明朝大致沿襲元朝的史官制度，沒有常設修史館局，如有修史之事，則臨時抽調人力，翰林院的進士就是修史人員的重要來源。缺乏修史組織，是明朝官方史學不振的原因之一。明末政治腐敗，經濟疲弊，內憂外患頻仍，知識分子常懷憂國憂民的救國抱負。明亡之後，清兵入關，漢人受異族統治，由是愛國情懷興起。黃宗羲、顧炎武、王夫之並稱明末清初三大思想家，對史學亦多貢獻。

黃宗羲（1610-1695年），字太沖，號南雷，又號梨洲，浙江餘姚人。其父黃尊素為東林黨著名人物，被宦官魏忠賢害死。黃宗羲年輕時，曾參加復社反宦官權貴的活動。清兵南下時，他組織義軍抗清，明亡以後專心從事著述，屢拒清廷徵召。著有《明夷待訪錄》、《南雷文定》、《明儒學案》等，後人編有《黃梨洲文集》。

《明儒學案》60卷，是研究明代學術思想的重要著作，採集明代學者二百餘人的文集和語錄，辨別其學術宗派，分為19個學案，並逐一加以敍述。書中將學術史的發展劃成三期：初期以程朱之學為主，陸象山二派次之；中期專述王學，首立姚江學案；末期立東林、蕺山兩學案，中期與末期之間，另立諸儒學案，記述各學派以外的重要學者。此書成於1676年，是中國第一部學術思想史著作。

顧炎武（1613-1682年），初名絳，字寧人，江蘇崑山亭林鎮人，又稱為亭林先生。少時曾參加復社反宦官權貴的活動，抨擊明朝弊政。清兵南下時，曾參加抗清起義，失敗後遍遊山東、河北、山西、陝西、河南等地，訪問風俗，採集遺聞，致力於研究邊防和西北地理。他始終拒抗清廷徵召，寧願墾荒種地，糾合同道，不忘興復。

顧炎武學問廣博，治學主張「經世致用」，治史則注重對制度文物和地理沿革作考訂，著有《日知錄》、《天下郡國利病書》、《顧亭林詩文集》等。《日知錄》32卷是顧炎武一生研究學問的結晶，積三十多年而成，涉及的題材非常廣泛。內容不分門類，但編次先後略以類從，大抵「上篇經術，中篇治道，下篇博聞」，在考證方法上對後世學者有較大影響，又在考據中寄託了他的政治思想，以及對史學的見解。

王夫之（1619-1692年），字而農，號薑齋，晚年定居衡陽石船山，世稱船山先生。他是湖南衡陽人，曾參加抗清活動，失敗後隱居深山僻壤，從事著述，後人輯為《船山遺書》。其中《讀通鑑論》和《宋論》是他的史學代表作，對秦代以後的社會歷史作了系統的分析和評論。

《讀通鑑論》30卷，成書於康熙二十六年（1687年）。據《資治通鑑》所列帝王世系分為若干篇，選擇歷史事件和人物加以析論，目的在於探求歷史的成敗得失，針對明末清初各種社會政治問題，從而表達自己的政治主張和歷史觀點。王夫之另有《永曆實錄》，詳載南明永曆政權的興亡。

此外，歷史地理學家顧祖禹（1631-1692年）的《讀史方輿紀要》也值得注意。此書有130卷，附《輿圖要覽》4卷，歷時三十餘年而成，作者希望對恢復明朝的統治有所幫助。內容主要以明代南北直隸、十三布政使司的行政區劃為單位，分別加以記載，前九卷和末後七卷，綜述歷代州域形勢和全國山川、漕河、海道、分野。書中對前人的失實有所訂正，結構清晰，體例新穎，方便應用。

清代到了乾隆、嘉慶時期，考據學盛行，出現了三大考史名著，其中以趙翼的《廿二史劄記》影響最大。另外兩種是錢大昕的《廿二史考異》和王鳴盛的《十七史商榷》。錢大昕（1728-1804年）對於史事的考證，態度嚴肅認真。《廿二史考異》100卷，成書於1796年，其內容特點是詳於校勘文字，解釋訓詁名物，以及考校具體事實。

王鳴盛（1722-1797年）年輕時治經義，後來轉而治史。他所撰的《十七史商榷》，「十七史」是指十七部「正史」，書中雖有論及《舊唐書》和《舊五代史》，因宋人習稱為「十七史」，故沿用舊稱。至於「商榷」，大致包括校勘諸史文字和考證歷代史事、典制、評述史家和史書，以及評論歷史事件和人物，敢於突破前人定說。