1994年初以來，中國社科界、佛學界在近年法門寺文化研究的基礎上，對法門寺唐代地宮佛教文化根本內涵展開了全面、集中的研究和交流。現已全面確認，法門寺唐代地宮在封閉時被布置為唐密曼荼羅，確為中國佛教考古的重大發現。

據密宗經典記載，法身佛大日如來為十地以上菩薩講授《大日經》和《金剛頂經》，在南天鐵塔內外分別傳出了胎藏界（物質世界）和金剛界（精神世界）兩部大法，於公元七世紀分別為印度高僧善無畏和金剛智所承傳。善無畏、金剛智未在印度傳授，而率其弟子不空（師徒三人史稱開元三大士）於唐開元年間先後來到中國長安，結壇傳法並相互傳授，是謂「金善互授」。其後，善、金又將兩部大法傳於不空及中國僧人一行。一人而傳承兩部大法，謂之「兩部一具」。不空盡得兩部真諦而全傳於中國僧人惠果。一行、惠果為兩部一具最當機之大師。十分可惜，當唐密大法由惠果、一行的日本弟子空海和最澄接承，創立日本東密、台密，迄今發揚光大；而唐密及其以後在中國的發展，到金胎合曼的全新階段卻隨着法門寺地宮的封門而失傳。這座無比莊嚴輝煌、重重無盡的大千世界歷千餘年不被人知曉。

地宮總體為佛指舍利供養大曼荼羅，佛指舍利為三昧耶曼荼羅，供奉佛指舍利的諸種法器、供養器及供養法為法曼荼羅，如法供養為羯摩曼荼羅。六大瑜伽、四曼不離、三密相應成就了法門寺地宮唐密曼荼羅。地宮一道五門四室，為增益護摩法之儀軌，香華燈塗，上供下施。地宮一道四室通徹全壇，體現金胎兩界大日如來中道一實，四室四舍利表證四方四佛，建立兩部曼荼羅。

地宮為石砌盝頂窯洞式，主體建制有甬道、前室、中室、後室、秘龕（即密室），即一道四室。甬道、前、中室成長方形，後室及秘龕成正方形。從入宮地面鋪了金錢成黃金色，一直到後室主要供物均作金黃色，顯示整個地宮為黃色方壇。使人們入壇後，如「遂感燈搖聖影，雲曳彩章。神光亙發以輝華，玄鶴群飛而率舞」，「虔拜瑤函，若靈山之舊識。一瞻金骨，憶雙樹之重逢」。

地宮一道四室，供養佛指舍利四枚，一道通徹全壇，表中央大日如來法界體性智，法性圓寂，一切不可得故。四室四枚舍利即表四方四佛，按金剛界和胎藏界兩部曼荼羅配置：後室八重寶函第一枚舍利，位胎藏界北方天鼓雷音佛位，位金剛界西方阿彌陀佛位（影骨）；中室漢白玉靈帳第二枚舍利，位胎藏界南方開敷華王佛位，位金剛界東方阿閦佛位（影骨）；密室五重寶函第三枚舍利，位胎藏界西方無量壽佛位，位金剛界北方不空成就佛位（靈骨）；前室阿育王塔第四枚舍利，位胎藏界東方寶幢如來位，位金剛界南方寶生佛位（影骨）。

埋藏靈骨的秘龕是在地宮後室地面的中北部，秘龕呈正方形，四壁及底部均用磚砌成，口寬0.28米，高0.26米，龕內進深0.28米。頂部距後室地面約0.24米，正位於後室北壁之下。秘龕中只有一個外用織金錦包裹的盝頂鐵函，鐵函內依次套置鎏金四十五尊造像盝頂銀函、銀包角檀香木函、嵌寶石水晶槨、壺門座玉棺。檀香木函因年代久遠，出土時已經散架，現留有當時微雕人物像。此檀香木函與四十五尊造像銀函一起覆蓋於水晶槨和玉棺上，表示十大弟子仍然侍隨供養本師釋迦牟尼佛的真身。玉棺內供放佛指舍利之金骨，就是釋迦牟尼的真身，亦稱靈骨。

密教認為釋迦牟尼佛就是金剛界的北方不空成就佛、胎藏界的北方天鼓雷音佛。按密教曼荼羅方位，就佛指舍利安放在地宮後室北壁，正是曼荼羅的正確方位，顯教謂釋迦牟尼佛大涅槃，也是頭朝北，足向南，佛指舍利安奉方位，也契合顯教義。真身寶函四十五尊造像分為五面。頂面有二十五尊造像，四周側面各為一面，每面均有五尊造像，以頂面為中心不動，將前後左右四個側面往上揭開而平展。此四十五尊造像，乃金剛界根本成身會曼荼羅。頂面方壇內為金大日及四波羅蜜、內四供曼荼羅。方壇外為外四供、四攝、四大神、四明王曼荼羅。以鏨刻有「奉為皇帝敬造釋迦牟尼佛真身寶函」為前側面的方壇，為西方無量壽如來及其四親近菩薩的曼荼羅。

地宮中室的鎏金珍珠裝捧真身菩薩，是唐懿宗李凗於咸通十二年（公元871年）十一月十四日，為其39歲生日時供養佛指舍利而敬造。咸通十四年（公元873年），在迎送佛舍利時，此尊捧真身菩薩捧着佛之金骨真身一併請入地宮，永為供養。捧真身菩薩被發現時的位置在地宮中室漢白玉靈帳後，菩薩高髻，頭戴花蔓寶冠，上身袒露，臂飾寶釧，雙手捧着放置鏨刻發願文的鎏金銀匾荷葉盤，下穿羊腸大裙，雙腿左屈右跪於蓮台上，通身裝飾珍珠瓔珞，花蔓冠邊緣串飾珍珠，冠中頂供化佛。荷葉盤上願文匾呈長方形，有匾欄，長11. 2厘米，寬8. 4厘米，欄上貼飾16朵寶相花，襯以蔓草，內飾聯珠紋一周。匾上鏨文一行65字：「奉為睿文英武明德至仁大聖廣孝皇帝，敬造捧真身菩薩，永為供養。伏願聖壽萬春，聖枝萬葉，八荒來服，四海無波。咸通十二年辛卯歲十一月十四日皇帝誕慶日記。」

匾兩側以銷釘套環與護板相連，邊緣飾一周類似杵紋的吉祥草葉，內外緣各飾聯珠一周，護板中鏤空成三鈷金剛杵，四周襯以纏枝蔓草，蓮座呈缽形，頂面八曲，邊緣聯珠，頂面與底面均鏨有梵文，腹壁由上至下飾四層仰瓣，每層八瓣，上兩層蓮瓣各有一尊像，兩側襯以纏枝蔓草。腹壁一周分別鏨刻持劍、執斧、托塔、拄劍的四大天王，餘白處鏨三鈷金剛杵。覆蓮座鼓形束腰，頂面與蓮台焊接，底部和覆蓮座套接，雙層覆缽形，外層上部飾一周八瓣覆蓮，每瓣內各鏨一梵文；中部一周鏨八大明王，均有背光，座下有立沿，飾聯珠紋與蓮瓣紋一周。內層中心鏨十字三鈷金剛杵，兩側各有一行龍，並襯以流雲紋。

捧真身菩薩的蓮台座為一金剛界和胎藏界兩部融合的大曼荼羅，蓮座呈缽形，缽乃本師釋迦牟尼佛之三昧耶形。密教兩部大法曼荼羅融合於顯教本師文佛三昧耶缽形之內，不但具有金胎不二之密義，而且顯示顯密圓融之深旨。可見造此尊曼荼羅之阿闍黎，乃深明蘇悉地法要之大阿闍黎也。而在唐代傳承蘇悉地法門者，由此可以例證，青龍寺惠果的唐密在皇室內道場，以及法門寺地宮供養舍利的內道場已有充分發揮。