明嘉靖二十三年（1544年），戚景通因病去世，16歲的戚繼光襲任父職，做了登州衞指揮僉事。明嘉靖二十五年（1546年），分工管理本衞所的屯田事務。明嘉靖二十七年（1548年）至三十一年（1552年），奉命率領衞所士兵遠戍薊門（今北京市東北），春去秋歸，每年一次。明嘉靖二十八年（1549年）考中武舉，次年進京會試，正逢蒙古俺答汗進逼京城，戚繼光臨時守衞京城九門，並兩次上書陳守禦方略。明嘉靖三十二年（1553年），被提升為都指揮僉事，管理登州、文登、即墨三營二十五個衞所，防禦山東沿海的倭寇。到任以後，戚繼光整頓衞所，訓練士卒，嚴肅紀律，使山東沿海的防務大大改觀。

浙江抗倭

因為浙江倭患嚴重，明嘉靖三十四年（1555年），戚繼光被調任浙江都司僉書，次年升任參將，鎮守寧波、紹興、台州三府。此後，戚繼光多次與倭寇作戰，先後取得龍山、岑港、桃渚之戰的勝利。實戰過程中，戚繼光認識到明軍缺乏訓練，作戰不力，多次向上司提出練兵建議，最後得到批准。明嘉靖三十八年（1559年），戚繼光前往義烏招募農民、礦工三千名，按年齡和身材配發兵器，編組進行訓練。次年，戚繼光針對沿海地形多沮澤、倭寇小股分散的特點，創立攻防兼宜的「鴛鴦陣」。明嘉靖四十年（1561年），倭寇大舉進犯浙江，戚繼光在台州九戰九捷，基本平息了浙江的倭患。

龍山所之戰

龍山所在定海縣（今浙江舟山縣）境內，北面瀕臨大海，是倭船往來必經之道。明嘉靖三十五年（1556年）九月，倭寇八百多人打到龍山所，戚繼光這時新任參將不久，聽到消息立刻率軍前往。倭寇分成三路猛衝過來，明軍紛紛潰退，戚繼光見形勢危急，連忙跳到一塊高石上，一連三箭將三個倭酋射倒，倭寇這才退去。十月，倭寇又在龍山所登陸，戚繼光與俞大猷等率軍抗擊，三戰三捷，倭寇乘夜撤退。明軍跟蹤追擊，至雁門嶺遇伏，紛紛逃走，倭寇得以乘船出海。兩次龍山所之戰，戚繼光初露鋒芒，同時認識到明軍缺乏訓練，臨陣畏縮，有必要尋求解決辦法，訓練一支強而有力的軍隊。戰後不久，戚繼光便連續兩次上書，向上司提出練兵建議，但由於種種原因，建議未能及早實現。明嘉靖三十八年（1559年）九月，戚繼光第三次提出建議，決定到義烏招募農民和礦工，得到上司同意。到義烏後，戚繼光嚴格挑選新兵，凡屬浮滑的小市民，打過敗仗的，沾染官府習氣的，一概不要。最後選定三千人，編立隊伍，填造花名冊，按照年齡、身材分發武器，嚴格訓練。從此，這支軍隊轉戰各地，取得輝煌戰績，人稱「戚家軍」。

岑港之戰

明嘉靖三十六年（1557年），浙江巡撫胡憲宗誘捕了海盜王直，其黨羽三千餘人盤據岑港，聲稱要為王直報仇。岑港在舟山島的西面，地形非常複雜，倭寇只留一條小路以便出入，將其餘通路一概堵死。明嘉靖三十七年（1558年）春，各路官兵進攻岑港，戚繼光由左路進攻。倭寇居高臨下，明軍仰攻很不方便，雙方死傷慘重。岑港久攻不下，明朝廷認為將官作戰不力，撤去俞大猷、戚繼光等人職務，限令一個月內攻克岑港。隨着期限臨近，戚繼光等親率士卒，奮勇衝鋒，倭寇抵擋不住，在一個深夜乘船退出岑港，轉移到舟山北面海中的梅山，此後揚帆南下，轉寇福建。

台州大捷

明嘉靖四十年（1561年）四五月間，倭寇大舉進犯浙江，船隻達數百艘，人數達一兩萬，騷擾地區達幾十處，聲勢震動遠近。其中大股倭寇竄犯寧海、桃渚、新河等地，戚繼光確立「大創盡殲」的原則，在花街、上峰嶺、藤嶺、長沙等地大敗倭寇，先後九戰九捷，共擒斬倭寇一千四百多人，焚、溺死四千多人，使侵犯台州的倭寇遭到毀滅性的打擊。與此同時，其他將領也在寧波、溫州一帶和倭寇交戰十多次，取得重大勝利，浙江倭患基本平息。由於台州大捷，戚繼光被提升為都指揮使，「戚家軍」也聞名天下。

福建抗倭

福建的倭患也很嚴重。明嘉靖三十九年（1560年）後，倭寇由於在浙江受到沉重打擊，在福建的活動更加猖獗，一支築巢於寧德城外海中的橫嶼，另一支築巢於福清的牛田，形勢非常危急。明嘉靖四十一年（1562年），戚繼光受命入閩剿倭，先後蕩平橫嶼、牛田、林墩三大倭巢，隨後回浙江補充兵員。戚繼光剛離開後，倭寇就相互慶賀說：「戚老虎去，我們還怕甚麼！」活動又猖獗起來，攻佔興化府城，隨後又據平海衞為巢。明嘉靖四十二年（1563年），戚繼光抵達福建，於平海衞大敗倭寇。隨後率軍解仙遊之圍，滅山賊吳平於南澳，基本平息了東南沿海的倭患。

橫嶼之戰

橫嶼是寧德縣東北的一個小島，離岸約有十里，和大陸之間隔着淺灘。漲潮時，海水將島嶼與大陸分開，潮退後，又盡是泥淖。倭寇在島上結下大營，修築防禦工事，侵佔已達三年之久。戚繼光為了渡過淺灘，命令士兵鋪上乾草，隨着鼓聲向前爬行。到達橫嶼岸邊時，倭寇早已布成陣勢，士兵們奮勇衝殺，放火焚燒倭巢，倭寇四處逃竄，明軍乘勝追擊，斬首348人，生擒29人。殘餘倭寇向海上逃命，被淹死六百多人。戰鬥從開始到結束，不過三個時辰。隨後，戚繼光進軍牛田、林墩，剷除了福建的三大倭巢。

平海衞之戰

剷平福建三大倭寇後，戚繼光回浙江補充兵員，倭寇又猖獗起來。明嘉靖四十一年（1562年）冬，倭寇6,000人攻陷興化府城，燒殺搶劫，無惡不作。次年二月，倭寇退出府城，據莆田東南的平海衞為巢。四月，戚繼光率領一萬多人到達福建。五月，福建巡撫譚綸命戚家軍為中路，劉顯為左翼，俞大猷為右翼，向平海衞發動總攻勢。倭寇倉皇應戰，戚家軍用火器猛烈射擊，倭寇戰馬受驚，亂跑亂竄，左右兩翼乘勢並進，倭寇大敗，逃回許家大巢。明軍進圍敵巢，四面放火，倭寇或被燒死，或被殺死，逃竄者也多墜崖、蹈海而死，共被斬首2,210人。

解仙遊之圍

平海衞之戰不久，又有大批倭寇陸續登陸。明嘉靖四十二年（1563年）十一月，倭寇約兩萬人圍攻仙遊，城內居民晝夜死守，雙方傷亡嚴重。譚綸和戚繼光統兵來救，駐紮於仙遊城外二十里處，這時戚繼光的部下只有6,000人，敵我力量相差懸殊，不宜立即決戰。次年一月，換防的軍隊到達，戚繼光周密布署後，分道向仙遊進軍。當時倭寇結為四巢，分別盤據於東、南、西、北四門，中路軍直衝倭寇南巢，其他各路配合作戰，倭寇丟盔棄甲，全線崩潰，仙遊之圍得以解除。戚繼光這次以寡敵眾，大獲全勝，體現了卓越的軍事才能。

滅山賊吳平

吳平是福建漳州詔安縣梅嶺人，他與倭寇勾結，招納海盜、流氓一萬多人，盤踞在梅嶺一帶。明嘉靖四十四年（1565年）春，戚繼光攻佔梅嶺，吳平率部南逃，佔據閩廣交界的南澳島，戚繼光跟蹤追擊，將南澳島封鎖起來。十月，戚繼光率軍在龍眼沙登陸，命人散布勸降檄文，吳平黨羽軍心動搖，戚家軍乘勢進攻，大獲全勝。吳平傷魂落魄，率領部下遁入森林。月底，戚繼光與俞大猷合力進攻，吳平慘敗，僅率八百餘人乘船逃脫。明嘉靖四十五年（1566年），戚繼光和俞大猷進剿吳平殘部，吳平投海自殺，東南沿海的倭患基本平息。