1994年初以来，中国社科界、佛学界在近年法门寺文化研究的基础上，对法门寺唐代地宫佛教文化根本内涵展开了全面、集中的研究和交流。现已全面确认，法门寺唐代地宫在封闭时被布置为唐密曼荼罗，确为中国佛教考古的重大发现。

据密宗经典记载，法身佛大日如来为十地以上菩萨讲授《大日经》和《金刚顶经》，在南天铁塔内外分别传出了胎藏界（物质世界）和金刚界（精神世界）两部大法，于公元七世纪分别为印度高僧善无畏和金刚智所承传。善无畏、金刚智未在印度传授，而率其弟子不空（师徒三人史称开元三大士）于唐开元年间先后来到中国长安，结坛传法并相互传授，是谓“金善互授”。其后，善、金又将两部大法传于不空及中国僧人一行。一人而传承两部大法，谓之“两部一具”。不空尽得两部真谛而全传于中国僧人惠果。一行、惠果为两部一具最当机之大师。十分可惜，当唐密大法由惠果、一行的日本弟子空海和最澄接承，创立日本东密、台密，迄今发扬光大；而唐密及其以后在中国的发展，到金胎合曼的全新阶段却随着法门寺地宫的封门而失传。这座无比庄严辉煌、重重无尽的大千世界历千余年不被人知晓。

地宫总体为佛指舍利供养大曼荼罗，佛指舍利为三昧耶曼荼罗，供奉佛指舍利的诸种法器、供养器及供养法为法曼荼罗，如法供养为羯摩曼荼罗。六大瑜伽、四曼不离、三密相应成就了法门寺地宫唐密曼荼罗。地宫一道五门四室，为增益护摩法之仪轨，香华灯涂，上供下施。地宫一道四室通彻全坛，体现金胎两界大日如来中道一实，四室四舍利表证四方四佛，建立两部曼荼罗。

地宫为石砌盝顶窑洞式，主体建制有甬道、前室、中室、后室、秘龛（即密室），即一道四室。甬道、前、中室成长方形，后室及秘龛成正方形。从入宫地面铺了金钱成黄金色，一直到后室主要供物均作金黄色，显示整个地宫为黄色方坛。使人们入坛后，如“遂感灯摇圣影，云曳彩章。神光亘发以辉华，玄鹤群飞而率舞”，“虔拜瑶函，若灵山之旧识。一瞻金骨，忆双树之重逢”。

地宫一道四室，供养佛指舍利四枚，一道通彻全坛，表中央大日如来法界体性智，法性圆寂，一切不可得故。四室四枚舍利即表四方四佛，按金刚界和胎藏界两部曼荼罗配置：后室八重宝函第一枚舍利，位胎藏界北方天鼓雷音佛位，位金刚界西方阿弥陀佛位（影骨）；中室汉白玉灵帐第二枚舍利，位胎藏界南方开敷华王佛位，位金刚界东方阿閦佛位（影骨）；密室五重宝函第三枚舍利，位胎藏界西方无量寿佛位，位金刚界北方不空成就佛位（灵骨）；前室阿育王塔第四枚舍利，位胎藏界东方宝幢如来位，位金刚界南方宝生佛位（影骨）。

埋藏灵骨的秘龛是在地宫后室地面的中北部，秘龛呈正方形，四壁及底部均用砖砌成，口宽0.28米，高0.26米，龛内进深0.28米。顶部距后室地面约0.24米，正位于后室北壁之下。秘龛中只有一个外用织金锦包裹的盝顶铁函，铁函内依次套置鎏金四十五尊造像盝顶银函、银包角檀香木函、嵌宝石水晶椁、壶门座玉棺。檀香木函因年代久远，出土时已经散架，现留有当时微雕人物像。此檀香木函与四十五尊造像银函一起覆盖于水晶椁和玉棺上，表示十大弟子仍然侍随供养本师释迦牟尼佛的真身。玉棺内供放佛指舍利之金骨，就是释迦牟尼的真身，亦称灵骨。

密教认为释迦牟尼佛就是金刚界的北方不空成就佛、胎藏界的北方天鼓雷音佛。按密教曼荼罗方位，就佛指舍利安放在地宫后室北壁，正是曼荼罗的正确方位，显教谓释迦牟尼佛大涅槃，也是头朝北，足向南，佛指舍利安奉方位，也契合显教义。真身宝函四十五尊造像分为五面。顶面有二十五尊造像，四周侧面各为一面，每面均有五尊造像，以顶面为中心不动，将前后左右四个侧面往上揭开而平展。此四十五尊造像，乃金刚界根本成身会曼荼罗。顶面方坛内为金大日及四波罗蜜、内四供曼荼罗。方坛外为外四供、四摄、四大神、四明王曼荼罗。以錾刻有“奉为皇帝敬造释迦牟尼佛真身宝函”为前侧面的方坛，为西方无量寿如来及其四亲近菩萨的曼荼罗。

地宫中室的鎏金珍珠装捧真身菩萨，是唐懿宗李凗于咸通十二年（公元871年）十一月十四日，为其39岁生日时供养佛指舍利而敬造。咸通十四年（公元873年），在迎送佛舍利时，此尊捧真身菩萨捧着佛之金骨真身一并请入地宫，永为供养。捧真身菩萨被发现时的位置在地宫中室汉白玉灵帐后，菩萨高髻，头戴花蔓宝冠，上身袒露，臂饰宝钏，双手捧着放置錾刻发愿文的鎏金银匾荷叶盘，下穿羊肠大裙，双腿左屈右跪于莲台上，通身装饰珍珠璎珞，花蔓冠边缘串饰珍珠，冠中顶供化佛。荷叶盘上愿文匾呈长方形，有匾栏，长11.2厘米，宽8.4厘米，栏上贴饰16朵宝相花，衬以蔓草，内饰联珠纹一周。匾上錾文一行65字：“奉为睿文英武明德至仁大圣广孝皇帝，敬造捧真身菩萨，永为供养。伏愿圣寿万春，圣枝万叶，八荒来服，四海无波。咸通十二年辛卯岁十一月十四日皇帝诞庆日记。”

匾两侧以销钉套环与护板相连，边缘饰一周类似杵纹的吉祥草叶，内外缘各饰联珠一周，护板中镂空成三钴金刚杵，四周衬以缠枝蔓草，莲座呈钵形，顶面八曲，边缘联珠，顶面与底面均錾有梵文，腹壁由上至下饰四层仰瓣，每层八瓣，上两层莲瓣各有一尊像，两侧衬以缠枝蔓草。腹壁一周分别錾刻持剑、执斧、托塔、拄剑的四大天王，余白处錾三钴金刚杵。覆莲座鼓形束腰，顶面与莲台焊接，底部和覆莲座套接，双层覆钵形，外层上部饰一周八瓣覆莲，每瓣内各錾一梵文；中部一周錾八大明王，均有背光，座下有立沿，饰联珠纹与莲瓣纹一周。内层中心錾十字三钴金刚杵，两侧各有一行龙，并衬以流云纹。

捧真身菩萨的莲台座为一金刚界和胎藏界两部融合的大曼荼罗，莲座呈钵形，钵乃本师释迦牟尼佛之三昧耶形。密教两部大法曼荼罗融合于显教本师文佛三昧耶钵形之内，不但具有金胎不二之密义，而且显示显密圆融之深旨。可见造此尊曼荼罗之阿闍黎，乃深明苏悉地法要之大阿闍黎也。而在唐代传承苏悉地法门者，由此可以例证，青龙寺惠果的唐密在皇室内道场，以及法门寺地宫供养舍利的内道场已有充分发挥。