隋文帝時，不僅推崇佛教，廣度僧尼，擴充寺宇，翻經塑像，集僧講論，還分舍利於天下各州郡，同日同時起塔供養。文帝開皇三年（公元583年），改天下佛寺為道場。法門寺成為專弘《成實論》的中心道場，稱「成實道場」。《成實論》由古印度訶梨跋摩所作，是佛教史上由小乘走向大乘的一部重要著作。後秦時由鳩摩羅什翻譯為漢文。隋文帝對周原情有獨鍾，在扶風鳳泉寺建仁壽宮。由開皇十三年至仁壽四年（公元593—604年），文帝多次來岐州，七次居仁壽宮，法門寺逐漸得到恢復。文帝仁壽二年（公元602年），岐州刺史李敏在任期對「成實道場」有過修葺，並勒碑記事。

唐代是中國封建社會的全盛時期，同時也是中國佛教的全盛時期，在這樣的歷史背景下，法門寺因供奉佛的舍利而被重視，是理所當然的事情。根據資料記載，唐高宗顯慶五年（公元660年），朝廷對法門寺殿宇作了一次大修，此次修葺是空前規模，由禪師惠恭、惠方具體負責，購宏才，廣徵工匠，按圖施工。修繕後的法門寺不再像以前那樣破敗不堪，而是規模宏大，建築雄偉，逐漸成為皇室的內道場及全國朝佛的總道場。據記載，此時寺院的佔地面積已多達1,500畝，寺裏僧人眾多，香火極其旺盛。

唐末至五代，秦王李茂貞重修法門寺，是大唐王朝朝佛運動的尾聲。李茂貞在對後唐上表稱臣的20年間，以秦王繼唐而獨立，為在亂中求存，尋求佛祖佑護，他對法門寺作了多次大規模修葺。從天復元年（公元901年）到天祐十九年（公元922年）期間，李茂貞修復寺宇、彩繪佛像，蓋造牆舍，給賜經卷等全面整修。

宋朝時，即位不久的宋太祖趙匡胤即頒布詔令：凡在周世宗時所廢毀的寺院，立即停止毀禁，並着手修復。已經拆毀的寺廟，所遺留下來的佛像要妥善保存，並用金字、銀字書寫佛教經文。儘管北宋自宋太祖趙匡胤至哲宗一朝都崇尚佛教，但由於北宋末年政治動盪，經濟衰退，至神宗即位，佛教已呈現回落趨勢，又由於這種回落是全國性的，就法門寺而言也就無可避免受到影響。歷史文獻中也絕少關於北宋時期法門寺情況的記載，要窺此時法門寺的法事等活動，就不能不借助有幸留傳下來的寺碑銘文。此外，尚有碑雖佚而文已著錄或見於目錄的有《買田地莊園記》等近十通，這些碑文都從不同的角度反映了法門寺在北宋前、中期的佛事情況。宋代的法門寺受群眾支持，民間取代了唐代的官辦，或許這也是正史無載的一個原因。至民國二十八年（1937年），法門寺尚存北宋咸平六年（1003年）所立《買田地莊園記》碑一通。此碑後不知去向。由此碑可知，北宋時法門寺已形成比較發達的莊園經濟，寺院利用朝廷的寬鬆政策，廣置田產。

金朝各帝大多崇佛並重視寺院的管理，為避免佛教流於偽濫，國家設了僧官，民間還有「邑會」一類宗教結社，所以金朝時期，中國佛教又向前邁進了一步。在這個背景下，法門寺自五代初重修，至金大安的二百六十餘年間，一直位居關西名剎。這一時期的佛事有據可考的是法爽焚身弘法。法爽生於皇統九年（1149年），具戒於大定四年（1164年），時年16歲。此後遍遊名山大剎，廣求名師，深通佛法，道行精深。大定二十一年（1181年），法爽來到關西法門寺，他對佛的虔誠因親近佛陀真身舍利而急劇升溫，於是決定行「真法供養」（即燒身煉臂供佛之法）。法爽此次焚身視死如歸，臨終勸善頌詩，驚天動地泣鬼神，足以震撼人心，為法門寺歷史添了悲壯一筆。

明朝隆慶二年（1568年）八月十四日深夜，法門寺四級木製迴廊式釋迦牟尼真身寶塔轟然崩塌（《扶風縣志‧大事記》載此塔崩於隆慶三年，即1569年）。此事上報朝廷，如石沉大海，只有靠民眾募捐建塔。邑人黨萬良、楊禹佐主持社眾修真身寶塔，歷30年艱辛修成十三級八稜磚塔。黨、楊二人鑑於資金不足，建材多利用舊物，如塔基材料多用殘碑廢石，塔磚上刻字內容駁雜，如有一條刻字是「法門寺修磚塔，頭層缺少磚、灰，告白十方居土，各捨資財，共成聖事」。有的刻人名、住址，有一磚刻的竟然是「缺米麪」……由此可見建塔之艱難。後期由官方出面承修，方奏膚功。

清朝諸帝一般都尊崇佛教，但清帝扶持的是藏傳佛教，漢地佛教在清代幾百年裏一直缺乏生氣。清代法門寺仍不景氣，僅有一些小修小補，佛事活動在正史、野史均無記載，其地位只相當一般山野小寺。自唐以後日漸衰落，至清代已默默無聞。清順治十一年六月八日（1654年7月21日）夜半時分，甘肅省天水地區發生八級大地震。這次大地震波及200公里以外的扶風，縣城北門外的景福宮及其他房屋出現了「垣宇傾頹，壓斃人畜」的慘景。而法門寺寶塔則由於地震的搖撼，使塔洞內所藏的鍍金盾形牌和一些佛像紛紛墜於地面。整個塔身向西南方傾斜達五尺之多，塔體出現裂縫，西南角塔基下陷一米多深，塔體重心偏離則達三米之多。這次重創，為寶塔在300年後轟然崩塌，首次埋下了隱患。

民國時，法門寺更見凋殘。1911年辛亥革命時期僧人流散，寺院被地方改作私塾庠學。民國十年（1921年），軍閥陳樹藩一度盤踞法門寺，寺院成了兵營。此後法門寺頻遭內亂搔擾，寺廟毀損愈來愈嚴重，有寺無僧，舍利塔傾斜，殿宇磚殘瓦爛，棟樑煙熏火燎，漆皮剝落，荒草遍地，碑石倒臥。法門鎮也不景氣，冷冷清清。

二十世紀六十至七十年代的文化大革命期間，有一天，一群紅衞兵衝進法門寺，毀殿堂，燒佛經，砸佛像，揪鬥僧人，並且找來掀、鍬、羅筐，開始挖塔基，掘地三尺。正當紅衞兵進展迅速，「勝利在望」之時，突然有人驚呼：「前殿着火了！」這批好事之徒便丟下手中工具奔前殿去看「熱鬧」，只見濃煙滾滾，烈火中竟端坐着寺裏的住持僧良卿法師。他身披的絳紅色袈裟在燃燒，火舌無情地舔着他衰老的軀體，漸漸在火中變焦，這是法門寺又一個「金燭和尚」，但火中的良卿不掙紮，亦似無痛苦，合掌安坐，平靜地讓自己化為灰燼。這是法門寺史上一個重要的日子，時間是1966年7月12日。這一血腥事件震懾了小將們的心靈。誰還有心緒去幹掘塔基的勾當！二十餘年後清理地宮時，人們發現了紅衞兵當年掘的坑，裏面留有糖紙、花生皮，和地宮相去咫尺。良卿自焚殉教的原因已無法細究，但有一點十分明確：他在千鈞一髮之際挽救了地宮，保存了靈骨，稍一遲疑，法門寺的歷史又會是別種面目。