萬曆三十年（1602年）閏二月，禮科給事中張問達給明神宗朱翊鈞上了一道彈劾李贄的奏疏。在這份奏疏中，張問達使用了大量駭人聽聞的謠言和污蔑不實之詞，彷彿李贄真是一個道德敗壞、擾亂社會的罪犯，必欲將李贄繩之以法、置於死地而後快。

張問達的奏疏：「劾李贄壯歲為官，晚年削髮，近又刻《藏書》、《焚書》、《卓吾大德》等書，流行海內，惑亂人心。以呂不韋、李園為智謀，以李斯為才力，以馮道為吏隱，以卓文君為善擇佳偶……以秦始皇為千古一帝，以孔子之是非為不足據。狂誕悖戾……不可不毀者。尤可恨者，寄居麻城，肆行不簡，與無良輩遊於庵院挾妓女，白晝同浴，勾引士人妻女，入庵講法，至有攜衾枕而宿者，一境如狂。又作《觀音問》一書，所謂觀音者，皆士人妻女也。而後生小子，喜其猖狂放肆，相率煽惑。至於明劫人財，強摟人婦，同於禽獸而不之恤……。」（《明神宗實錄》卷三百六十九）張問達在奏疏中，羅列他認為李贄所犯的罪行外，也請求明神宗將李贄置罪，並燒毁他的著作。

然而，奏疏到了明神宗朱翊鈞手上，性質卻發生變化。明神宗是個酒色財氣四病俱全、非藥石所可治的昏君，又是個殘酷的暴君，雖缺乏仁民愛物的精神，遇事優柔寡斷，但有時頭腦還算清醒。他認為，像李贄這樣一個連正四品官都不願做的人，不可能生活那麼放蕩，何況李贄已是七十老翁？所以明神宗對李贄的放蕩不羈似乎並不介意，然而卻對李贄「離經叛道」的思想言論絕對不能容忍，對於奏疏中下令焚毁李贄書籍深表讚許。他決定以「敢倡亂道」的罪名逮捕李贄：「李贄敢倡亂道，惑世誣民，便令廠衞五城嚴拿治罪。其書籍已到未刻，令所在官司，盡搜燒毁，不許存留。如有黨徒，曲庇私藏，該科道及各有司，訪奏治罪。」

於是，士兵立即出動逮捕李贄，奔赴通州，從被革職為民的前御史馬經綸家中將臥病在床的李贄捉走，關入監獄。對李贄的審訊嚴格按照明神宗的旨意進行，絲毫沒有涉及他的私生活和流言蜚語，要他招認「敢倡亂道」的思想言論。李贄對此斬釘截鐵地申辯、駁斥：「罪人著作多有，俱在，於聖教有益無損！」李贄曾自豪、自信地說：「堅其志無憂群魔，強其骨無懼患害」、「以堂堂之陣、正正之旗，日與世交戰而不敗者，正兵在我故也。」李贄曾撰〈自贊〉：「其性褊急，其色矜高，其詞鄙俗，其心狂癡，其行率易，其交寡而面見親熱。」可算是李贄對自己一生光明磊落的總結。李贄如此無懼無畏，卻是明神宗始料未及的。