明代
明代在书院发展上承前启后,地位十分重要。虽然前期有过将近百年的沉寂,但在王守仁和湛若水的学说重新结合后,书院得到突飞猛进的发展,数量增加,总数约二千,其中新创建的就有1699所。明代书院的分布总体上是由先进发达地区向边远落后地区推进,甚至到达朝鲜,是这个时期的亮点。这时期的书院具有了平民化特色,而且以同志相尚,品评人物,讽议朝政,使书院又具有了社团化的倾向。
王守仁
王守仁(1472─1528年),字伯安、号阳明子,明余姚(今属浙江)人。弘治十二年(1499年)进士,授刑部主事,改兵部。因上疏抗宦官刘瑾,谪贵州龙场驿丞。后起官吏部中、南京太仆寺少卿、鸿胪寺卿,官至南京兵部尚书。卒谥文成。一生热心教育,每至一处,均在从政之余讲学。谪居龙场,建龙冈书院,又主讲贵阳文明书院;巡抚江西,广立社学,修濂溪书院;在家乡会稽(今浙江绍兴)辟稽山书院。弟子门人遍布全国各地,形成著名的阳明学派。
湛若水
湛若水(1466─1560年),字元明,初名露,字民泽,避祖讳,改名雨,后定今名,明广东增城人。弘治五年(1492年)举人,十八年进士,授翰林院庶吉士、编修。与王守仁知交,同讲学。嘉靖元年(1522年)应诏进京,历任编修、侍读、南京国子监祭酒及南京礼、吏、兵三部尚书等职。嘉靖十九年辞官归里,致力讲学著述。一生创建书院甚多,凡足迹所至,必建书院,著述甚丰,现存《甘泉先生文集》。
清代
普及和流变是清代书院的最大特点,新建书院3868所,加修复的旧有书院,总数则在四千所以上,基本普及城乡。从雍正年间建立省会书院开始,官方加强书院建设,各级官办书院成为全国各地大小不等的学术教育中心。民间则主要致力于乡村、家族书院的建设,承担着普及文化知识的基础教育任务。
道光以降,面对着大炮战舰冲入国门的西方文化,书院努力应对,在内容和形式经过改造后,将西学、新学引入其中,终于形成了新式书院,是为积极的变革。另一方面,由于科举的诱惑力太大,不论官办或民办的书院大多陷入其中而难以自拔,这是消极的流变,它影响并最终断送了书院的改革。其间新出现的教会书院、华侨书院,以交融中西、联系中外而值得特别注意。