孤悬于茫茫东海之上、有“海上仙洲”、“桃源胜景”之称的金门岛，与辽阔大陆那边的厦门隔海相望，仅有一箭之遥，有人甚至形容它们有如孪生姐弟。金门岛（旧称浯洲）原是个十分偏远荒凉的孤岛，其上有居民方始于东晋元帝建武。据考证，东晋元帝建武时期有人搬迁到此地，缘由是晋时中原地区五胡乱华、民不聊生，为避乱世民众纷纷过海迁居至此。

据清代的《金门志》记载，晋代时有苏、陈、吴、蔡、吕、颜六姓家族一并迁居金门。在唐朝贞元十九年（公元803年），相传福建观察使柳冕奏设“万安牧马监”于福建泉州，金门（浯洲）被朝廷设为牧马场，陈渊被派来任牧马监，统领十二姓氏（即：陈、蔡、许、翁、李、张、黄、王、吕、刘、洪、林姓）戍边金门，拓荒开垦，奠定了金门的发展基础。此后，金门又聚集了更多姓氏的家族，以后的执政者又于金门庵前村丰莲山一带精勤牧马，兴修水利，随后此地的人丁也日渐兴旺起来。金门子民后尊称陈渊为“开浯恩主”。

彼时，朝廷在福建泉州设立五个牧马场，金门便是其中之一，这可看作是金门岛最初设立的行政机构。现今，金门余下的牧马侯祠便铭刻了这段尽为人知的历史。及至南宋高宗绍兴二十三年（1153年），宋代大儒朱熹担任同安县主簿，在金门讲学，并在燕南山设立燕南书院，乡里间求学热络，文风斐然一时，可见金门深受朱熹的教化，曾有“海滨邹鲁”之雅称。立于乾隆四十五年（1708年）的浯江书院内设有朱子祠，以此纪念朱熹。元朝时期（1343—1368年），为了进一步加强统治，朝廷在浯洲（金门）凤翔里十七都后学村设立了浯洲盐场司和浯洲书院，这是金门一带最高的行政机关，此地聚积的人口和风狮爷也最为密集。

明洪武二十年（1387年），明太祖朱元璋命江夏侯周德兴在福建沿海设五卫十二所，金门守御千户所即为十二所之一，下辖峰上、管澳、田浦、陈坑四个巡检司，后又增设烈屿巡检司。金门岛开始筑建城池，由于金门据守福建东南海口，故此用“固若金汤，雄镇海门”之意而取名曰“金门城”。在南明时期，金门由郑成功政权实际控制。南明隆武元年（1645年），郑成功从烈屿湖井头登陆，奉明太祖灵位，在巡检司城（旧名吴山，今为城仔顶）大会明朝文武群臣，并以金门为基地，开展北伐南京、东征台湾之大业。明郑永历十五年（1661年），郑军从金门料罗湾码头出发，于台南鹿耳门登陆，仅用11个月就把据台的荷兰人驱逐出境，光复台湾。郑成功曾在金门金城镇的夏墅岗秣马厉兵，至今留有一个延平郡王祠，用以祭祀郑成功。福建省南安市（郑氏的故乡）赠送金门的一座花岗岩郑成功雕像，也昂然屹立于浯江溪口外的建功屿上。1664年清军攻占金门以后，强行采取迁界之举，迫使居民迁到海岸线30华里之外，金门岛上寥寥落落遂无人迹可寻。从1674年到1679年，郑氏再次占据金门，并把金门作为反清的大本营和基地。1680年，清军又一次攻陷金门，并沿用旧制隶属于福建省同安县（今厦门市同安区）。1683年清军在占据台湾后实行复界，那些被迫迁出的住民又纷纷返回原住地。明、清两朝代，金门皆归属福建省泉州府的同安县。

民国时期的1914年，清代地方区划制度被废除，厦门从同安县独立分置思明县，金门划归思明县辖管。金门岛于1915年首次建立县治。1937至1945年，日军占据金门。1949年，国民党当局迁往台湾，时戍兵金门严阵以待。同年10月的金门战役（台湾称“古宁头战役”）之后，台湾当局暂时停止了县治而改立金门军管区行政公署。1949年，中国人民解放军攻克金门县的大嶝乡大嶝岛、小嶝岛以及附近岛屿，宣布成立大嶝区，并委托由南安县（今南安市）代管，任命陈亦东为第一任中华人民共和国金门县县长。1953年，金门岛军管结束，县治也同期重新恢复，金门县政府宣布成立。自此，金门县出现两个县长并存的局面。1992年11月，伴随着海峡两岸关系的逐渐走向缓和，再加之台湾各界力促金马地区解除军管，台当局“国防部”宣布金门县解除戒严，结束长达43年的戒严和实施36年的战地政务实验。