清代中央官制多沿襲明制，但不同的地方也很多，包括：（一）內閣的作用降低。雍正（1722—1735年在位）一朝設立軍機處，入處者主要官員稱「軍機大臣上行走」，簡稱「軍機大臣」；次要官員稱「軍機章京上行走」，簡稱「軍機章京」。軍機處不是一個獨立的衙門，沒有專官和屬吏，軍機大臣和軍機章京都沒有定員，名稱上冠以「行走」二字，表示是臨時性質的。軍機處設立後，軍國大政由軍機大臣奉皇帝訓示擬旨繕發，內閣只能處理些日常事務，逐漸變得形同虛設了。（二）中央各部門主要官員滿漢複職。中央各機構，如六部、都察院、通政院、大理寺等，主要官員均為滿漢複職，有一漢人官員，必定有一滿族官員，滿族官員班列皆在漢人官員前，且掌實權，內閣大學士也是如此。另外清代戶部為「十四司」，刑部為「十八司」，與明代不同。（三）新設「理藩院」和「內務府」。理藩院管理內外蒙古、回部和番部（藏族）事務，長官有尚書、左右侍郎各一人，以滿人充任，間或有蒙古人為之；內務府專管皇家的日常生活等事務，長官為內務府大臣，貪官和珅曾任此職。鴉片戰爭後，又設總理各國事務衙門，簡稱「總理衙門」，規制仿軍機處，總理大臣和總理章京則無固定人數。（四）設責任內閣。清末在內外壓力下，實行新政，成立了責任內閣。另外，雍正皇帝繼位後，確立了皇位繼承上的秘密建儲制，這也是與從前的朝代不同的地方。
總督和巡撫在明代屬臨時差遣的官職，到清代則固定下來成為省一級最高長官，負責數省或一省的軍民諸政。林則徐先後任過湖廣總督和兩廣總督，在湖廣總督任上嚴厲禁煙，為禁煙派代表人物。繼他之後與英人處理鴉片事務的琦善本為直隸總督。督撫之下為「布政使」和「按察使」，其機構布政使司、按察使司，又分別俗稱「藩台」和「臬台」，明代所設的都指揮使司則被取消。省以下一級為「道」，本為布政使屬下參政和參議巡查的範圍，後成一級行政單位，設「道員」為地方實官。省、道之下有府，長官為「知府」，京師所在的首府長官為「府尹」。府的佐官有同知、通判等，「推官」後來被省去。州縣為基層建制，設官也與明代基本相同，但輔佐官多有合併省略的情況。清代中央和地方權力在分布上比較適當，但地方行政級別增多，州縣文書要先向府申報，府再向道申報，道又要轉交布、按，然後布、按再呈督撫，如此轉相呈遞，效率可想而知。所以民國以後，地方建制要再次簡化。另一方面，清代在邊區建有特殊設置，以配合管治不同民族的實際需要，如東北三省實行「旗民分治」，內外蒙古與青海則實行「盟旗制度」，西藏實行「政教合一制」等。
清代官員的來源主要依靠科舉。明清兩代，科舉考試的程式固定，每三年舉行一次，考試分鄉試、會試和殿試三級。鄉試在省城舉行，參加考試的稱「秀才」，考中的稱「舉人」，第一名為「解元」。會試在禮部舉行，考中者稱「貢士」，第一名稱「會元」。鄉試、會試的考試內容主要是「八股文」。殿試由皇帝主持，考「策問」，考中後統稱「進士」，前三名分別稱「狀元」、「榜眼」、「探花」。武舉情況類似。除科舉外，還有門蔭、薦舉、捐納等入仕途徑。清朝一代想當官而又有做官資格的人，不等於立刻就能上任當官，必須要等到有空缺才能上任。清代官員人數有限，康熙年間（1661—1722年），全國文武官員總共才一萬七千多名，但有資格做官的人卻愈來愈多，滿缺（即只有滿人才能當的官）又遠遠大於漢缺，所以有些漢人因此等了十年、二十年，也當不上一個有實際職務的官。清代政府機構，有些屬於定制，有些則為暫設，所以官員任職時也有種種區別，如管理事務、行走（臨時性質的）、差委（如欽差大臣、各省學政等）、署理（即代理）等。不論哪一種形式的官，任用時都要遵守「迴避制度」，官員的籍貫不得和就任地區相同或接鄰；有姻親關係的人員避免在同一衙門任職；師生之間在授官時要分開；選官者與候選人之間有姻親關係的也要迴避等。這一制度旨在防止私相授受，官官相護的情況發生。
清朝末年，在內外壓力和國內要求改制的呼聲下，清政府決定改革官制。光緒三十二年（1906年），清政府申明預備立憲，提出了立法、行政、司法三權分立的原則。同年頒布新定的衙門，有外務部（原總理衙門）、民政部、度支部（原戶部）、學部、陸軍部、法部（原刑部）、大理院（原大理寺）、農工商部（由原工部和剛成立的商部合併而成）、郵傳部和理藩部（原理藩院），吏部和禮部仍舊。這次調整，使中央行政機構增加至11部。每部只設尚書1人、侍郎2人、左右丞和左右參議各1人，不分滿漢。宣統三年（1910年），中央決定設立「責任內閣」，為國家最高行政機關，原內閣、軍機處撤銷。責任內閣設總理大臣、協理大臣和國務大臣。又新成立「海軍部」，取消吏部，將其職能分別轉入「承宣廳」、「制誥局」和「敍官局」，又設「統計局」，作為直屬機構。禮部改為「典禮院」，把原先的大部分職能併入其他相關機構。改「尚書」為各部大臣，侍郎稱副大臣，都只設1人。綜觀以上的改革內容，清末新政在本質上是為了抗衡國內要求改革的情緒，但新政推出後不久，清朝很快便滅亡，新政也就夭折了。
