蔡元培与周树人（笔名鲁迅，1881-1936年）同是浙江绍兴人，二人之间长达二十余年的交往是可以肯定的，绝不疏远，但又不算十分密切。鲁迅有好几次在蔡元培主持的机构中工作，蔡元培也看重这位比他小十四岁的后辈。还有他的二弟周作人（1884-1967年）、三弟周建人（1888-1984年），在有需要的时候也得到一些照应。

1912年中华民国临时政府成立，蔡元培为教育总长。教育部成立后，蔡元培聘用学者许寿裳，许又推荐他的挚友鲁迅入部工作，蔡元培说：“我久慕其名，正拟驰函延请”。不久，鲁迅便到教育部担任部员，自此之后二人始常常见面。

早在1904年初，蔡元培与何阆仙在上海创办《俄事警闻》，袒日而抑俄，鲁迅在日本批评说，“此事太无远见”，若日本战胜俄国，独霸东亚，中国人受殃更甚。于是托沈瓞民带信给蔡、何二人提出意见，大略谓持论不可袒日，要劝国人认真研究国际时事。《俄事警闻》持论有所改变，相信鲁迅去函是起了一定作用的。

蔡元培在德国留学时，觉得学德语有困难，与留学日本的从弟蔡国亲通信时提到此事。蔡国亲复信说，周树人、周作人兄弟都说“最要紧的是有一部好字典”。后来蔡元培又收二人合译的《或外小说集》，大都是北欧的短篇小说，译笔比林琴南所译的还要古奥，“域外”写作“或外”，可见鲁迅那时候对于小学的热心。

蔡元培任教育总长，前后不过半年，鲁迅则一直留在教育部中工作至1926年，长达十四年之久。1917年间，鲁迅为二弟觅职，数度与蔡元培接触，不久，蔡元培便安排周作人在北大附设的国史编纂处工作，之后又聘他为北大文科教授。这年鲁迅为北大设计校徽，蔡元培则协助鲁迅搜集金石拓本。1918年5月，鲁迅在《新青年》发表第一篇白话小说《狂人日记》，接着写下了许多优秀的小说、杂文、随感录等，开始使用“鲁迅”笔名。1920年8月，北大中国文学系聘鲁迅为兼课讲师，任教“中国小说史”。他在北大任教，至1926年离开北京时止，接着南下辗转厦门大学、中山大学，1927年又从广州前往上海，开始了他最后十年的生活。据许寿裳说，鲁迅初至上海，即不愿教书，许告知蔡元培，即聘为大学院著作员，每月酌送补助费300元，至1931年职位被裁。

鲁迅三弟周建人在商务印书馆工作十年，因印书馆被日军炸毁，所有人员停职，生活艰难。鲁迅盼许寿裳转请蔡元培代为设法，即使往他处谋事，亦愿服务。数月后，周建人复得商务印书馆聘约。蔡元培出面相助，鲁迅非常感激。

在蔡元培、鲁迅二人的关系史上，最为人所注意的是中国民权保障同盟时期的活动。1932年12月，蔡元培与宋庆龄等发起这个组织，不久，鲁迅亦因蔡元培之招而加入，任上海执行委员。次年6月，中国民权保障同盟总干事杨杏佛被暗杀，鲁迅认为这“原是对于孙夫人和蔡元培的警告，但他们是坚决的”，言下颇表感佩。

1936年10月19日，鲁迅病逝于上海寓所。蔡元培与宋庆龄等组织治丧委员会主持丧葬事宜，亲为执绋送殡，并在葬仪上致悼词。随后，蔡元培出任鲁迅纪念委员会主席，推动出版《鲁迅全集》的工作，又撰《鲁迅先生轶事》一文，在《青年界》和《宇宙风》发表。1938年他为《鲁迅全集》作序，推崇鲁迅为“新文学开山”。

蔡元培对鲁迅三兄弟的提携，固然由于他们是同乡相熟的关系，同时也说明了他爱护人才、珍惜后辈，必要时伸出援手。鲁迅三兄弟只是其中的一个例子，对于不是同乡的人士，可举的情况也有不少。就算素不相识的年轻人请他写推荐书，他并不推辞，据说一般的推荐书只署名，积极举荐能干者则加盖印鉴。知道他习惯的人一看即明白，就根据应征者的具体表现考虑是否聘用，无论怎样，都可以说是鼓励年轻人上进的一种做法。