明嘉靖二十三年（1544年），戚景通因病去世，16岁的戚继光袭任父职，做了登州卫指挥佥事。明嘉靖二十五年（1546年），分工管理本卫所的屯田事务。明嘉靖二十七年（1548年）至三十一年（1552年），奉命率领卫所士兵远戍蓟门（今北京市东北），春去秋归，每年一次。明嘉靖二十八年（1549年）考中武举，次年进京会试，正逢蒙古俺答汗进逼京城，戚继光临时守卫京城九门，并两次上书陈守御方略。明嘉靖三十二年（1553年），被提升为都指挥佥事，管理登州、文登、即墨三营二十五个卫所，防御山东沿海的倭寇。到任以后，戚继光整顿卫所，训练士卒，严肃纪律，使山东沿海的防务大大改观。

浙江抗倭

因为浙江倭患严重，明嘉靖三十四年（1555年），戚继光被调任浙江都司佥书，次年升任参将，镇守宁波、绍兴、台州三府。此后，戚继光多次与倭寇作战，先后取得龙山、岑港、桃渚之战的胜利。实战过程中，戚继光认识到明军缺乏训练，作战不力，多次向上司提出练兵建议，最后得到批准。明嘉靖三十八年（1559年），戚继光前往义乌招募农民、矿工三千名，按年龄和身材配发兵器，编组进行训练。次年，戚继光针对沿海地形多沮泽、倭寇小股分散的特点，创立攻防兼宜的“鸳鸯阵”。明嘉靖四十年（1561年），倭寇大举进犯浙江，戚继光在台州九战九捷，基本平息了浙江的倭患。

龙山所之战

龙山所在定海县（今浙江舟山县）境内，北面濒临大海，是倭船往来必经之道。明嘉靖三十五年（1556年）九月，倭寇八百多人打到龙山所，戚继光这时新任参将不久，听到消息立刻率军前往。倭寇分成三路猛冲过来，明军纷纷溃退，戚继光见形势危急，连忙跳到一块高石上，一连三箭将三个倭酋射倒，倭寇这才退去。十月，倭寇又在龙山所登陆，戚继光与俞大猷等率军抗击，三战三捷，倭寇乘夜撤退。明军跟踪追击，至雁门岭遇伏，纷纷逃走，倭寇得以乘船出海。两次龙山所之战，戚继光初露锋芒，同时认识到明军缺乏训练，临阵畏缩，有必要寻求解决办法，训练一支强而有力的军队。战后不久，戚继光便连续两次上书，向上司提出练兵建议，但由于种种原因，建议未能及早实现。明嘉靖三十八年（1559年）九月，戚继光第三次提出建议，决定到义乌招募农民和矿工，得到上司同意。到义乌后，戚继光严格挑选新兵，凡属浮滑的小市民，打过败仗的，沾染官府习气的，一概不要。最后选定三千人，编立队伍，填造花名册，按照年龄、身材分发武器，严格训练。从此，这支军队转战各地，取得辉煌战绩，人称“戚家军”。

岑港之战

明嘉靖三十六年（1557年），浙江巡抚胡宪宗诱捕了海盗王直，其党羽三千余人盘据岑港，声称要为王直报仇。岑港在舟山岛的西面，地形非常复杂，倭寇只留一条小路以便出入，将其余通路一概堵死。明嘉靖三十七年（1558年）春，各路官兵进攻岑港，戚继光由左路进攻。倭寇居高临下，明军仰攻很不方便，双方死伤惨重。岑港久攻不下，明朝廷认为将官作战不力，撤去俞大猷、戚继光等人职务，限令一个月内攻克岑港。随着期限临近，戚继光等亲率士卒，奋勇冲锋，倭寇抵挡不住，在一个深夜乘船退出岑港，转移到舟山北面海中的梅山，此后扬帆南下，转寇福建。

台州大捷

明嘉靖四十年（1561年）四五月间，倭寇大举进犯浙江，船只达数百艘，人数达一两万，骚扰地区达几十处，声势震动远近。其中大股倭寇窜犯宁海、桃渚、新河等地，戚继光确立“大创尽歼”的原则，在花街、上峰岭、藤岭、长沙等地大败倭寇，先后九战九捷，共擒斩倭寇一千四百多人，焚、溺死四千多人，使侵犯台州的倭寇遭到毁灭性的打击。与此同时，其他将领也在宁波、温州一带和倭寇交战十多次，取得重大胜利，浙江倭患基本平息。由于台州大捷，戚继光被提升为都指挥使，“戚家军”也闻名天下。

福建抗倭

福建的倭患也很严重。明嘉靖三十九年（1560年）后，倭寇由于在浙江受到沉重打击，在福建的活动更加猖獗，一支筑巢于宁德城外海中的横屿，另一支筑巢于福清的牛田，形势非常危急。明嘉靖四十一年（1562年），戚继光受命入闽剿倭，先后荡平横屿、牛田、林墩三大倭巢，随后回浙江补充兵员。戚继光刚离开后，倭寇就相互庆贺说：“戚老虎去，我们还怕什么！”活动又猖獗起来，攻占兴化府城，随后又据平海卫为巢。明嘉靖四十二年（1563年），戚继光抵达福建，于平海卫大败倭寇。随后率军解仙游之围，灭山贼吴平于南澳，基本平息了东南沿海的倭患。

横屿之战

横屿是宁德县东北的一个小岛，离岸约有十里，和大陆之间隔着浅滩。涨潮时，海水将岛屿与大陆分开，潮退后，又尽是泥淖。倭寇在岛上结下大营，修筑防御工事，侵占已达三年之久。戚继光为了渡过浅滩，命令士兵铺上干草，随着鼓声向前爬行。到达横屿岸边时，倭寇早已布成阵势，士兵们奋勇冲杀，放火焚烧倭巢，倭寇四处逃窜，明军乘胜追击，斩首348人，生擒29人。残余倭寇向海上逃命，被淹死六百多人。战斗从开始到结束，不过三个时辰。随后，戚继光进军牛田、林墩，铲除了福建的三大倭巢。

平海卫之战

铲平福建三大倭寇后，戚继光回浙江补充兵员，倭寇又猖獗起来。明嘉靖四十一年（1562年）冬，倭寇6,000人攻陷兴化府城，烧杀抢劫，无恶不作。次年二月，倭寇退出府城，据莆田东南的平海卫为巢。四月，戚继光率领一万多人到达福建。五月，福建巡抚谭纶命戚家军为中路，刘显为左翼，俞大猷为右翼，向平海卫发动总攻势。倭寇仓皇应战，戚家军用火器猛烈射击，倭寇战马受惊，乱跑乱窜，左右两翼乘势并进，倭寇大败，逃回许家大巢。明军进围敌巢，四面放火，倭寇或被烧死，或被杀死，逃窜者也多坠崖、蹈海而死，共被斩首2,210人。

解仙游之围

平海卫之战不久，又有大批倭寇陆续登陆。明嘉靖四十二年（1563年）十一月，倭寇约两万人围攻仙游，城内居民昼夜死守，双方伤亡严重。谭纶和戚继光统兵来救，驻扎于仙游城外二十里处，这时戚继光的部下只有6,000人，敌我力量相差悬殊，不宜立即决战。次年一月，换防的军队到达，戚继光周密布署后，分道向仙游进军。当时倭寇结为四巢，分别盘据于东、南、西、北四门，中路军直冲倭寇南巢，其他各路配合作战，倭寇丢盔弃甲，全线崩溃，仙游之围得以解除。戚继光这次以寡敌众，大获全胜，体现了卓越的军事才能。

灭山贼吴平

吴平是福建漳州诏安县梅岭人，他与倭寇勾结，招纳海盗、流氓一万多人，盘踞在梅岭一带。明嘉靖四十四年（1565年）春，戚继光攻占梅岭，吴平率部南逃，占据闽广交界的南澳岛，戚继光跟踪追击，将南澳岛封锁起来。十月，戚继光率军在龙眼沙登陆，命人散布劝降檄文，吴平党羽军心动摇，戚家军乘势进攻，大获全胜。吴平伤魂落魄，率领部下遁入森林。月底，戚继光与俞大猷合力进攻，吴平惨败，仅率八百余人乘船逃脱。明嘉靖四十五年（1566年），戚继光和俞大猷进剿吴平残部，吴平投海自杀，东南沿海的倭患基本平息。