艱苦的抗日戰爭勝利後，開始了三年的內戰。這一時期的漫畫配合戰爭，以地域為分界，形成了解放區和國民政府地區各有特色的漫畫作品。

解放區的漫畫成為一種藝術武器，配合解放區的人民鬥爭。在極其艱苦的物質生活條件下，漫畫家仍創作出大量兼備民族特色及大眾化的優秀作品。駐守延安的漫畫家主要有華君武、蔡若虹、胡考、張仃和張諤，他們分別在當時被稱為「戰鬥陣地」的《解放日報》上發表眾多作品，代表作品有蔡若虹的《苦從何來》、張仃的《城頭變幻大王旗》等。東北戰爭開始後，一大批延安的漫畫家隨軍轉戰到東北，加上原有的創作隊伍，漫畫陣容壯大許多，東北遂成為解放區漫畫活動的中心。《東北日報》、《東北畫報》刊載了大量漫畫宣傳品，有力配合了解放戰爭的宣傳。華君武在東北就創作了《你貪污》、《磨好刀再殺》、《就位》、《在反革命的後台》等作品，利用通俗的表現方式再現了政治歷史事件，並指出他們的實質。

在國民政府地區內，漫畫作品配合着反內戰、反飢餓、反迫害的民主運動，體現了鮮明的主題。主要活動於上海的米谷是當時頗具代表性的政治諷刺畫家，他的作品內容緊抓當時重大的政治題材，尖銳地揭露和諷刺時弊。米谷的《一眨眼，雞變鴨》，意為揭開當局假民主真獨裁的面目；《打虎圖》則是對當權者玩弄所謂「整頓」弊政的尖刻揭露。由於內容前衞和尖銳，米谷在上海受到了當權者的排擠和壓迫，只得轉移到香港。此後創作的《也是「武松」？》《偽金證券》也都是諷刺意味濃厚的佳作。

這一時期丁聰也在上海展開了他的漫畫創作高峰期，他的作品主要發表在《周報》上。這一刊物每期以四分之一的篇幅發表政治諷刺畫，成為他展示創作力的廣闊舞台。這些政治諷刺漫畫題材敏感，尖銳潑辣，切中時弊。《周報》的第一幅封面發表了丁聰的《「良民」塑像》，畫上的所謂標準「良民」，腦殼被揭開，露出來的大腦上加蓋了「檢查訖」三個字的官章；眼睛上戴了墨鏡，視線漆黑；耳朵裏塞了鈔票，充耳不聞；最諷刺的是，「良民」的嘴上插了一把大鎖，諷刺對象顯而易見。在上海屢受壓制的丁聰來到香港，創作了巨幅彩色漫畫《現實圖》，寫實地描繪了當時中國社會的面貌和形態，各式人等躍然紙上。

同時，沈同衡領導的漫畫工學團與學生運動相結合，在上海舉辦了兩次「漫畫月展」。第一次名為《春夢圖》，內容分為：《美帝的迷夢》、《獨夫的幻夢》、《人民的噩夢》、《天快亮了》，共80幅，受到廣大學生的歡迎，並得到宋慶齡的資助。第二次月展名為《送葬曲》，直接諷刺了紀念總統就職的活動，同樣受到各方關注。

張樂平在這時創作了連環漫畫《三毛流浪記》和《三毛從軍記》。「三毛」的形象十分生動豐富，他飽受苦難，卻十分善良；他對敵人勇敢倔強，但卻同情和他一樣窮苦的人們。通過「三毛」的種種遭遇，畫家不僅描繪出當時貧苦兒童的生活境遇，還揭露了社會的黑暗和當局的腐朽，勾勒了不平等社會中的人生百態。這套漫畫不但在當時很受歡迎，對後來的漫畫創作也有着廣泛的社會影響。

此外，在各地的學生運動中也出現了一批很有分量的漫畫宣傳品。如在「一二‧一慘案」之後的群眾示威遊行中出現的《取之於民，用之於狗！特務逞凶，黨棍升官！》等幾幅抨擊當局的作品，畫面都充滿了憤慨之意。1946年底至1947年初，全國興起抗議美軍暴行的示威運動，範圍遍及全國各大中城市。從留下的珍貴照片中可以看到北平「反內戰、反饑餓」遊行中的漫畫，有的張貼在天安門華表旁，如大幅漫畫《我們餓！》；有的貼在電車、汽車上，形成了一個流動的漫畫展覽。