艰苦的抗日战争胜利后，开始了三年的内战。这一时期的漫画配合战争，以地域为分界，形成了解放区和国民政府地区各有特色的漫画作品。

解放区的漫画成为一种艺术武器，配合解放区的人民斗争。在极其艰苦的物质生活条件下，漫画家仍创作出大量兼备民族特色及大众化的优秀作品。驻守延安的漫画家主要有华君武、蔡若虹、胡考、张仃和张谔，他们分别在当时被称为“战斗阵地”的《解放日报》上发表众多作品，代表作品有蔡若虹的《苦从何来》、张仃的《城头变幻大王旗》等。东北战争开始后，一大批延安的漫画家随军转战到东北，加上原有的创作队伍，漫画阵容壮大许多，东北遂成为解放区漫画活动的中心。《东北日报》、《东北画报》刊载了大量漫画宣传品，有力配合了解放战争的宣传。华君武在东北就创作了《你贪污》、《磨好刀再杀》、《就位》、《在反革命的后台》等作品，利用通俗的表现方式再现了政治历史事件，并指出他们的实质。

在国民政府地区内，漫画作品配合着反内战、反饥饿、反迫害的民主运动，体现了鲜明的主题。主要活动于上海的米谷是当时颇具代表性的政治讽刺画家，他的作品内容紧抓当时重大的政治题材，尖锐地揭露和讽刺时弊。米谷的《一眨眼，鸡变鸭》，意为揭开当局假民主真独裁的面目；《打虎图》则是对当权者玩弄所谓“整顿”弊政的尖刻揭露。由于内容前卫和尖锐，米谷在上海受到了当权者的排挤和压迫，只得转移到香港。此后创作的《也是“武松”？》《伪金证券》也都是讽刺意味浓厚的佳作。

这一时期丁聪也在上海展开了他的漫画创作高峰期，他的作品主要发表在《周报》上。这一刊物每期以四分之一的篇幅发表政治讽刺画，成为他展示创作力的广阔舞台。这些政治讽刺漫画题材敏感，尖锐泼辣，切中时弊。《周报》的第一幅封面发表了丁聪的《“良民”塑像》，画上的所谓标准“良民”，脑壳被揭开，露出来的大脑上加盖了“检查讫”三个字的官章；眼睛上戴了墨镜，视线漆黑；耳朵里塞了钞票，充耳不闻；最讽刺的是，“良民”的嘴上插了一把大锁，讽刺对象显而易见。在上海屡受压制的丁聪来到香港，创作了巨幅彩色漫画《现实图》，写实地描绘了当时中国社会的面貌和形态，各式人等跃然纸上。

同时，沈同衡领导的漫画工学团与学生运动相结合，在上海举办了两次“漫画月展”。第一次名为《春梦图》，内容分为：《美帝的迷梦》、《独夫的幻梦》、《人民的噩梦》、《天快亮了》，共80幅，受到广大学生的欢迎，并得到宋庆龄的资助。第二次月展名为《送葬曲》，直接讽刺了纪念总统就职的活动，同样受到各方关注。

张乐平在这时创作了连环漫画《三毛流浪记》和《三毛从军记》。“三毛”的形象十分生动丰富，他饱受苦难，却十分善良；他对敌人勇敢倔强，但却同情和他一样穷苦的人们。通过“三毛”的种种遭遇，画家不仅描绘出当时贫苦儿童的生活境遇，还揭露了社会的黑暗和当局的腐朽，勾勒了不平等社会中的人生百态。这套漫画不但在当时很受欢迎，对后来的漫画创作也有着广泛的社会影响。

此外，在各地的学生运动中也出现了一批很有分量的漫画宣传品。如在“一二‧一惨案”之后的群众示威游行中出现的《取之于民，用之于狗！特务逞凶，党棍升官！》等几幅抨击当局的作品，画面都充满了愤慨之意。1946年底至1947年初，全国兴起抗议美军暴行的示威运动，范围遍及全国各大中城市。从留下的珍贵照片中可以看到北平“反内战、反饥饿”游行中的漫画，有的张贴在天安门华表旁，如大幅漫画《我们饿！》；有的贴在电车、汽车上，形成了一个流动的漫画展览。