隋文帝时，不仅推崇佛教，广度僧尼，扩充寺宇，翻经塑像，集僧讲论，还分舍利于天下各州郡，同日同时起塔供养。文帝开皇三年（公元583年），改天下佛寺为道场。法门寺成为专弘《成实论》的中心道场，称“成实道场”。《成实论》由古印度诃梨跋摩所作，是佛教史上由小乘走向大乘的一部重要著作。后秦时由鸠摩罗什翻译为汉文。隋文帝对周原情有独钟，在扶风凤泉寺建仁寿宫。由开皇十三年至仁寿四年（公元593—604年），文帝多次来岐州，七次居仁寿宫，法门寺逐渐得到恢复。文帝仁寿二年（公元602年），岐州刺史李敏在任期对“成实道场”有过修葺，并勒碑记事。

唐代是中国封建社会的全盛时期，同时也是中国佛教的全盛时期，在这样的历史背景下，法门寺因供奉佛的舍利而被重视，是理所当然的事情。根据资料记载，唐高宗显庆五年（公元660年），朝廷对法门寺殿宇作了一次大修，此次修葺是空前规模，由禅师惠恭、惠方具体负责，购宏才，广征工匠，按图施工。修缮后的法门寺不再像以前那样破败不堪，而是规模宏大，建筑雄伟，逐渐成为皇室的内道场及全国朝佛的总道场。据记载，此时寺院的占地面积已多达1,500亩，寺里僧人众多，香火极其旺盛。

唐末至五代，秦王李茂贞重修法门寺，是大唐王朝朝佛运动的尾声。李茂贞在对后唐上表称臣的20年间，以秦王继唐而独立，为在乱中求存，寻求佛祖佑护，他对法门寺作了多次大规模修葺。从天复元年（公元901年）到天佑十九年（公元922年）期间，李茂贞修复寺宇、彩绘佛像，盖造墙舍，给赐经卷等全面整修。

宋朝时，即位不久的宋太祖赵匡胤即颁布诏令：凡在周世宗时所废毁的寺院，立即停止毁禁，并着手修复。已经拆毁的寺庙，所遗留下来的佛像要妥善保存，并用金字、银字书写佛教经文。尽管北宋自宋太祖赵匡胤至哲宗一朝都崇尚佛教，但由于北宋末年政治动荡，经济衰退，至神宗即位，佛教已呈现回落趋势，又由于这种回落是全国性的，就法门寺而言也就无可避免受到影响。历史文献中也绝少关于北宋时期法门寺情况的记载，要窥此时法门寺的法事等活动，就不能不借助有幸留传下来的寺碑铭文。此外，尚有碑虽佚而文已著录或见于目录的有《买田地庄园记》等近十通，这些碑文都从不同的角度反映了法门寺在北宋前、中期的佛事情况。宋代的法门寺受群众支持，民间取代了唐代的官办，或许这也是正史无载的一个原因。至民国二十八年（1937年），法门寺尚存北宋咸平六年（1003年）所立《买田地庄园记》碑一通。此碑后不知去向。由此碑可知，北宋时法门寺已形成比较发达的庄园经济，寺院利用朝廷的宽松政策，广置田产。

金朝各帝大多崇佛并重视寺院的管理，为避免佛教流于伪滥，国家设了僧官，民间还有“邑会”一类宗教结社，所以金朝时期，中国佛教又向前迈进了一步。在这个背景下，法门寺自五代初重修，至金大安的二百六十余年间，一直位居关西名刹。这一时期的佛事有据可考的是法爽焚身弘法。法爽生于皇统九年（1149年），具戒于大定四年（1164年），时年16岁。此后遍游名山大刹，广求名师，深通佛法，道行精深。大定二十一年（1181年），法爽来到关西法门寺，他对佛的虔诚因亲近佛陀真身舍利而急剧升温，于是决定行“真法供养”（即烧身炼臂供佛之法）。法爽此次焚身视死如归，临终劝善颂诗，惊天动地泣鬼神，足以震撼人心，为法门寺历史添了悲壮一笔。

明朝隆庆二年（1568年）八月十四日深夜，法门寺四级木制回廊式释迦牟尼真身宝塔轰然崩塌（《扶风县志‧大事记》载此塔崩于隆庆三年，即1569年）。此事上报朝廷，如石沉大海，只有靠民众募捐建塔。邑人党万良、杨禹佐主持社众修真身宝塔，历30年艰辛修成十三级八棱砖塔。党、杨二人鉴于资金不足，建材多利用旧物，如塔基材料多用残碑废石，塔砖上刻字内容驳杂，如有一条刻字是“法门寺修砖塔，头层缺少砖、灰，告白十方居土，各舍资财，共成圣事”。有的刻人名、住址，有一砖刻的竟然是“缺米面”……由此可见建塔之艰难。后期由官方出面承修，方奏肤功。

清朝诸帝一般都尊崇佛教，但清帝扶持的是藏传佛教，汉地佛教在清代几百年里一直缺乏生气。清代法门寺仍不景气，仅有一些小修小补，佛事活动在正史、野史均无记载，其地位只相当一般山野小寺。自唐以后日渐衰落，至清代已默默无闻。清顺治十一年六月八日（1654年7月21日）夜半时分，甘肃省天水地区发生八级大地震。这次大地震波及200公里以外的扶风，县城北门外的景福宫及其他房屋出现了“垣宇倾颓，压毙人畜”的惨景。而法门寺宝塔则由于地震的摇撼，使塔洞内所藏的镀金盾形牌和一些佛像纷纷坠于地面。整个塔身向西南方倾斜达五尺之多，塔体出现裂缝，西南角塔基下陷一米多深，塔体重心偏离则达三米之多。这次重创，为宝塔在300年后轰然崩塌，首次埋下了隐患。

民国时，法门寺更见凋残。1911年辛亥革命时期僧人流散，寺院被地方改作私塾庠学。民国十年（1921年），军阀陈树藩一度盘踞法门寺，寺院成了兵营。此后法门寺频遭内乱搔扰，寺庙毁损愈来愈严重，有寺无僧，舍利塔倾斜，殿宇砖残瓦烂，栋梁烟熏火燎，漆皮剥落，荒草遍地，碑石倒卧。法门镇也不景气，冷冷清清。

二十世纪六十至七十年代的文化大革命期间，有一天，一群红卫兵冲进法门寺，毁殿堂，烧佛经，砸佛像，揪斗僧人，并且找来掀、锹、罗筐，开始挖塔基，掘地三尺。正当红卫兵进展迅速，“胜利在望”之时，突然有人惊呼：“前殿着火了！”这批好事之徒便丢下手中工具奔前殿去看“热闹”，只见浓烟滚滚，烈火中竟端坐着寺里的住持僧良卿法师。他身披的绛红色袈裟在燃烧，火舌无情地舔着他衰老的躯体，渐渐在火中变焦，这是法门寺又一个“金烛和尚”，但火中的良卿不挣扎，亦似无痛苦，合掌安坐，平静地让自己化为灰烬。这是法门寺史上一个重要的日子，时间是1966年7月12日。这一血腥事件震慑了小将们的心灵。谁还有心绪去干掘塔基的勾当！二十余年后清理地宫时，人们发现了红卫兵当年掘的坑，里面留有糖纸、花生皮，和地宫相去咫尺。良卿自焚殉教的原因已无法细究，但有一点十分明确：他在千钧一发之际挽救了地宫，保存了灵骨，稍一迟疑，法门寺的历史又会是别种面目。