨论关于礼仪、文化、教育等方面的事务。到元代后期，经筵侍讲成为经常活动，于是这也成了翰林国史院备顾问的重要职务。在提高元朝统治者的儒家文化修养上，翰林国史院作出了应有的贡献。

除了修国史、典制诰、备顾问之外，翰林国史院的官员还会兼任其他临时工作，比如担任外交使节和主考官等。元世祖曾派遣翰林侍读学士郝经出使南宋，但郝经刚刚进入南宋国境就被贾似道扣押在真州，十六年后才能回到大都。翰林侍讲学士元明善积极推动元朝恢复科举制度，并担任了延祐二年（1315年）会试的主考官。