清代中央官制多沿袭明制，但不同的地方也很多，包括：（一）内阁的作用降低。雍正（1722—1735年在位）一朝设立军机处，入处者主要官员称“军机大臣上行走”，简称“军机大臣”；次要官员称“军机章京上行走”，简称“军机章京”。军机处不是一个独立的衙门，没有专官和属吏，军机大臣和军机章京都没有定员，名称上冠以“行走”二字，表示是临时性质的。军机处设立后，军国大政由军机大臣奉皇帝训示拟旨缮发，内阁只能处理些日常事务，逐渐变得形同虚设了。（二）中央各部门主要官员满汉复职。中央各机构，如六部、都察院、通政院、大理寺等，主要官员均为满汉复职，有一汉人官员，必定有一满族官员，满族官员班列皆在汉人官员前，且掌实权，内阁大学士也是如此。另外清代户部为“十四司”，刑部为“十八司”，与明代不同。（三）新设“理藩院”和“内务府”。理藩院管理内外蒙古、回部和番部（藏族）事务，长官有尚书、左右侍郎各一人，以满人充任，间或有蒙古人为之；内务府专管皇家的日常生活等事务，长官为内务府大臣，贪官和珅曾任此职。鸦片战争后，又设总理各国事务衙门，简称“总理衙门”，规制仿军机处，总理大臣和总理章京则无固定人数。（四）设责任内阁。清末在内外压力下，实行新政，成立了责任内阁。另外，雍正皇帝继位后，确立了皇位继承上的秘密建储制，这也是与从前的朝代不同的地方。
总督和巡抚在明代属临时差遣的官职，到清代则固定下来成为省一级最高长官，负责数省或一省的军民诸政。林则徐先后任过湖广总督和两广总督，在湖广总督任上严厉禁烟，为禁烟派代表人物。继他之后与英人处理鸦片事务的琦善本为直隶总督。督抚之下为“布政使”和“按察使”，其机构布政使司、按察使司，又分别俗称“藩台”和“臬台”，明代所设的都指挥使司则被取消。省以下一级为“道”，本为布政使属下参政和参议巡查的范围，后成一级行政单位，设“道员”为地方实官。省、道之下有府，长官为“知府”，京师所在的首府长官为“府尹”。府的佐官有同知、通判等，“推官”后来被省去。州县为基层建制，设官也与明代基本相同，但辅佐官多有合并省略的情况。清代中央和地方权力在分布上比较适当，但地方行政级别增多，州县文书要先向府申报，府再向道申报，道又要转交布、按，然后布、按再呈督抚，如此转相呈递，效率可想而知。所以民国以后，地方建制要再次简化。另一方面，清代在边区建有特殊设置，以配合管治不同民族的实际需要，如东北三省实行“旗民分治”，内外蒙古与青海则实行“盟旗制度”，西藏实行“政教合一制”等。
清代官员的来源主要依靠科举。明清两代，科举考试的程式固定，每三年举行一次，考试分乡试、会试和殿试三级。乡试在省城举行，参加考试的称“秀才”，考中的称“举人”，第一名为“解元”。会试在礼部举行，考中者称“贡士”，第一名称“会元”。乡试、会试的考试内容主要是“八股文”。殿试由皇帝主持，考“策问”，考中后统称“进士”，前三名分别称“状元”、“榜眼”、“探花”。武举情况类似。除科举外，还有门荫、荐举、捐纳等入仕途径。清朝一代想当官而又有做官资格的人，不等于立刻就能上任当官，必须要等到有空缺才能上任。清代官员人数有限，康熙年间（1661—1722年），全国文武官员总共才一万七千多名，但有资格做官的人却愈来愈多，满缺（即只有满人才能当的官）又远远大于汉缺，所以有些汉人因此等了十年、二十年，也当不上一个有实际职务的官。清代政府机构，有些属于定制，有些则为暂设，所以官员任职时也有种种区别，如管理事务、行走（临时性质的）、差委（如钦差大臣、各省学政等）、署理（即代理）等。不论哪一种形式的官，任用时都要遵守“回避制度”，官员的籍贯不得和就任地区相同或接邻；有姻亲关系的人员避免在同一衙门任职；师生之间在授官时要分开；选官者与候选人之间有姻亲关系的也要回避等。这一制度旨在防止私相授受，官官相护的情况发生。
清朝末年，在内外压力和国内要求改制的呼声下，清政府决定改革官制。光绪三十二年（1906年），清政府申明预备立宪，提出了立法、行政、司法三权分立的原则。同年颁布新定的衙门，有外务部（原总理衙门）、民政部、度支部（原户部）、学部、陆军部、法部（原刑部）、大理院（原大理寺）、农工商部（由原工部和刚成立的商部合并而成）、邮传部和理藩部（原理藩院），吏部和礼部仍旧。这次调整，使中央行政机构增加至11部。每部只设尚书1人、侍郎2人、左右丞和左右参议各1人，不分满汉。宣统三年（1910年），中央决定设立“责任内阁”，为国家最高行政机关，原内阁、军机处撤销。责任内阁设总理大臣、协理大臣和国务大臣。又新成立“海军部”，取消吏部，将其职能分别转入“承宣厅”、“制诰局”和“叙官局”，又设“统计局”，作为直属机构。礼部改为“典礼院”，把原先的大部分职能并入其他相关机构。改“尚书”为各部大臣，侍郎称副大臣，都只设1人。综观以上的改革内容，清末新政在本质上是为了抗衡国内要求改革的情绪，但新政推出后不久，清朝很快便灭亡，新政也就夭折了。
