孤懸於茫茫東海之上、有「海上仙洲」、「桃源勝景」之稱的金門島，與遼闊大陸那邊的廈門隔海相望，僅有一箭之遙，有人甚至形容它們有如孿生姐弟。金門島（舊稱浯洲）原是個十分偏遠荒凉的孤島，其上有居民方始於東晉元帝建武。據考證，東晉元帝建武時期有人搬遷到此地，緣由是晉時中原地區五胡亂華、民不聊生，為避亂世民眾紛紛過海遷居至此。

據清代的《金門志》記載，晉代時有蘇、陳、吳、蔡、呂、顏六姓家族一併遷居金門。在唐朝貞元十九年（公元803年），相傳福建觀察使柳冕奏設「萬安牧馬監」於福建泉州，金門（浯洲）被朝廷設為牧馬場，陳淵被派來任牧馬監，統領十二姓氏（即：陳、蔡、許、翁、李、張、黃、王、呂、劉、洪、林姓）戍邊金門，拓荒開墾，奠定了金門的發展基礎。此後，金門又聚集了更多姓氏的家族，以後的執政者又於金門庵前村豐蓮山一帶精勤牧馬，興修水利，隨後此地的人丁也日漸興旺起來。金門子民後尊稱陳淵為「開浯恩主」。

彼時，朝廷在福建泉州設立五個牧馬場，金門便是其中之一，這可看作是金門島最初設立的行政機構。現今，金門餘下的牧馬侯祠便銘刻了這段盡為人知的歷史。及至南宋高宗紹興二十三年（1153年），宋代大儒朱熹擔任同安縣主簿，在金門講學，並在燕南山設立燕南書院，鄉里間求學熱絡，文風斐然一時，可見金門深受朱熹的教化，曾有「海濱鄒魯」之雅稱。立於乾隆四十五年（1708年）的浯江書院內設有朱子祠，以此紀念朱熹。元朝時期（1343—1368年），為了進一步加強統治，朝廷在浯洲（金門）鳳翔里十七都後學村設立了浯洲鹽場司和浯洲書院，這是金門一帶最高的行政機關，此地聚積的人口和風獅爺也最為密集。

明洪武二十年（1387年），明太祖朱元璋命江夏侯周德興在福建沿海設五衞十二所，金門守禦千戶所即為十二所之一，下轄峰上、管澳、田浦、陳坑四個巡檢司，後又增設烈嶼巡檢司。金門島開始築建城池，由於金門據守福建東南海口，故此用「固若金湯，雄鎮海門」之意而取名曰「金門城」。在南明時期，金門由鄭成功政權實際控制。南明隆武元年（1645年），鄭成功從烈嶼湖井頭登陸，奉明太祖靈位，在巡檢司城（舊名吳山，今為城仔頂）大會明朝文武群臣，並以金門為基地，開展北伐南京、東征台灣之大業。明鄭永曆十五年（1661年），鄭軍從金門料羅灣碼頭出發，於台南鹿耳門登陸，僅用11個月就把據台的荷蘭人驅逐出境，光復台灣。鄭成功曾在金門金城鎮的夏墅崗秣馬厲兵，至今留有一個延平郡王祠，用以祭祀鄭成功。福建省南安市（鄭氏的故鄉）贈送金門的一座花崗岩鄭成功雕像，也昂然屹立於浯江溪口外的建功嶼上。1664年清軍攻佔金門以後，強行採取遷界之舉，迫使居民遷到海岸線30華里之外，金門島上寥寥落落遂無人跡可尋。從1674年到1679年，鄭氏再次佔據金門，並把金門作為反清的大本營和基地。1680年，清軍又一次攻陷金門，並沿用舊制隸屬於福建省同安縣（今廈門市同安區）。1683年清軍在佔據台灣後實行復界，那些被迫遷出的住民又紛紛返回原住地。明、清兩朝代，金門皆歸屬福建省泉州府的同安縣。

民國時期的1914年，清代地方區劃制度被廢除，廈門從同安縣獨立分置思明縣，金門劃歸思明縣轄管。金門島於1915年首次建立縣治。1937至1945年，日軍佔據金門。1949年，國民黨當局遷往台灣，時戍兵金門嚴陣以待。同年10月的金門戰役（台灣稱「古寧頭戰役」）之後，台灣當局暫時停止了縣治而改立金門軍管區行政公署。1949年，中國人民解放軍攻克金門縣的大嶝鄉大嶝島、小嶝島以及附近島嶼，宣布成立大嶝區，並委託由南安縣（今南安市）代管，任命陳亦東為第一任中華人民共和國金門縣縣長。1953年，金門島軍管結束，縣治也同期重新恢復，金門縣政府宣布成立。自此，金門縣出現兩個縣長並存的局面。1992年11月，伴隨着海峽兩岸關係的逐漸走向緩和，再加之台灣各界力促金馬地區解除軍管，台當局「國防部」宣布金門縣解除戒嚴，結束長達43年的戒嚴和實施36年的戰地政務實驗。